حکومت ايلخانان در همان حال که تا مدت معينى موجب ضعف حکومت اسلام در ايران بود با برچيدن دستگاه خلافت عباسى که پيشينيان واقعى مذهب تسنن بود وسيله‌اى براى قوت شيعه اثنى‌عشرى گرديد. از اواخر عهد عباسى به‌نام مردان مقتدر و وزيران شيعى در دستگاه خلافت برمى‌خوريم که خود يکى از نشانه‌هاى قوت شيعه در آن روزگار در بغداد است. از جملهٔ اين گروه سيدنصيرالدّين ناصربن مهدى العلوى الرازى (م ۶۱۷) وريرالناصرلدين‌الله و محمدبن محمدبن عبدالکريم القمى (م ۶۲۹) وزير الناصر، ابن‌الناقد (م ۶۴۲)، مؤيدالدّين ابوطالب محمدبن احمد العَلْقَمى (م ۶۵۶) از مردان بزرگ شيعه و از فاضلان عهد خود، و پس از انقراض خلافت عباسى خواجه نصيرالدّين طوسي، سيد رضى‌الدّين‌بن طاوس (م ۶۶۴)، بهاءالدّين اَربلى (م ۶۹۳) و علامه حسن حَلّى (م ۷۲۶) را مى‌توان نام برد. شيعيان ايران و عراق که در آن روزگار در پى برانداختن آخرين نشانه‌هاى قدرت متعصبان اهل سنت بودند از قدرت مغول در جهت اين مقصود خود استفاده کردند و آنچه بعضى از مورخان دربارهٔ ابن‌العَلْقَمى وزير خليفه و تحريک او هولاگو را در فتح بغداد آورده‌اند متوجه همين نکته است، خاصه که از آن پيش نيز شيعيان ايران مدعى بودند که هنگام ظهور مهدي، ”ترکان غازي“ سپاهيان او را تشکيل مى‌دهند. بر اثر همين همکارى شيعه هنگامى که هولاگو تهيه فتح بغداد را مى‌ديد از مراکز تشيع در عراق نمايندگانى نزد او رفتند و قبول ايلى کردند و حتى برخى از شيعيان چون قاضى نورالله شوشترى ادعا کرده‌اند که هولاگوخان تحت نفوذ خواجه‌نصيرالدّين طوسى به اتفاق ”بيگم“ خاتون بزرگ حرم، نهانى قبول اسلام کرد، که البته پيدا است اين قول کذب محض است اما با اين ادعاء شيعيان همکارى با هولاگو را مشروع جلوه دادند.


در اين دوره نه تنها تشيع راه قوت مى‌پيمود بلکه اهل سنت هم در ايران بر اثر ضعفى که بر مذهب آنان دست داده بود در عين اعتقاد به خلافت شيخين و عثمان، دربارهٔ مقام و مرتبت امامان اثنى‌عشرى اعتقادگونه‌اى مى‌روزيدند و از آنان روايت مى‌کردند و يا در منتقبت آنان سخن مى‌گفتند. از جمله نمونه‌هاى نزديک شدن اهل سنت با شيعه يکى نوشته‌هاى ابوالمفاخر يحيى باخَرزي، صوفى قرن هشتم هجرى صاحب ”اَوْراد الاَحباب و فُصوص الآداب“ است؛ و ديگر کتاب ”فرائد السّمطين فى مناقب الرسول و البتول و المرتضى و السبطين“ از صوفى و محدث بزرگ شيخ الاسلام ابراهيم بن سعدالدّين محمد حُمُّوئى جوينى (م۷۲۲) اين تمايل بزرگان اهل سنت قرن هفتم و هشتم در نزديک شدن شيعه نشان نيروئى است که تشيع در آن دوره يافته بود.


غازان‌خان علاوه بر اينکه نسبت به علويان و سادات اظهار علاقه مى‌نمود و به تعمير بقاع متبرک مى‌پرداخت، به انشاء دارالسياده‌هائى در چند شهر مبادرت جست. اين دارالسياده‌ها که بعد از او در دورهٔ اُلحايتو نيز باقى بود داراى موقوفه‌ها و درآمدهاى کافى براى ياورى به سادات و خاندان‌هاى سيادت در هر ديار بود و ساداتى که از راه دور مى‌رسيدند در آنها نگاهدارى و پذيرانى مى‌شدند. برادر غازان‌خان اُلجايتو نيز خود، پس از يک چند تردد و مذهب‌هاى حنفى و شافعي، به تشيع گرائيد و فرمان داد تا نام شيخين و عثمان را از خطبه حذف کردند و سکه‌ها را تغيير دادند. بر اثر هيمن علاقهٔ اُلجايتو به تشيع بود که وى را ”خدابنده“ لقب دادند و گويا اهل سنت از غلو او نسبت به تشيع ناراضى بودند او را خربنده خواندند.

تشکيل دولت‌هاى شيعه

پس از الجايتو و ابوسعيد بهادرخان و سپرى شدن دورهٔ ايلخانان بزرگ، در ميان حکومت‌هاى کوچکى که به‌وجود آمد دو دولت به‌دست شيعيان تشکيل شد. يکى حکومت سربه‌داران بود که در حقيقت نخستين‌ قيامى بود که در ايران بعد از مغول براى رفع ظلم و برانداختن ظالمان و خوددارى از قبول اطاعت آنان صورت گرفت. مرکز حکومت اين سلسله شهر سبزوار بود و از آنجا با شيوخ و صوفيانى که بُحب آل‌على شهرت يافته بودند و نيز با سران مذهب تشيع در خارج از ايران خاصه در جبل عامل که مرکز تشيع آن روزگار بود ارتباط و مکاتبه داشتند و بر اثر همين عنايت‌ها بود که شهيد اول شيخ شمس‌الدّين محمّد مکّى (مقتول به سال ۷۸۶) کتاب مشهور خود ”الُلمْعة الدِمِشقيّه“ را به‌نام سلطان‌على مؤيد سربدارى (م ۷۸۸) تأليف کرد که از کتاب‌هاى معروف و شرح آن از جمله کتاب‌هاى درسى مذهبى شيعه است. ديگر حکومت سادات مَرعَشى به رهبرى ميرقوام‌الدّين در مازندران بود. اهميت کار اين سلسله بيشتر در آن بود که مانند سلسلهٔ صفويه به‌وسيله يکى از پيشوايان صوفيان شيعى مذهب و پيروان او که براى مراد خود شمشير مى‌زند تأسيس شد.