شمارهٔ مدرسه‌ها در دوره‌اى که مطالعه مى‌کنيم بسيار بود، چه آنها که از قديم، خاصه از دوران تيمورى بازمانده بود و چه آنها که در عهد صفوى ساخته و بر جويندگان دانش‌هاى دينى وقف کرده بودند. در شمارهٔ بزرگى از مسجدها هم علاوه بر شبستان و محل عبادت، حجره‌ها و مدرس‌هائى وجود داشت که به‌کار تعليم دانش‌هاى دينى مى‌آمد.


در اينجا ذکر فهرست‌وار همهٔ مدرسه‌ها و مسجدهائى که براى تدريس محل استفاده بود، دشوار است زيرا ذکر همهٔ آنها نوعى تکرار در ارائهٔ نمونه است مثلاً در اصفهان شمارهٔ مدرسه‌هاى موجود به سى مى‌رسد که مهم‌ترين آنها از عهد صفوى است و عدد مسجدها که بيشتر محل درس و بحث نيز هست از يک صد و هشتاد درمى‌گذرد.


از ميان مدرسه‌هاى قديم مدرسهٔ ملاعبدالله (م ۱۰۲۲ هـ) از دوران شاه عباس بزرگ است که به فرمان او بنا شده. در عهد شاه عباس دوم دو مدرسه به‌نام جدّهٔ بزرگ و جدهٔ کوچک در سال‌هاى ۱۰۵۸ و ۱۰۵۹ هـ بنا شد. بعضى از مدرسه‌ها و مسجدها به اختصاص براى عالمان همزمان پادشاهان بنا شده است مانند مدرسهٔ ملاعبدالله و مسجد شيخ لطف‌الله و مسجد حاج آقا رحيم ارباب و مسجد قاضى هندى و مدرسهٔ صدر و مدرسهٔ صدرِ خواجو و جز آن. از ميان همهٔ مدرسه‌هاى اصفهان مدرسهٔ چهارباغ يا مدرسهٔ مادرشاه يا مدرسهٔ سلطانى از باب ظرافت و نفاست معمارى و کاشى‌کاريِ کم‌نظير خود مهم‌تر و عالى‌تر و از جملهٔ اثرهاى کم‌نظير قديمى است. بناى اين مدرسه در حدود سال ۱۱۲۸ هـ به فرمان شاه سلطان حسين به پايان رسيد و پادشاه خود حجره‌اى در آن مدرسه داشت و بعضى از اوقات خود را در آنجا به درس و فحص مى‌گذرانيد. از ميانهٔ اين مدرسه‌جوئى مى‌گذرد و آن را صحن بزرگى با حجره‌هاى متعدد و مسجد و حوضخانه و آشپزخانه است.


از مدرسه‌هاى معروف ديگر که در عهد صفويان ساخته شد مدرسهٔ نواب است در خيابان نادرى مشهد که در دوران سلطنت شاه سليمان به سال ۱۰۸۶ به‌وسيلهٔ ميرزا صالح نقيب رضوى بنا گرديد. مدرسهٔ ملامحمدباقر در همان شهر و از دورهٔ همان پادشاهى است که به سال ۱۰۸۳ احداث شد و مدرسهٔ ميرزا جعفر در شمال‌شرقى صحن عتيق مشهد (سال ۱۰۵۹ هـ) و مدرسهٔ خيرات‌خان از دوران شاه عباس دوم.


از آثار عهد صفويه و زنديه در شيراز مى‌توان اين مدرسه‌ها را نام برد: مدرسهٔ حکيم، مدرسهٔ محبيه، مدرسهٔ مقيميّه، مدرسهٔ خان، مدرسهٔ ايمانيه، مدرسهٔ تقويه، مدرسهٔ خنجيه، مدرسهٔ دشتکيه، مدرسهٔ زينبيّه، مدرسهٔ شريفيّه، مدرسهٔ صالحيه، مدرسهٔ مؤمنيّه، مدرسهٔ محسنيّه، مدرسهٔ محمّديه، مدرسهٔ هاشميّه، مدرسهٔ باهليّه، مدرسهٔ قوام، مدرسهٔ نظاميّه. بيشتر اين مدرسه‌ها در دورهٔ قاجاريان و در زمان سلسلهٔ پهلوى بازسازى شد.