دورهٔ سدهٔ دهم تا سدهٔ دوازدهم هجرى، عهد انحطاط دانش‌هاى عقلى در ايران و انتقال آنها به کشورهاى مجاور، و دوران ترقى و توسعهٔ نهائى دانش‌هاى مذهبى دوازده اماميان در قلمرو دولت صفوى است. هنگامى که شاه اسمعيل اول در رسمى کردن عقيدهٔ مذهبى خود کوشش مى‌کرد، جمعى از دانشمندان ايرانى، که ميراث‌دار دانش‌هاى عقلى بازمانده از دوران تيمورى و بايندرى بودند، و حاضر به ترک اعتقاد مذهبى خود نمى‌شدند، به قتل رسيدند؛ و دستهٔ کوچکى به دگرگونى اعتقاد مذهبى تن در داده در ايران باقى ماندند و گروه بزرگى از آنان از بيم جان از ايران گريختند؛ چنانکه دانشمندان خراسان به فرارود و به سرزمين هند پناه بردند و عالمان آذربايجان به خاک عثمانى و بسى از دانايان فارس و کرمان و خوزستان به عربستان. به همين سبب است که در سدهٔ دهم هجرى شاهد وجود بسيارى از فرهيختگان ايرانى در کشورهاى چندگانهٔ ياد شده‌ايم که همگى با زن و فرزند جلاى وطن کرده و در آن سرزمين مانده‌اند و اين مسلماً يکى از بزرگترين اثرهاى نامطلوبى بود که رفتار شاه اسمعيل و سرخ‌کلاهان در محيط علمى ايران برجاى گذارد.


پس دورهٔ مورد مطالعهٔ ما از حيث علوم به هيچ روى نمى‌توانست نظير دورانى باشد که بزرگان علم را در ايران، مانند محمدبن موسى خوارزمى و رازى و ابوالوفاء بوزجانى و ابوريحان بيرونى و همانندگان آنان، پرورش داد. دوره‌اى که ما در آن مطالعه مى‌کنيم عهد توقف در انديشه‌هاى پيشينيان و عدول نکردن از آن مقوله‌ها بود، و اگر بحثى در مى‌گرفت در نحوهٔ تلقى آن مقولات بود نه از باب شکّ و ترديد در آنها يا قبول و انکار آنها به صرافت طبع.


در چنين احوالى است که استناد تام و تمام بر محفوظات رواج مى‌گيرد و پيدا است که هرچه اتکاء بر حافظه بيشتر شود از نيروى عاقله بيشتر کاسته مى‌شود، تا بدانجا که بيشتر عالمان اين دوره که عنوان جامعيت در معقول و منقول را داشته‌اند مردمى بودند که ”متون“ را از برداشته و حتى يک عده مثال‌هائى را که پيشينيان در توضيح قاعده‌ها به‌کار برده بودند تکرار مى‌کرده و فاقد نيروى تغيير و تبديل آنها به مثال‌هاى تازه‌تر و مأنوس‌تر بوده‌اند.


کسانى که به دانش‌هاى عقلى سرگرم بودند، اگر احياناً در ايران تربيت مى‌يافتند، از بازار کاسد علم در اين ديار مى‌گريختند و به خاک عثمانى يا به هند روى مى‌نهادند تا در آنجاى‌ها از حمايت و تشويق پادشاهان و صاحبان جاه و مقام بهره‌مند شوند. عادةً تأليف‌هاى اين عالمان عقلى ايرانى، اگر در خاک عثمانى بودند بيشتر به تازى و اگر در سرزمين هند سر مى‌کردند غالباً به فارسى بود.


وضع عمومى دانش‌هاى معقول چنين بود که: در آغاز اين عهد آنچه از حوزه‌هاى علمى دوران تيمورى و بايندرى باقى مانده بود، به‌صورت ميراثى به محيط نامساعد عهد صفوى انتقال يافت و به‌تدريج نيروى خود را از دست داد و به نهايت ضعف و سستى انجاميد. نتيجهٔ اين حال آن بود که در قرن دهم و بخشى از سدهٔ يازدهم به‌نام گروهى از دانشمندان بازمى‌خوريم که يا از عهد پيشين بازمانده و يا زير دست همين بازماندگان تربيت يافته بودند ولى چون اقتضاى زمان جويندگان جديد دانش را به‌سوى حوزه‌هاى مذهبى مى‌کشانيد، طبعاً از شمارهٔ عالمانى که به دانش‌هاى رياضى و طبيعى روى آورند کاسته مى‌شد.


مهم‌ترين شاخه از دانش‌هاى معقول که در اين دور اهميت و اعتبارى داشت منطق و حکمت بود که آن هم با بازماندگان حوزه‌هاى علمى عهد تيمورى در ايران، مانند شمس‌الدين محمد خفرى و غياث‌الدين منصور دشتکى آغاز شد و با ميرداماد و صدراى شيرازى به درجاتى جديد از ترقى ارتقاء جست و سپس در مرحلهٔ توقف و انحطاط تدريجى و شرح و تفسير و بازگوئى سخن متقدمان و اکتفا به تعليم بعضى از متن‌هاى مشهور باقى ماند، در حالى که شديداً در استخدام دانش‌هائى از قبيل علم کلام و علم اصول، و در خدمت براى استشهاد و اثبات پاره‌اى از آيات و اخبار درآمده بود، و با تمام اين احوال از آسيب‌ حمله‌ها و مخالفت‌هاى سخت که از جانب بعضى عالمان مذهبى نظير محقق قمى و محمدباقر مجلسى و ديگران با آن مى‌شد، در امان نماند.


شمارهٔ کسانى که در اين عهد، در دانش‌هاى نظرى و رياضى و طبيعى کتاب نوشته باشند کم نيست اما نکته اينجا است که: ۱. بيشتر اين کتاب‌ها به‌دست عالمانى فراهم آمد که در بيرون از ايران به‌سر مى‌برده و گروهى از آنان ايرانى نبوده‌اند. ۲. از اين کتاب‌ها هرچه در دانش‌هاى عقلى است يا تکرار سخنان گذشتگان به‌صورتى ناقص‌تر از پيش، و يا شرح و حاشيه بر آنها، و يا تلخيص آنها و شرح آن تلخيص‌ها است؛ و هيچ کار اساسى که بتواند جاى کارهاى استادان بزرگ قرن چهارم و پنجم را بگيرد در اين عهد به‌وجود نيامد مگر منحصراً به‌دست ملاصدراى شيرازى در معدودى از آثارش. اگر دوران ممتّد ثبات و ثروت صفوى با روشن‌بينى بيشتر همراه مى‌بود شايد براى آشنائى با دانش‌هاى علمى راهى پديد مى‌آورد چنانکه در بعضى از فنون مانند اسلحه‌سازى و ساعت‌سازى، با تقليد از استادکاران و آموزندگان فرنگى، اندک توفيقى حاصل شد؛ و شگفت است که شاه عباس صفوى باهوش خداداده‌اش، در همان حال که اجبار زمان را در استفاده از فنون غربيان احساس مى‌کرد از آن تنها براى توپ و تفنگ در مقابله با عثمانيان بهره برد و از هئيت‌هاى غربى براى راه بردن به راز ترقياتى که آغاز کرده بود استفاده‌اى ننمود و فقط به مجالست با عالمان مذهبى و بزرگداشت آنان بسنده کرد.


از ويژگى‌هاى دانش‌اندوزى در اين دوران، کوشش در راه جامعيت است، يعنى رسيدن به درجه‌اى که بلوغ به مرحلهٔ نهائى آن تلقى مى‌شد و چنين مرتبه‌اى حاصل نمى‌گشت مگر با دانستن يک دورهٔ کامل از همهٔ دانش‌هائى که به‌تدريج در تمدن اسلامى رسميت و قبول عام يافته بود و آن مقدماتى است از طبيعى و رياضى و بحث‌هائى در حکمت مقبول نزد مسلمانان و همراه کردن آنها با همهٔ دانش‌هاى شرعى از تفسير و حديث و کلام و فقه و مقدمه‌ها و شعبه‌هاى آنها. سعى در رسيدن به چنين جامعيتى طبعاً از آن هنگام معمول شد که دانش‌هاى متداول در تمدن اسلامى به مرحلهٔ نهائى تدوين رسيد و سپس کتاب‌هاى درسى معينى در هر باب شناخته شد و براى تعليم و تعلّم به‌کار رفت و اين وضع از پايان قرن هفتم و به‌ويژه در سدهٔ هشتم هجرى به پيش آمد و از آن به بعد است که طالبان مستعد علوم توانستند با يک دوره تحصيل منظم، در هر دانشى کتابى معين را نزد استاد بخوانند و يک دوره از متون را به اصطلاح خود از نظر بگذرانند و جامع همهٔ آن دانش‌ها شوند و حال آنکه پيش از آن دانشمندان معدودى که به‌ندرت چنين مرتبه‌اى مى‌يافتند ناگريز بودند از راه تحقيق طولانى و تحمل رنج فراوان و صرف عمرى دراز در چنين راه دشوارى قدم نهند.


در دوران صفوى بعضى از عالمان را مى‌شناسيم که جامع معقول و منقول بوده و در بيشتر آن دانش‌ها اثرهائى از خود باز نهاده‌اند مانند غياث‌الدين منصور دشتکى و ميرداماد و صدرالدين شيرازى و آقاحسين خوانسارى و ملامحسن فيض و چند تن ديگر.


اين طالبان جامعيت در حفظ ميراث‌هاى علمى گذشتگان به واقع تحمل زحمت مى‌کردند و در محيطى که فاقد بسيارى از وسيله‌ها براى تکميل اطلاع دانش‌طلبان بود، براى آموختن هر مطلب در زاويه ”حجره‌هاى“ مدارس شب‌ها را به سپيده‌دمان مى‌کشانيدند و در راه دانش‌هائى که هيچگاه به نتيجهٔ محسوس نمى‌انجاميد زندگانى را به انجام و آغازى را به فرجام مى‌بردند.


اما اينگونه رنجبردارى‌ها به کوشش کسى مى‌مانست که تخم در شوره‌زار افکند. سعى در شناخت جهانى که پروردگار دانا هر حرکت و تحول را در آن تابع قانونى خاص کرده، ممکن نيست مگر در تماس مستقيم با همان جهانِ حرکت و تحول، و چنين تماس براى کسى که در درياى الفاظ غوطه‌ور باشد و تخيلات پيش ساخته‌اى را در گوشهٔ انزواى خود به نيروى منطق ارسطوئى اثبات کند، هرگز مسير نيست و او هيچگاه بدان نتيجه‌ها نمى‌رسد که طرفداران تجزبه و استقراء رسيده‌اند. کسانى که در حوزهٔ دانش‌هاى تجربى و اثباتى سنت‌گرائى آغاز کرده و خود را در تار و پود گفتارهاى گذشتگان درافکنده باشند و از اين ”زندان ابد“ راهى به عالم خارج نجويند، فقط در همان عوالم ابتدائى گذشته باقى مى‌مانند و هرگز به محيطى که جهانِ تازگى‌ها است نمى‌رسند چنانکه اين ”جامعان علوم“ که آن همه در درک گفتار پيشينيان رنج مى‌برده و شرح و حاشيهٔ پيروان آنها در تفسير و اثبات گفتارهايشان به دفعات مى‌خوانده‌اند هم هيچگاه به‌جائى نرسيدند و تنها ارزش وجودى آنان نگهداشت نسبى ميراث‌هاى فکرى گذشته بود.