سید محمد خاتمی در سال ۱۳۲۲ هجری شمسی در شهر اردکان از توابع استان یزد متولد شد. وی فرزند مرحوم آیت الله سید روح الله خاتمی از روحانیون به نام و بلند آوازهٔ آن دیار بود که مؤسس مدرسهٔ علمیهٔ اردکان و امام جمعهٔ آن شهر نیز بود.
سید محمد خاتمی دو برادر و چهار خواهر دارد. در سال ۱۳۵۳ با خانم زهرهٔ صادقی ازدواج کرد که ثمرهٔ این ازدواج، دو دختر و یک پسر به نامهای لیلا، نرگس و سید عمادالدین است.
او تحصیلات ابتدایی، متوسطه و دبیرستانی خود را در شهر اردکان پشت سر گذاشت و در همهٔ این سال ها جزو شاگردان ممتاز بود.
در سال ۱۳۴۰ و پیش از اخذ مدرک دیپلم، به شوق تحصیل در علوم و معارف دینی، در حالی که بخشی از مقدمات را در محضر پدرش فرا گرفته بود، رهسپار شهر قم شد و در آنجا دیپلم متوسطه را نیز در رشته طبیعی دریافت کرد.
سید محمدخاتمی ضمن حضور در مبارزات سیاسی حوزه در سال های ۴۱ و ۴۲، به مدت چهار سال در حوزهٔ علمیهٔ قم «مقدمات» و «سطح» را فرا گرفت و در سال ۱۳۴۴ برای تحصیل در رشتهٔ فلسفه به دانشکدهٔ ادبیات اصفهان راه یافت و همزمان با آن، سطوح عالیهٔ علوم دینی را در حوزهٔ علمیهٔ اصفهان ادامه داد.
وی در سال ۱۳۴۸ با درجه کارشناسی از دانشگاه اصفهان فارغ التحصیل شد. به دنبال آن و علیرغم داشتن شرایط اجتهاد برای معافیت از خدمت سربازی، او را به اجبار به خدمت سربازی بردند.
در سال ۱۳۴۹ در دورهٔ کارشناسی علوم تربیتی دانشگاه تهران پذیرفته شد و به ادامه تحصیل پرداخت و در حالی که امکان استفاده از بورس تحصیلی دورهٔ دکترا در خارج از کشور از طرف دانشگاه تهران برای او فراهم بود، ترجیح داد به قم بازگردد.
خاتمی ظرف چند سال اقامت در قم، دروس «خارج»، «فقه و اصول» و دورهٔ عالی فلسفه را در محضر آیات عظام و استادانی چون مرتضی حائری یزدی، وحید خراسانی، سید موسی شبیری زنجانی، شهید مرتضی مطهری و عبدالله جوادی آملی پشت سرگذاشت.
خاتمی پس از انقلاب، مسئولیت هایی را به عهده داشت که عبارتست از:
▪ سال ۵۸ ریاست مرکز اسلامی هامبورگ
▪ سال ۵۹ نمایندهٔ مردم اردکان و میبد در مجلس شورای اسلامی
▪ سال ۶۰ سرپرست کیهان (به فرمان امام خمینی ره)
▪ سال ۶۸ وزیر فرهنگ و ارشاد (در کابینهٔ آقای هاشمی رفسنجانی)
▪ سال ۷۱ مشاور رئیس جمهور و رئیس کتابخانه ملی ایران
▪ سال ۷۵ عضویت در شورای عالی انقلاب فرهنگی
▪ سال ۱۳۷۶ رئیس جمهوری برگزیده دوم خرداد۷۶
▪ سال ۱۳۸۰ رئیس جمهوری برگزیدهٔ ۱۸ خرداد۸۰