بهائى را تقريباً در همهٔ علومى که در زمان وى معروف بوده، مخصوصاً در اخبار و احاديث و تفسير و اصول و ادعيه و فقه و حکمت و رياضيات مؤلفات بسيار است که همهٔ آنها معروف و نسخه‌هاى بسيار از آن به‌دست مردم است و برخى از آنها چاپ شده و پاره‌اى چندين بار در ايران و خارج از ايران انتشار يافته است. فهرست‌هاى نسبتاً کاملى از مؤلفات وى در تراجم احوال او ثبت کرده‌اند و گروه کثير از دانشمندان ايران و خارج از ايران بر کتاب‌هاى معروف او شرح يا حاشيه نوشته‌اند و بسيارى از اين کتاب‌ها مدت‌هاى مديد در ايران و حتى در هندوستان جزء کتاب‌هاى درسى بوده است.


اينک فهرست کاملى از مؤلفات وى که در کتاب‌ها نام برده‌اند يا نسخه‌هاى آنها به‌دست است و يا چاپ شده در نتيجهٔ جستجوهائى که کرده‌ام، به‌دست آمده و به ترتيب حروف هجا ثبت مى‌کنم:


۱. اثنى‌عشرييات خمس که به‌نام رسالهٔ اثنى‌عشريه يا رسائل خمس اثنى‌عشريه نيز معروف است و چون اين کتاب را تدريجاً تمام کرده است به‌نام‌هاى مختلف ناميده شده؛ گويا نخست سه قسمت آن را انتشار داده و آن سه قسمت به‌نام اثنى‌عشريات ثلث معروف شده و سپس چهار قسمت را انتشار داده و به‌نام اربع اثنى‌عشريات معروف گشته است، چنانکه مؤلف تاريخ عالم‌آراء در ۱۰۲۵ آن را بدين نام مى‌خواند و از اين قرار قسمت پنجم را پس از ۱۰۲۵ به پايان رسانده است و از آن پس به‌نام اثنى‌عشريات خمس معروف شده، بر اين کتاب شرح بسيار نوشته‌اند و قسمت‌هاى پنج‌گانهٔ آن بدين قرار است:


رسالة فى‌الطهاره، رسالة فى‌الصلوة، رسالة فى‌الزکوة و رسالة فى‌الصوم (که حسين بن موسى اردبيلى ساکن استرآباد شرح کرده است و در حين تأليف آن خبر مرگ بهائى در اصفهان و حمل جسد او به مشهد به وى رسيده است). ۵. رسالة فى‌الحج که مؤلف خود شرحى بر آن نوشته است. مؤلف مستدرک‌الوسايل گويد سيدماجد حسينى بر اين کتاب حواشى نوشته است و اين کتاب در تهران بى‌تاريخ چاپ شده است.


۲. اربعين حديثا معروف به اربعين که مؤلف تاريخ عالم‌آراء نام آن را چهل حديث ثبت کرده و مؤلف فردوس‌التواريخ گويد آن را در هرات تأليف کرده است و خود بهائى شرحى بر آن نوشته که پس از اين بيايد و شمس‌الدين محمد بن على عاملى معروف به ابن خاتون آن را ترجمه و شرح کرده و ملااسمعيل خواجوئى نيز آن را شرح کرده است و اين کتاب در تهران در ۱۲۷۴ و ۱۳۱۰ چاپ شده.


۳. اسرارالبلاغه که در حاشيهٔ کتاب المخلاة در ۱۳۱۷ در مصر چاپ شده است.


۴. اشعار فارسى و عربى که مؤلف امل‌الامل گويد پسر من محمدرضا جمع کرده است.


۵. بحرالحساب.


۶. پند اهل دانش و هوش به زبان گربه و موش که در هيچ‌ يک از ترجمه‌ها و فهرست‌ها نام آن نيست و اين کتابى است به زبان فارسى شيرين و روان که در مقدمهٔ آن نام بهاءالدين عاملى صريحاً آمده است و در مصر در ۱۳۴۶ چاپ شده و نيز کتابى به همين شيوه و روش به فارسى به‌نام جواهرالعقول به ملامحمدباقر مجلسى منسوب است که آن نيز در بمبئى در ۱۳۲۴ چاپ شده است.


۷. تحفهٔ حاتميه در اسطرلاب که به‌نام رسالهٔ اسطرلاب فارسى نيز معروف است و آن را براى ميرزا حاتم‌بيگ اعتمادالدولهٔ اردو بادى وزير شاه عباس نوشته که در سال ۱۰۹۰ درگذشته است و اين رساله در ذيل خلاصةالحساب چاپ ۱۳۱۶ در تهران به طبع رسيده است.


۸. تشريح‌الافلاک که مؤلف قصص‌العلما گويد حواشى بر آن نوشته‌ام و اين کتاب در لکنهو در هندوستان چاپ شده و امام‌الدين لاهورى آن را شرح کرده است و خود نيز بر آن حواشى نوشته و شرح ديگرى ابوالحسن الشريف بن حاج محمداسمعيل لارى اصطهباناتى بر آن نوشته که در تهران در ۱۲۸۴ چاپ کرده‌اند و مؤلف فهرست کتابخانهٔ عمومى معاف گويد که اين کتاب با حواشى و تعليقات مستقله و به ضميمهٔ خلاصةالحساب چندين بار در ايران چاپ شده و شروحى بر آن نوشته‌اند از آن جمله: شرح ملا فرج‌الله بن محمد بن درويش حويزى معاصر حر عاملي، شرح ميرزا محمد صادق تنکابني، شرح سيدمحمد شرموطى از علماى قرن سيزدهم هجري، شرح سيدعبدالله شکرى بن عبدالکريم قنوي، شرح سيدحيدر طباطبائى که در هندوستان چاپ شده، شرح شيخ محمدبن عبدالعلى آل عبدالجبار قطيفى بحراني، شرح قاضى نورالله شوشتري، شرح سيد صدرالدين محمدبن محمد صادق قزوينى معاصر حر عاملي.


۹. تنبيه‌الغافلين.


۱۰. توضيح‌المقاصد فى ما تفق فى ايام السنة که در قصص‌العلما و لولوتى‌ البحرين نام آن به خطا توشيح‌المقاصد و در فردوس‌التواريخ نيز به خطا توشيح‌المقاصد آمده و اين کتاب به‌نام توضيح‌المقاصد دوبار در تهران در ۱۳۰۵ و در ۱۳۱۵ چاپ شده است.


۱۱. تهذيب‌البيان معروف به تهذيب در نحو که آن را محمدبن على بن محمد حرفوشى حريرى عاملى کرکى شامى شرح کرده است و نيز سيدنعمت‌الله جزايرى شرحى به‌نام مفتاح‌اللبيب بر آن نوشته است.


۱۲. جامع عباسى در فقه به فارسى که مؤلف تاريخ عالم‌آراء گويد در پايان عمر به تأليف آن مشغول بود و اين کتاب را به‌نام شاه عباس نوشته و ظاهراً نظام بن حسين ساوجى يا زين‌العابدين حسينى بازماندهٔ آن را که ناتمام بوده است از باب ششم تا پايان کتاب به انجام رسانده است و اين کتاب يکى از معروفترين کتاب‌هاى فارسى در اين فن است و در هر زمانى عامهٔ مردم ايران در احکام دين شيعه همواره بدان رجوع کرده و مى‌کنند و به اندازه‌اى چاپ شده که شمردن چاپ‌هاى مختلف آن دشوار است و در ايران معروفترين تأليف بهائى است و حاج ملاحسينعلى تويسرکانى حاشيه بر آن نوشته است.


۱۳. جبر و مقابله که نسخه‌اى از آن نزد من هست.


۱۴. جواب ثلث مسائل.


۱۵. جواب مسائل‌المدنيات.


۱۶. جواب مسائل‌الشيخ صالح‌ الجزايري، شامل بيست و دو مسئله.


۱۷. جوهرالفرد، اين کتاب را در هيچيک از فهرست‌ها و تراجم نام نبرده‌اند، ولى خود در کشکول قسمتى از آن را نقل کرده است.


۱۸. حاشيهٔ ارشادالاذهان.


۱۹. حاشيه تفسير بيضاوى که ناتمام مانده است.


۲۰. حاشيهٔ خلاصةالحساب بر تأليف خود.


۲۱. حاشيهٔ خلاصةالرجال يا حاشيهٔ خلاصه فى‌الرجال.


۲۲. حاشيهٔ شرح العضدى على مختصرالاصول.


۲۳. حاشيهٔ شرح مختصرالاصول که مؤلف تاريخ عالم‌آراء نام مى‌برد و معلوم نيست همان کتاب سابق‌الذکر است يا تأليفى ديگر.


۲۴. حاشيهٔ مختلف‌الشيعه.


۲۵. حاشيهٔ مطول که آن هم ناتمام است.


۲۶. حاشيهٔ من لايحضره الفقيه که در لولوتى البحرين حاشية على الفقيه و در امل‌الامل حاشيةالفقيه نام برده‌اند و نيز حاشية فى‌الفقه نوشته‌اند و آن نيز ناتمام است.


۲۷. حبل‌المتين فى احکام‌الدين در حديث و فقه که تنها باب طهارة و صلوة آن را تأليف کرده و چنانکه پيش از اين اشاره رفت، صبح آدينهٔ ۱۸ شوال ۱۰۰۷ پس از فراغت از تعقيب نماز صبح آن را در مشهد تمام کرده و نسخهٔ اصل آن نزد من هست و مؤلف مطلع‌الشمس و مستدرک‌الوسايل نام آن را حبل‌المتين فى مزاياالقرآن المبين نوشته‌اند.


۲۸. حدائق‌الصالحين شرح صحيفهٔ کامله که در لولوتى البحرين و قصص‌العلما نام آن حقايق‌الصالحين ثبت شده است.


۲۹. الحديقةالهلاليه فى شرح دعا الهلال در شرح دعاى روية هلال از صحيفهٔ سجاديه که به‌نام رسالةالهلاليه نيز معروف است و ظاهراً در حاشيهٔ شرح صحيفهٔ سجاديهٔ سيد نعمةالله جزايرى چاپ شده است.


۳۰. حل‌الحروف القرآن که نسخه‌اى از آن نزد من است.


۳۱. حواشى اثنى‌عشريه شيخ حسن صاحب معالم که در لولوتى البحرين نام آن شرح اثنى‌عشريه نوشته شده و آن را در ۱۰۱۲ تمام کرده و نسخهٔ اصل آن در مجموعهٔ آقاى سيدمحمد مشکوة بيرجندى است و مؤلف مستدرک‌الوسايل آن را شرح اثنى‌عشريه ناميده است.


۳۲. حواشى تشريح‌الافلاک که بر کتاب سابق‌الذکر خود نوشته است.


۳۳. حواشى زبده بر کتاب زبدةالاصول خود.


۳۴. حواشى شرح التذکره.


۳۵. حواشى شرح تهذيب‌الاصول عميدى.