انقراض حکومت عباسى و سقوط بغداد به‌دست هولاگو در سال ۶۵۶ بزرگترين مايهٔ ضعف اسلام در آن دوره بود. از ميان خلفاى عباسى برخى چون ناصرالدّين الله (م ۶۲۲) و المُسْتَعصم‌بالله (م۶۵۶) مردى سبک‌مغز و بى‌تدبير و زشت‌خو بودند. در عهد ناصر عراق ويران شد و مردم آن در بلاد ديگر پراگندند و او مال‌ها و ملک‌هاى آنان را صاحب شد. هم او بود که نه تنها پيشنهاد سلطان جلال‌الدّين مِنْکُبِرْنى را که مى‌خواست با او متحد شود و سطوت مغول را در هم بشکند نپذيرفت بلکه بعضى از اميران را به جنگ با جلال‌الدّين برانگيخت و خود نيز با او از در نزاع درآمد. فتح بغداد به‌دست هولاگو تنها نتيجه قدرت جنگى مغول نبود بلکه بى‌تدبيرى خليفه المُسْتَعصم‌بالله و سبک‌مغزى اطرافيان او و اختلاف‌هاى سخت ميان سران مملکت و آزار و ايذاى شديدى که به مردم روا داشته مى‌شد و مناقشت‌هاى مذهبى سنيان و شيعيان با يکديگر که بنابر ادعاء بعضى به همدستى شيعه و ابن‌العلقمى وزير خليفه با مغولان منجر گرديد، به سهولت آن پيروزى يارى کرد وگرنه هنوز کافهٔ اهل سنت معتقد بودند که دستگاه خلافت فرو نخواهد ريخت و هر حمله خصمانه بر بغداد در هم خواهد شکست و خليفه نيز به مصونيت خويش و خاندان عباسى اعتقاد داشت و به همين سبب بود که هنگام گرفتاري، هولاگو را از ريختن خون خود برحذر داشت و بنابر بعضى روايات، پس از سقوط بغداد، هولاگو فرمان داد خليفه را در نمد پيچيدند و چندان ماليدند تا خرد شد. (تاريخ وصاف، ص ۴۰)


با قتل المُسْتَعصم خلافت پانصد و بيست و پنج سالهٔ عباسيان به پايان رسيد. قتل خليفه و سقوط بغداد اهل سنت را سخت آزرده‌دل و شکسته‌خاطر ساخت و شکست بزرگى بر مذهب تسنن وارد نمود و عملاً به تشيع و تشجيع شيعيان کمک کرد. تأثرى که از سقوط خلافت براى اهل سنت حاصل شد از سخنان غالب نويسندگانى که بدين امر اشاره کرده‌اند مشهود است. از ميان سخنوران ايران سعدى بيش از هر کس اين واقعه را بزرگ داشته و از آن با تأثر فراوان در دو قصيدهٔ خود، يکى به پارسى و يکى به عربي، ياد کرده است و قصيدهٔ عربى او با درد و سوزى بيشتر همراه است.


با کشته شدن المُسْتَعصم و غلبهٔ مغولان بر بغداد برخى از خويشان خليفه از بغداد گريختند و در بلاد اسلامى ديگر پراکنده شدند. احمدبن‌الظاهر به امرالله عم مستعصم و برادر مستنصر به مصر رفت و در پناه الملک‌الظاهر بيبرس درآمد و با لقب مُسْتَنصر خليفه اسلام شد. بعد از او يکى از اخلاف الرّاشدبن المُستر شد به‌نام احمد‌بن حسن با لقب الحاکم تا سال ۷۰۱ و پس از او پسر وى ابوالربيع سليمان با لقب المُسْتَکفى بر مسند خلافت عباسى نشستند. پس از لمُسْتَکفى فرزندش احمد با لقب الحاکم تا سال ۷۵۳ و سپس برادر وى ابوبکر با لقب المُعتَضد تا سال ۷۶۳ و بعد از وى پسرش محمد با لقب المُتوکّل تا سال ۷۹۹ خلافت کردند.


از سوى ديگر، اسلام که با سقوط بغداد دچار سستى و فتور شده بود از عهد سلطنت غازان‌خان محمود يکبار ديگر تجديد قدرت نمود. غازان‌خان در سال ۶۹۴ قبول اسلام کرد و در ذيحجهٔ همان سال به ايلخانى رسيد و نخستين کار او تشييد مبانى اسلام و رسمى کردن آن در ممالک ايلخانى بود. بعد از آنکه غازان و اميران مسلمان او قدرت را در دست گرفتند در واقع اسلام در ايران نفسى تازه کرد و جانى نو يافت. اين واقعه براى ايرانيان از دو جهت اجتماعى و دينى اهميت داشت. اهميت اجتماعى تغيير کيش غازان‌ در آن بود که ايرانيان از آن پس به‌جاى آنکه از رسم‌هاى خشک تاتار اطاعت کنند مى‌توانستند رسم‌هاى خود را که مبتنى بر قاعده‌هاى اسلامى بود به‌کار برند. اهميت دينى اين واقعه در آن بود که دين اسلام را از خطر برافتادن در ايران رهائى بخشيد و از غلبهٔ ساير اديان که خواه و ناخواه در حال توسعه بود پيش‌گيرى کرد. يکى از نتيجه‌هاى بزرگ اسلام آوردن غازان تجديد عمارت و آبادانى بسيارى از ناحيت‌هاى ايران است. او براى بازسازى‌هاى دئى‌ها و کشتزارهاى کشور بخشودگى‌هاى مالياتى قائل شد و مالکيت آبادکنندگان را نيز به رسميت شناخت. بدين ترتيب بسيارى از مکان‌هاى ويران و متروک بازسازى شد. نتيجهٔ نهائى مسلمان شدن غازان آن بود که حکومت ايلخانى آخرين ارتباط خود را با مغولان غيرمسلمان و مرکزهاى حکومتى آنان گسيخت و اين خود به منزلهٔ استقلال مجدد ايران و بازگشت آن به عهد حکومت پادشاهان مسلمان ترک‌نژاد چون سلجوقيان بود.