در دوره ده تا دوازده هجرى دو مرکز اصلى براى آموختن حکمت و طبعاً پديد آوردن اثرهائى در اين زمينه داريم: شيراز و اصفهان، و همين دو مرکز اصلى هستند که در دوران بعد به مرکزهاى جديدى مانند مشهد و تهران مايه داده‌اند.


شيراز در پايان قرن نهم و آغاز سدهٔ دهم در پرتو وجود ملّا جلال دوانى و نيز بر اثر کوشش‌هاى اميرصدرالدّين محمد بن ابراهيم دشتکى شيرازى (کشته در سال ۹۰۳ هـ) در نشر علوم و تربيت طالبان علم حکمت و کلام، اهميت و ارزشى را که از اوان حملهٔ مغول کسب کرده بود، همچنان حفظ مى‌کرد، و اميرغياث‌الدين منصور پسر صدرالدين محمد بر ميزان اين اهميت فلسفى بسى افزود و با صدرالمتألّهين صدراى شيرازى آن اهميت به مرتبهٔ اعلاى خود رسيد.


در دوران کشورگشائى شاه اسعميل فرصتى براى رشد علمى شهر تبريز فراهم نيامد. شاه طهماسب هم که تخت پادشاهيش را از تبريز به قزوين آورده بود ترجيح مى‌داد که درگاهش را به‌وجود عالمان مذهبى اماميهٔ اثنى‌عشريه بيارايد و حتى آنان را از بلاد عرب به سرزمين عجم بکوچاند.


اما اصفهان، با علاقهٔ شاه عباس يکم به جلب عالمان بزرگ به‌زودى مرکزى اساسى از دانش‌هاى معقول و منقول شد و از همان دوران استادان بزرگى مانند ميرمحمدباقر داماد و شيخ‌ بهاءالدين عاملى با شاگردانى که در خدمت داشتند در آنجا گرد آمدند. در اين زمان بود که مکتب فلسفى اصفهان پى‌ريزى شد و به‌زودى چنان اعتبار يافت که طالبان علوم حکمى را از دور و نزديک به‌سوى خود کشيد و حتى با انقراض دولت صفوى و انقلاب‌هائى که بعد از آن رخ داد، همچنان به قوت خود باقى ماند چنانکه وقتى حاجى محمد حسين‌خان مروى به مدرسهٔ مروى را در تهران بنا کرد، براى تدريس حکمت در آن مدرسه دست توّسل به دامان حکمت‌شناسان اصفهان دراز کرد.


اشتغال به دانش‌هاى معقول خاصه منطق و حکمت در اين دوره به‌تدريج چنان رايج شد که حتى بيشتر عالمان دين هم بدان‌ها پرداختند. اما آنان که اختصاصاً به حکمت مى‌پرداختند يا بزرگانى هستند که به مقامات بلند رسيده و شايستهٔ آن شده‌اند که عنوان ”حکيم“ يابند، و اين گروه در اين دوره بسيار نادر هستند؛ يا کسانى بودند که در راه شناخت حکمت، کتاب‌هاى اساسى را که از عهد فارابى به بعد در ابواب گوناگون فلسفه و کلام نوشته‌ شده بود، با ژرف‌نگرى مى‌آموختند و سپس با آموزش آنها و گاه به نوشتن کتاب‌ها و رساله‌هائى در همان زمينه‌ها و محدود به همان حدود مشغول مى‌شدند، اما در نوآورى و بناى مکتب جديد ناتوان بودند. در اين مختصر بدين‌گونه استادان، که البته مردمى دانشمند و بزرگوار بوده‌اند، عنوان ”حکمت‌شناس“ داده‌ا شده نه حکيم، و پيدا است که مى‌توان آنان را مدرّسان و مؤلفان حکمت هم خواند.


نکتهٔ ديگر آنکه همهٔ حکيمان و حکمت‌شناسان اين دوره در يک راه‌اند. بعضى متمايل به اشراق و برخى متوجّه به حکمت مشّاء و پاره‌اى مجذوب عرفان بوده‌اند و در بحث‌هاى خود از آنها دفاع مى‌کرده‌اند. اما برخى ديگر به دنبال همهٔ اينها مى‌رفتند براى آنکه آنها را خود بشناسند و در مجلس‌هاى درس نياز شاگردان خود را برآورند. بنابراين نمى‌توان دربارهٔ غلبهٔ هيچيک از مکتب‌هاى فکرى در اين دوره حکم قاطعى کرد. فقط اين نکته را بايد به ياد داشت که با تعليمات ميرغياث‌الدين دشتکى و ميرداماد استرآبادى و با ظهور ملّاصدراى شيرازى در اين دوره تمايل خاصى به مکتب اشراقى و عرفانى حاصل شد و آن تمايل در ميان دسته‌اى از حکيمان و حکمت‌شناسان تا به روزگار ما باقى ماند. ولى اين تمايل به مکتب اشراقيان به هيچ روى مانع از ادامهٔ عمقى طريقهٔ مشّائيان و قرار داشتن آن در بنيان و اساس سيستم فلسفى آن روزگار نبود، بلکه اين دو شيوهٔ تفکّر که تا اواخر قرن نهم دوشادوش يکديگر سير مى‌کردند در سده‌هاى دهم و يازدهم به هم نزديک شدند و به نحو متقابلى يکديگر را تهذيب و تکميل کردند و از اين راه مکتب خاصى، بدان‌گونه که در اثرهاى حکيمان عهد صفوى مى‌يابيم به‌وجود آمد. در اين مکتب حکمت اثباتى و ذوقى و الهى و مقالات عارفان و مبانى اعتقادات مذهبى دوازده اماميان با هم درآميختند و به‌صورت‌ واحدى درآمدند به نحوى که هر چند به تنهائى هيچ‌يک از آنها نيست ولى همهٔ آنها را دربر دارد. در اين مکتب نو مسائلى از قبيل وحدت و اصالت وجود و حرکت جوهرى و اتحاد عاقل و معقول و مانند اينها يا به تازگى مطرح شد و يا به‌صورت کامل شده‌اى درآمد و به‌ويژه دين و فلسفه بعد از قرن‌ها کشاکش با هم جانب صلح و آميزش گرفتند.


در حقيقت بايد گفت علت اصلى و غائى توسعهٔ دامنهٔ حکمت در عهد صفوى و بعد از آن در ميان شيعيان ايران، حاجت آنان بود به وفق دادن ميان ميراثى که از گفتارها و سنت‌ها و پندارهاى مذهبى خود داشتند، با شيوهٔ اثباتى حکيمانه، و به‌عبارت ديگر ايجاد پيوند دائم ميان ”اعتقاد“ و ”اثبات“ و به‌دست آوردن مقياس‌هاى عقلى براى اين پيوند يگانگى و وحدت. پس آنچه در مبناى اين نحوهٔ جديد از تفکّر قرار مى‌گيرد اعتقاد مذهبى است نه کنجکاوى فلسفى؛ و منجر شدن بحث‌هاى حکيمان و متکلّمان زمان به بعضى از نتايج جديد.


اما دو امر باعث شد که در کتاب تاريخ ادبيات جلد چهارم دکتر صفا بيشتر از ديگر جلدهاى آن به مبحث حکمت پرداخته شود: نخست آنکه در تاريخ‌هاى ادبى که براى اين عهد نوشته‌اند غالباً بى‌آنکه مطالعه‌اى در اين زمينه کرده باشند آن را دورانى خالى از بزرگان متفکر جلوه داده‌اند و چنين نيست. دوم آنکه ادبيات قرن‌هاى ۱۰-۱۳ تحت‌تأثير همان سلسله از مبانى فکرى قرار دارد که دربارهٔ حکمت گفته‌ايم، و اى بسا غزل و قصيده و مثنوى و رباعى که سرچشمهٔ مضامين آنها را بايد در اين شيوه از تفکر يافت. بيشتر شاعران اين عهد مردمى درس خوانده و حکمت شعار و عارف مشرب بوده‌اند، چنانکه بيشتر حکمت‌شناسان مانند ميرزا عليرضا تجلّى و ملامحسن فيض و ملّا عبدالرّزاق فيّاض و ملّاهادى سبزوارى ديوان‌هاى بزرگ شعر از خود به يادگار گذارده‌اند.