دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم متشکل است از چهار معاونت؛ آموزش، پژوهش، فرهنگی و تبلیغی، منابع انسانی و پشتیبانی، پنج اداره کل؛ دفتر ریاست، اداره کل امور حقوقی و مجلس، اداره کل روابط عمومی و امور بین الملل، دفتر نظارت و بررسی، دفتر برنامه ریزی و توسعه فناوری اطلاعات، پنج موسسه و مرکز وابسته؛ دانشگاه باقرالعلوم(ع)، پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی، موسسه بوستان کتاب، صندوق قرض الحسنه، موسسه دهکده محققین (وسف) و سه شعبه خراسان، اصفهان و ایرانشهر و دو نمایندگی در تهران و خوزستان است.
معاونت پژوهش و پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی: با تاسیس دفتر تبلیغات اسلامی، فعالیت های پژوهشی در این دفتر آغاز شد. با گذشت حدود دو دهه اقدامات پژوهشی، با عنوان «مرکز مطالعات و تحقیقات اسلامی» سرانجام در سال ۱۳۸۳ «پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی» از سوی شورای عالی گسترش به تصویب رسید. امروز دفتر و پژوهشگاه علوم و فرهنگ اسلامی با بهره مندی از ۸۲ عضو هیات علمی و ۵۵۰ نفر محقق به «تولید و توسعه دانش و معرفت اسلامی»، «تامین نرم افزاری و محتوایی ساحت های فرهنگ» و «معطوف سازی پژوهش به تامین نیازهای معرفتی جامعه و نظام» مشغول است. این مجموعه هم اکنون دارای ۵ پژوهشکده «فلسفه و کلام اسلامی»، «فقه و حقوق»، «علوم و اندیشه سیاسی»، «تاریخ و سیره اهل بیت» و «انتظار نور» و ۶ مرکز علمی پژوهشی «پاسخگویی به سوالات دینی»، «فرهنگ و معارف قرآن»، «احیای آثار اسلامی»، «اطلاعات و مدارک اسلامی»، «مطالعات فرهنگی و اجتماعی» و «جنبش نرم افزاری و توسعه علوم اسلامی» و ۶ گروه مستقل پژوهشی در قم، مشهد و اصفهان؛ «اخلاق و تربیت اسلامی»، «غرب شناسی»، «ادیان»، «مذاهب و فرق اسلامی»، «علوم اقتصادی» و «علوم اجتماعی» و ستاد ساماندهی مراکز پاسخگویی دینی است. همچنین وجود یک سامانه انتشاراتی با عنوان نشر پژوهشگاه و بیش از ۱۵ کتابخانه عمومی و تخصصی (با بیش از ۱۰۵ هزار عنوان کتاب) و کتابخانه دیجیتال (با ۴ هزار عنوان کتاب و ۳ هزار عنوان مقاله) از دیگر مراکز این بخش است. انتشار ۳۴۷ عنوان کتاب، ۱۱۲ اثر در حال نشر و بیش از ۳۰۰ طرح در دست تحقیق و ترجمه، ۸ عنوان نشریه تخصصی «نقد و نظر، آیینه پژوهش، حوزه، فقه، پژوهشنامه جامعه، اخلاق، پژوهش های قرآنی و پگاه حوزه»، انتخاب بیش از ۱۰۰ اثر برگزیده در جشنواره های مختلف و کسب عناوین کتاب سال کشوری، حوزوی، دانشجویی و دین پژوهی و...، و برگزاری ده ها کنگره بین المللی، همایش ملی، کرسی نظریه پردازی، مناظره علمی، کرسی آزاداندیشی و جلسات نقد کتاب و ایجاد ۱۴ سایت فعال و ارائه ۷ نرم افزار علمی و پژوهشی، در کارنامه این مجموعه وجود دارد.
معاونت آموزش و دانشگاه باقرالعلوم(ع): در سال ۱۳۷۰ با اخذ موافقت اصولی از شورای عالی گسترش، موسسه آموزش عالی باقرالعلوم(ع) راه اندازی شد. موسسه آموزش عالی باقرالعلوم(ع) با رویکرد تعریف و راه اندازی رشته های علوم انسانی اسلامی مورد نیاز عرصه فرهنگ، با اخذ مجوز قطعی از وزارت علوم، تحقیقات و فناوری در سال ۱۳۸۴ با عنوان دانشگاه باقرالعلوم(ع) فعالیت آموزشی خود را استمرار داد. هم اکنون بخش آموزشی دفتر و دانشگاه باقرالعلوم(ع) دارای ۳ دانشکده «علوم سیاسی، اجتماعی و تاریخ»، «معارف، فلسفه و کلام اسلامی» و «دانشکده زبان های خارجی(عربی، انگلیسی و فرانسه)» و ۴ مرکز تخصصی «آموزش های علوم اسلامی»، «فرهنگی کاربردی»، «ادبی و هنری» و «تربیت مربی کودکان و نوجوانان»، ۹ گروه مستقل آموزشی در مشهد و ۲ گروه مستقل در اصفهان و ۲ «کتابخانه تخصصی» با بیش از ۵۹ هزار عنوان کتاب به زبان های فارسی، عربی و انگلیسی و بهره مند از ۲۷۰ نفر استاد و ۳۴ نفر عضو هیات علمی و حضور سالانه بیش از ۲ هزار طلبه دانشجو است. انتشار ۲۲ عنوان کتاب و ۳ عنوان نشریه (فصلنامه های تخصصی علوم سیاسی و تاریخ اسلام و آیینه حکمت)، برگزاری ۳۱ همایش و سمینار علمی، تدوین بیش از هزار پایان نامه در عرصه های مختلف علوم انسانی–اسلامی، کسب ده ها رتبه کشوری در جشنواره های مختلف، عقد ۱۲ تفاهمنامه با مراکز و دانشگاه های داخل و خارج از کشور و مشارکت در برگزاری دوره های آموزشی روحانیون حج و تربیت اساتید معارف اسلامی دانشگاه ها در کارنامه این مرکز موجود است.
معاونت فرهنگی و تبلیغی: دفتر تبلیغات اسلامی در بدو تاسیس اقدام به جذب و اعزام مبلغ کرد. امروز این مجموعه نزدیک به ۳۰ هزار مبلغ از طلاب و فضلای حوزه های علمیه قم، مشهد و اصفهان برخوردار است که در ۱۵۰ روز در سال به پوشش تبلیغی مشغولند. این معاونت در این راستا به برگزاری همایش و نشست علمی و کاربردی برای مبلغان، برگزاری جشنواره سالیانه برترین های تبلیغ در قم، مشهد و اصفهان، انجام پروژه های مطالعاتی در راستای فعالیت های فرهنگی و تبلیغی، حمایت از ایده های نو و ابتکاری مبلغین، جمع آوری اطلاعات جامع مبلغان، تهیه و انتشار ۶ نشریه فرهنگی ترویجی «پیام زن»، «پاسدار اسلام»، «معارف اسلامی»، «سنجاقک»، «پوپک»، «سلام بچه ها» و تدوین و نشر محتوای تبلیغی در قالب کتاب و جزوات «ره توشه راهیان نور» می پردازد.