دانه خرفه که اغلب برای تزئین شیرینی استفاده می‌شود خواص درمانی فراوانی دارد. این دانه مانند گیاه آن غنی از اسیدهای چرب ضروری برای بدن است. اسید آلفالینولئیک و پالمیتیک اسید، اسیدهای چربی هستند که پس از ورود به بدن به اسیدچرب ضروری امگا۳ تبدیل می‌شود. اسید چرب امگا۳ از موادغذایی مفید شناخته شده برای بدن است که به مقدار فراوان در روغن ماهی یافت می‌شود و علاوه بر خواص ضدالتهابی، سلامت قلب و عروق را حفظ می‌کند.

دانه خرفه برای بیماری‌های گوارشی مفید بوده و باعث تقویت روده می‌شود، ضدانگل است و برای درمان اسهال و تب مفید خواهد بود.

یکی دیگر از خواص دانه خرفه، ترکیبات مفید آن است که برای سلامت چشم ضروری است و التهاب چشم را کاهش می‌دهد.

دانه خرفه لعاب‌دار بوده و به دلیل خواص نرم کنندگی آن در درمان گلو درد و سرفه‌های خشک مؤثر است. خواص گیاه خرفه بیش از دانه آن است و به دلیل محتوای فراوان اسید چرب امگا ۳ و املاحی مانند پتاسیم و فسفات در درمان بسیاری از بیماری‌های قلبی و عروقی، دیابت، آلزایمر و آرتریت مفید است.