در ياساى چنگيز لزوم اعتقاد به ‌وجود خداى آفريدگار زمين و آسمان نخستين دستور بود و چنگيز خود با بى‌طرفى و آزادمنشى به دين‌ها توجه مى‌کرد. در آثار مورخان اسلامى اشارت‌هائى به اعتقاد چنگيز نسبت به واجب‌الوجود ديده مى‌شود. طايفه‌هاى تاتار و مغول و ديگر قوم‌هاى زردپوستى که در جرگه آنان آمده بودند داراى کيش‌هاى مختلف مسيحي، بودائي، مانوي، بت‌پرستى و اسلام بودند و بعد از درآميختن آنها با اقوام جديد زردپوست نيز هر دسته به مذهب يکى از آنها خاصه بت‌پرستى و بودائى درآمدند.


عدم اعتقاد به اسلام در قوم‌هائى که با مغول و تاتار بر کشورهاى اسلامى تاختند سبب شد تا مؤلفان مسلمان چيرگى آنان به منزلهٔ غلبهٔ کافران بر دين‌داران بشمارند و به همين سبب بعضى از نويسندگان هجوم مغول را مقدمهٔ خروج دجّال و يأجوج و مأجوج و نشانى از آخرالزمان تصور نمودند و در اين‌باره به حديث‌هائى استناد کرده‌اند که غالباً از يک ريشه است و براى باقى ترکان و زردپوستان نيز آورده شده است. گروهى ديگر از نويسندگان، اين واقعه را به منزلهٔ انتقام و عذاب الهى مى‌دانستند تا به آن وسيله از فساد و طغيانى که به ‌سبب کثرت مال بروز کرده بود جلوگيرى شود تا ”آن جماعت از خواب غفلت متيقّظ شوند و از سکرت جهالت افاقتى يابند و بدان سبب اعقاب و اولاد ايشان را تنبيهى باشد ـ جهانگشاى جويني، ج۱، ص ۱۳“


بنابر آنچه از جريان احوال سرزمين‌هاى اسلامى در حمله مغول برمى‌آيد با آنکه بر طبق سنت چنگيز حکومت‌هاى مغولى در ناحيه‌هاى مختلف چندان مزاحمتى براى دين مردم نداشتند، ليکن وضع به همين سادگى برگزاشته نمى‌شد، زيرا بعضى از خانان مغول نسبت به اسلام راه عناد و دشمنى مى‌سپردند و کمر بر آزار و ايذاى مسلمانان مى‌بستند. به هر حال در عين آنکه حمله مغولان به‌خصوص آنگاه که به‌ سقوط بغداد منتهى گرديد شکست بزرگى براى اسلام بود و گروه بسيارى از مسلمانان بر اثر آن کشته شدند، با اين حال در نتيجهٔ ارتباطى که دولت مغول ميان مشرق و مغرب آسيا ايجاد نموده بود و به ‌دنبال آمد و شد مسلمانان به ناحيت‌هاى جديد، اسلام به نواحى تازه‌اى از شمال چين و مغولستان و آسياى مرکزى راه يافت و باقى ماند.


در ايران نيز خاندان مغول و ايلخانان به‌تدريج با رعيت خود که مسلمان بودند خو گرفتند. برکاى‌خان يکى از پسران جوجى که از کودکى مسلمان شده بود در تقويت دين و اعزاز مسلمانان کوشش کرد. هولاگو خود بودائى و همسر وى عيسوى بود و به همين سبب فرمان داده بود در خوى بتخانه‌هائى ساخته بودند، اَباقا فرزند او نيز کيش بودائى داشت و مانند پدر خود عيسويان را تقويت مى‌کرد اما جانشين او تگودار بر اثر معاشرت با مسلمانان از آئين ترسائى به دين اسلام درآمد و نام ”احمد“ بر خود نهاد و خود را حامى دين اسلام و پيرو شريعت محمدى معرفى کرد و اين خود سبب ايجاد ضعف و فتورى در کار عيسويان و مغولان غيرمسلمان و تقويتى براى اسلام و مسلمانان شد اما پس از او اَرغون‌خان سياست تقويت بودائيان و عيسويان و تضعيف مسلمانان را پيش گرفت و در واقع در بخشى از دورهٔ ايلخانان، ايران مرکز فعاليت بر ضد اميران و پادشاهان اسلامى شام و مصر، و مبارزه با آنان شده بود. در کشاکش ايلخانان با ممالک ايوبى شاک و مصر همواره شکست از آن مغولان بود و مسلمانان قسمتى از ناحيت‌هاى از دست رفته را در شام و الجزيره و ارمنستان صغير دوباره به‌دست آوردند. تا وقتى که ايلخانان ايران قبول اسلام نکرده بودند مقاومت مماليک ايوبى در برابر آنان حکم مقاومت اسلام در برابر کافران داشت ولى بعد از آن (در دورهٔ غازان) صورت دفاع سياسى و نظامى يافت.


در اينجا اشاره به وضع دين‌هاى پيش از اسلام ايران نيز خالى از فايده نيست. پيروان اين دين‌ها که بر اثر قوت اسلام از رواج و رونق آنها کاسته شده بود، با بر افتادن حکومت اسلام در ايران و ممالک مجاور و ضعف شديد علماء دين دوباره به جنب‌و‌جوش درآمدند و از يک سو قدرت از دست رفته را باز يافتند و از سوى ديگر هرجا و هر وقت فرصتى پيدا کردند به آزار مسلمانان پرداختند. تشکيل دولت ايلخانى در ايران نيز يا تقويت آئين مسيح در اين کشور همراه بود، تا جائى که عيسويان ايران هولاگو و همسر او دوقوزخاتون را نجات دهندهٔ خود تصور کردند. اميران و سرداران عيسوى هولاگو نيز هرجا دست آنها مى‌رسيد به ايجاد کليساهاى تازه و يا تبديل مسجدها به کليساها مبادرت مى‌جستند. برافتادن حکومت اسلام به يهوديان ايران هم فرصت داد که به فکر انتقام‌جوئى افتند و وضع آشفتهٔ خود را سر و سامان بخشند و در دستگاه‌هاى شاهان و اميران مغول راه يابند. از ميان همين گروه يکى به‌نام سعدالدوله اهل ابهر زنجان به مرتبهٔ وزارت اَرغون رسيد و در مدت وزارت وى حيله‌ها دربر اندختن اسلام و مسلمانان انديشيد.