دوران صفوى عهدى ناسازگار براى دانش‌هاى عقلى، يعنى علم به معنى مشهور آن بود، و در آن عهد به‌ دنبال سده‌هاى پياپى که از نيمه راه تمدن اسلاميِ ايران آغاز شده بود، علم به قهقرا مى‌رفت و متفکران و عالمان رياضى و طبيعى و پزشکى پيشين در کتم عدم ناپديد و اثرهاى ارزندهٔ آنان ناياب و نامفهوم مى‌گرديد. پى‌جوئى دانش انديشهٔ آزاد مى‌خواهد که در محيط‌هاى آلوده به تعصب امکان آن بسيار اندک و ناچيز است. اين دوران عهد غلبهٔ دسته‌اى از اهل سواد بود که بيشتر به دانش‌هاى شرعى اشتغال مى‌ورزيده و در کار خود چنانکه ديده‌ايم، کامياب بوده‌اند اما آن ديگران که مى‌بايست از رازهاى طبيعت پرده برمى‌دارند چنان کمياب بوند که حکم ناياب داشتند و به‌راستى يا اصلاً نبودند و يا اگر بودند يادگيران و به يادسپارانِ خستوئى بودند که گفتار پيشينيان را چون خداوند مى‌پنداشتند و تصرفى را در آن جايز نمى‌ديدند و همگيِ همت را بر آن مى‌گماشتند تا ”سطوح“ و ”متون“ برگزيده‌اى از آثار گذشتگان را به ياد سپارند و با آموختن دوره‌اى از کليات، عنوان ”جامعِ علوم“ را به خود بربندند.


بر بنياد همين دانش‌اندوزى و حکمت‌آموزى در اين عهد کتاب‌هائى فراهم آمده است که به‌جز چندتايِ معدود، باقى به منزلهٔ جمع‌آوردهٔ دانسته‌ها و نوشته‌هاى پيشينيان و يا ترجمه‌ها و کوتاه شدهٔ اثرهاى علمى گذشته به‌ويژه در پزشکى و ستاره‌شناسى است و حتى از واپسين تازگى‌هاى دانش هم که در حوزهٔ حمايت الغ‌بيک تيمورى بدان‌ها باز مى‌خوريم، اثرى در اين عهد مشاهده نمى‌کنيم، و اگر تازگى‌هائى باشد در کتاب‌هاى نقل شده از زبان هندى است که به‌دست هندوان يا مسلمانان هند به پارسى درآمده است.


شمارهٔ عالمان علوم عقلى و کتاب‌هايشان در سدهٔ دهم و نيمى از سدهٔ يازدهم، يعنى در نصف اول از دوران صفوى، بسيار بيشتر از نيمهٔ ثانوى آن است زيرا در آن مدت آموزندگان دانش‌ها که در پايان سدهٔ نهم مى‌زيستند، و يا شاگردان بلافصلشان، زنده و سرگرم کار بودند، و به همان نسبت که شمارهٔ آنان نقصان مى‌يافت روائيِ کار دانش نيز کاستى مى‌گرفت و از آن بدتر در گير و دار قيام شاه اسمعيل صفوى و پيروزى‌هاى وى بازماندهٔ عالمان ايران که بيشتر سنّى بودند به سرزمين‌هاى همسايه، به‌ويژه آناطولى و هند مى‌گريختند و در آنجا‌ى‌ها بساط تعليم مى‌گستردند. به همين سبب است که مى‌بينيم بيشتر مؤلفان و شارحان و حاشيه‌نويسان کتاب‌هاى علمى آن عهد، اگرچه غالباً از منشاء ايرانى بودند، در سرزمين‌هاى هند و روم و يا آن سوى آمويه‌دريا مى‌زيستند و همانجاها مى‌ماندند و مى‌مردند مثل عصام‌الدين اسفراينى شاگرد جامى که به سال ۹۴۳ در سمرقند درگذشت، و فاضل خنجى (فضل‌الله بن روزبهان) که به قلمرو تسلط ازبکان رفت و پس از سال ۹۲۱ هـ در بخارا به خاک سپرده شد، و مانند بسيارى ديگر که در روم و هند ماندند و مردند.


در اين عهد کوشش و تلاش کسانى چون قاضى نورالله شوشترى و ميرزا محمدباقر خوانسارى در استوار ساختن پايه‌هاى تشيّع به احترام فراوان عالمان شرع کشيد و اين امر طبعاً موجب نيرومندى و مبارزهٔ سنّتى آنان با فيلسوفان و اصحاب علوم عقلى ديگر شد.


از نمونه‌هاى اين رفتار بدخوئى عالمان شرع بود در قزوين با سيدحسين عقيلى رستمدارى مؤلف کتاب رياض‌الابرار در موضوعات علوم.


اين ناسازگارى ميان دو دسته از عالمان مذکور هرچه بيشتر از عمر دولت صفوى گذشته بيشتر نيرو يافت و اين خود مولود دو طبيعت کاملاً مباينى است که ذات علم در نظر اين دو دسته از دانشوران دارد چنانکه حتى بهاءالدين عاملى که طعم دانش‌هاى عقلى را چشيده و در بعضى از آنها تأليف‌هائى داشته است از تکرار همان مقولات عالمان شرع با فيلسوفان و پزشکان خوددارى نمى‌کرد و مى‌گفت: ”کلام ابن سينا نزد ما رواجى ندارد“.


حکيم بزرگ آن دوران، صدراى شيرازى، با همه جلالت قدر مورد طعن و لعن عالمان شرع بود. گروهى از فقيهان به کفر او فتوى دادند تا آنجا که يکى از آنان دربارهٔ شرح ملاصدرا بر اصول کافى گفته است که بسيار شرح‌ها بر کافى نوشته‌اند ولى نخستين کسى که شرح کفرآميز بر آن نوشته صدر است؛ و ملاصدرا خود در مقدمهٔ بعضى از کتاب‌ها و از آن جمله در کتاب ”الواردات القلبيّهٔ “خود از نامهربانى‌هاى معاصران از فقيه و مدرس و محدث و متقلّد کارهاى حکومتى، همگى گله مى‌کند.


فيلسوف نام‌آور قاضى سعيد قمى (م ۱۱۰۳ هـ) نيز در ديباچهٔ رسالهٔ خود به‌نام ”الانوارالقدسيّه“ راه ملاصدرا را رفته است.


در اثرهاى فقيهان و محدثان معروف آن دوران بسا که به مخالفت‌هاى آشکارشان با دانش‌هاى عقلى و با دانشمندان باز مى‌خوريم، اينان خواندن کتاب‌هاى حکمى مانند اشارات و شفا و شرح تجريد را گمراه کننده مى‌دانند.


ملامحمدطاهر قمى که سخنان درشتش را دربارهٔ صوفيان و عارفان پيش از اين ديده‌ايم، در کتاب ”الفوائد الدينيّه فى‌الرد على الحکماء والصّوفيّه“ فيلسوفان را نيز به باد انتقاد گرفته است. وى کتابى ديگر دارد به‌نام ”حکمةالعارفين“ که آن نيز در رد فيلسوفان است، و او همان است که ملامحسن فيض را به سبب آنکه تمايلى به حکمت و عرفان داشت ”شيخ مجوسى“ مى‌خواند.


وى در قصيدهٔ ”مونس ابرار“ خويش، کسانى را که از بوعلى سينا و بهمنيار پيروى کرده و مقلد سقراط و پيرو بقراط گرديده و فلسفه آموخته‌اند مردمى باطل‌گوى و غافل از دين مى‌داند و به‌عبارت ديگر همان مى‌گويد که بسيار پيشتر از او سخنوارن و مؤلفان اسلامى سدهٔ پنجم و ششم هجرى مى‌گفتند. بيت‌هاى محقق قمى در نکوهش فلسفه و فيلسوفان اين است:


جماعتى شده دور از درِ مدينهٔ علم نموده پيروى بوعلى و بهمنيار
زجهل گشته فلاطونى و ارسطوئى فتاده دور ز راه ائمهٔ‌اطهار
شده مقلّد سقراط و پيرو بقراط ز قول باقر و صادق نموده‌اند فرار
به زعم باطل ايشان که غافل از دينند کسى که فلسفه داند بود تمام عيار
بود تمام عيار آن کسى به نزد خداى که هست پيرويِ آل مصطفاش شعار
من استفادهٔ علم از در مدينه کنم مرا به حکمت يونانيان نباشد کار
بود کتاب حديث نبى اشاراتم شفاى من شده قرآن خالق جبّار
مرا شفا و اشارات مصطفى کافيست دگر مرا به افادات بوعليست چه کار
بيا و حکمت حق از در مدينه طلب مرا به‌سوى مَلَط، سوى فلسفه زنهار
حديث اهل مَلَط غالبش غلط باشد بود صحيح حديث ائمهٔ‌اطهار
حذر نما ز نماز حکيم يونانى که همچو سحر و فسون دل شود از آن بيمار
نجات کن طلب از آل مصطفى اى دل بود نجات تو در دين احمد مختار


شيخ‌الاسلام محمدباقر مجلسى در نسخه‌اى از تهذيب‌الاحکام که از آنِ او بود نوشته که چون توجه مردم را به صوفيان بدعت‌گذار و حکيمان زنديق مشاهده کرد سعى در نشر آثار امامان نمود تا خلق را از گمراهى برهاند.


با همه مخالفت و ستيزه‌جوئى که در عهد صفوى با دانشمندان و فيلسوفان شد، توسن انديشهٔ ايرانى از رفتار بازنماند و در آن دوران نه تنها به‌نام چند تن از حکمت‌شناسان مطلع بازمى‌خوريم، بلکه بعض آنها را مانند صدرالدين ابراهيم شيرازى در صف مقّدم حکيمان ايران مى‌يابيم و آن ديگران يا در تعليم حکمت و درک متن‌هاى فلسفى پيشين و نوشتن شرح و حاشيه بر آنها توانا بودند و يا تعليم و فراگيرى آن منتها را همراه دانش‌هاى دينى و ادبى بر خود الزام مى‌کرده‌اند و از اين دستهٔ اخير هنوز هم گروهى در ميان طالبان دانش‌هاى قديم ديده مى‌شوند، اگرچه کار آنان به فراگرفتن ”متون“ و ”سطوح“ و توقف در مطالب آنها، و به‌عبارت ديگر به نوعى از ”شاگردى“ منحصر و مقصور باشد. علت عمدهٔ اين امر آن است که حکمت، بعد از کوشش‌هاى متکلمان معتزلى و استادانى از فارابى تا پورسينا و شاگردان و طرفدارانشان خاصه نصيرالدين طوسى، به نحو بسيار مطلوبى با اصول معتقدات اسلامى سازش يافت و با ”کلام“ معتزليان و اشعريان و شاعيان اسمعيلى و دوازده امامى بستگى حاصل نمود و به همين سبب بسيارى از مباحث آن در آموختن فن کلام به‌کار رفت و مى‌رود، و مقدمهٔ حکمت يعنى منطق هم به‌عنوان يکى از دانش‌هاى ناگزيران در آموختن دانش‌هائى از قبيل کلام و اصول فقه و جدل و خلاف به محل استفاده و تعليم و تعلم درآمد، به نحوى که در ميان حکمت‌شناسان عهد صفوى کسانى را مانند ميرداماد و ملامحسن فيض و ملاعبدالرزاق لاهيجى و همانندگانشان مى‌يابيم که هم به‌کار دانش‌هاى دينى پرداخته و هم به کلام و مباحثى از حکمت.


همين نزديکى ميان حکمت و پاره‌اى از دانش‌هاى دينى، وسيله‌اى شد براى ادامه دادن سنت مکتب‌هاى قديم فلسفه و حکمت اسلامى در دوره‌اى که از هر حيث فاقد علت‌هاى مرجّح براى بقاى آن بود.