نظریه داروین بسیار ساده است. این نظریه واجد دو وجه اساسی است، اول اینكه تمامی اشكال حیات از راه تغییرات تدریجی و طی زمانی طولانی از نیایی مشترك نشات گرفته اند و دوم آنكه تبیین این تغییرات تدریجی كه شامل ظهور گونه های جدید نیز هست با انتخاب طبیعی است. انتخاب طبیعی به این معناست كه موجودات زنده ای كه بیشترین سازگاری را با محیط زیست شان دارند توسط محیط برای بقا و تولید مثل انتخاب خواهند شد در حالی كه موجودات زنده سازگاری نایافته (و بنابراین به لحاظ تولید مثلی ناموفق) از بین خواهند رفت. داروین در ابتدا نظریه خود را «تبارزایی توام با تغییر» نامید اما بعد اصطلاح «تكامل» را پذیرفت.
قبل از اینكه داروین بتواند تكامل را نظریه ای علمی قلمداد كند مجبور بود سازوكاری را برای تبیین چگونگی ظهور گونه های جدید كه طی یك دوره زمانی پدید می آیند ارائه دهد. در ۱۸۳۸ (بیش از بیست سال قبل از انتشار كتاب منشاء انواع) در حالی كه داروین مشغول خواندن رساله «در باب اصل جمعیت» نوشته توماس مالتوس بود به ناگاه پاسخ سئوال خود را یافت. مالتوس اشاره كرده بود كه رشد جمعیت آدمی همواره به وسیله میزان غذای در دسترس محدود می شود، بنابراین همواره تنازعی در میان انبوه زادگان بر سر میزان محدود منابع غذایی وجود خواهد داشت. در چنین رقابتی طبیعت با بی رحمی افراد قوی را انتخاب و افراد ضعیف را حذف خواهد كرد. داروین پس از خواندن مالتوس به این نتیجه رسید كه در هرگونه ای از موجودات زنده تنازع برای بقا تنوع های مساعد را ابقا و تنوع های نامساعد (ناسازگار) را حذف خواهد كرد.
برای مثال در جمعیتی از سهره ها افرادی كه به صورت تصادفی شكل نوك آنها به گونه ای است كه می تواند نوعی خاص از دانه های در دسترس را بشكند شانس بیشتری برای بقا از سایر سهره های فاقد این خصیصه دارند. بقا پیدا كردن این دسته به وضوح شانس بهتری برای آنها، نسبت به سایر افراد، برای تولید مثل و انتقال نوك های سازگار یافته تر توسط وراثت به نسل بعد فراهم می آورد. طی یك دوره طولانی تغییرات سازگاری كوچك انباشته شده و نه تنها تغییراتی در یك گونه خاص فراهم می آورد بلكه منجر به ظهور گونه های مجزا نیز می شود. امروزه تكامل گرایان تغییرات كوچك درون یك گونه را تكامل خرد و تغییرات بزرگتر كه منجر به ظهور گونه های جدید می شود را تكامل كلان می گویند. وقتی كه داروین به نظریه انتخاب طبیعی حدود سال ۱۸۳۸ رسید، با كمال تعجب او بیست سال دیگر نیز صبر كرد و نظریه خود را منتشر نساخت، تنها وقتی داروین فهمید كه تفسیر مشابهی از تكامل توسط آلفرد راسل والاس در شرف چاپ است با عجله خلاصه ای از نظریه خود را آماده چاپ كرد. این خلاصه به شكل كتاب وزین و مشهور «منشاء انواع» درآمد. شاید یكی از دلایلی كه داروین آن قدر در چاپ افكارش تامل كرده این است كه او می دانسته به عنوان یك دانشمند بایستی جانب احتیاط را از دست ندهد. یك دانشمند قابل تا قبل از اینكه شواهد كافی برای افكار جدید و انقلابی اش نیابد آن را در معرض عموم قرار نمی دهد و بی شك داروین نیز دانشمندی مراقب بود. اما دلیل دیگری كه برای تاخیر انتشار كتابش می توان ارائه داد این است كه او انسانی متواضع و ملایم بود و می دانست آرای او تاثیرات دینی شدیدی بجا خواهد گذاشت.

هادی صمدی