۱) این دستگاه غذا را در مدت کوتاهی گرم می کند و یا می پزد. ولی غذای طبخ شده در آن چندان خوشمزه نیست. در ضمن در مورد استفاده از آن، چند نکته ی اساسی نیز وجود دارد.

منبع ارتعاش در دستگاه میکروویو ثابت است و اگر غذایی در مجاورت آن باشد تنها بخشی که نزدیک منبع ارتعاش قرار دارد گرم می شود. میزان نفوذ امواج در ماده ی غذایی حدود ۳- ۵/۲ سانتی متر می باشد. در داخل دستگاه های قدیمی، چرخاننده ای وجود داشت که با حرکت دادن غذا در جلوی دستگاه های لرزاننده به تمام غذا، اجازه ی دریافت انرژی کافی برای گرم شدن را می داد. اغلب دستگاه های میکروویو علاوه بر سیستم چرخاننده، دارای پروانه ی (عموما فلزی) جداگانه ای نیز هستند که با جابه جا کردن هوا، به همه ی مواد غذایی گرما می رساند.

۲) براساس برخی مطالعات، ارتعاشات شدید میکروویو موجب پاره شدن دیواره ی سلول های غذاها و به هم ریختن ساختمان ظریف برخی مواد غذایی از جمله ویتامین ها شده و آن ها را به سرعت از بین می برد.

در ضمن در اثر به جا ماندن رادیکال های آزاد باقیمانده ی حاصل از ضایعات ویتامین ها و دیگر ملکول های تخریب شده، ممکن است درون غذا ترکیبات جدید خطرناکی ایجاد شود. برخی مطالعات، تغییراتی را در خون افراد استفاده کننده از غذاهای میکروویو شده گزارش نموده اند و همچنین احتمال سرطان زا بودن این دستگاه را مطرح کرده اند.

۳) نمی توان از هر نوع ظرفی در اجاق های میکروویو استفاده کرد. زیرا برخورد امواج با سطح فلزات، ممکن است موجب ایجاد شعله و آتش سوزی و حتی انفجار دستگاه شود. اکنون ظروف فلزی مخصوصی جهت استفاده در میکروویوها ساخته شده است. امروزه ظروف فراوانی با برچسب "قابل استفاده در میکروویو" در معرض فروش هستند، ولی اینکه برای کنترل کیفیت و سلامت آن ها از کدام استاندارد استفاده شده و یا باید استفاده شود به طور دقیق مشخص نیست. برخی ظروف پلاستیکی غیر استاندارد، هنگام تماس با مواد داغ، پلیمرهای شیمیایی منتشر می کنند که برای بدن انسان ایجاد مسمومیت کرده و مصرف غذاهای گرم شده در این ظروف را خطرناک می سازد. به همین دلیل توصیه نمی شود غذا یا نوشیدنی های داغ را در ظروف پلاستیکی نگهداری و یا سرو نمایند.

بحث ضررهای ناشی از استفاده از این دستگاه در طبخ و گرم کردن غذا، از مدت ها پیش مطرح بوده است. طبق نظر مخالفان با استفاده از این دستگاه، امواج این دستگاه علاوه بر ضایعات مواد غذایی، ممکن است به افراد نیز برخورد کرده و موجب ضایعاتی در بدن آن ها شود. طبق مطالعات علمی، حتی استفاده ی طولانی مدت از دستگاه(میکروویو)، به دلیل وجود امواج با طول کوتاه موجب ایجاد ضایعات و سرطانی کردن بافت های بدن فرد استفاده کننده می شود. موادی از نشت امواج حاصل از اجاق های میکروویو گزارش شده که در دراز مدت موجب نابودی برخی افراد استفاده کننده شده و حتی به مرگ برخی آن ها نیز انجامیده است. فرهای میکروویو امروزی نسبت به اولین نسل این دستگاه ها (که بیش از سی سال پیش به بازار آمدند) ایمنی بیشتری دارند. امکان خروج امواج از آن ها بسیار کمتر است و معمولاً در کارخانه توسط دستگاه های حساس، آزمایش و کنترل می شوند. در ضمن این اجاق ها (چه انواع قدیمی و چه انواع پیشرفته ی امروزی)، هیچ نوع تشعشع رادیو اکتیویته ای تولید نمی نمایند. علاوه بر نکات یاد شده، سوختگی ناشی از استفاده از این دستگاه نیز مطرح است، ولی نسبت به سایر روشهای پخت ،احتمال سوختگی کمتر است.

پختن تخم مرغ در این دستگاه، گاه به انفجار آن در محوطه ی اجاق میکروویو منجر می شود. گرم کردن شیر در ظروف شیشه ای، سبب می شود حرارت شیر بسیار بیشتر از حرارت ظرف آن باشد. نوشیدن چنین شیری موجب سوختگی شدید هم گردیده است.

در ضمن مواردی از کاهش سطح هموگلوبین خون در اثر مصرف شیر گرم شده با مایکروویو نیز گزارش شده است. همچنین هنگام گرم کردن شیر مادر ( منظور شیر مادر نگهداری شده در فریزر می باشد) در میکروویو، ایمنوگلبولین های موجود در شیر مادر به سرعت تخریب می شوند. به همین دلیل استفاده از این دستگاه در گرم کردن غذای کودکان توصیه نمی شود. مثال دیگر از تفاوت گرمایی مواد مختلف هنگام گرم کردن آن ها در اجاق میکروویو، گرم کردن غذاها در ظروف سفالی است. ظروف سفالی معمولا از مواد داخل آن گرم تر می شوند. دست زدن به این ظرف موجب سوختگی می شود. به عنوان نمونه ای دیگر، هنگام استفاده از اجاق میکروویو جهت گرم کردن نان شیرینی مربایی، مربای درون شیرینی به شدت گرم می شود در حالی که بقیه ی مواد هنوز خیلی گرم نشده اند.هوای داخل دستگاه میکروویو، بسیار خنک ترازغذ ای در حال پخت و یا گرم شدن است. زیرا ارتعاشات تولیدی اجاق میکروویو، موجب لرزش ملکول های غذایی و همچنین ملکول های هوا می شود؛ ولی این ارتعاشات به گرم شدن هوا نمی انجامد.