ژنوم ويروس هرپس سيمپلکس (HSV) نوعى DNA خطى و دو رشته‌اى است که بيش از ۷۰ محصول را کدگذارى مى‌کند. هومولوژى نهائى قطعه DNA بين HSV-1 و HSV-2 تقريباً ۵۰ درصد است. عفونت HSV بعضى از سلول‌هاى عصبى منجر به مرگ آنها نمى‌شود؛ در عوض ژنوم ويروس در يک حالت تضعيف شده به‌نام نهفتگى (Latency) در سلول باقى مى‌ماند. فرايند فعال شدن ژنوم ويروس که منجر به تکثير ويروس و زخم‌هاى راجعه مى‌شود به فعال شدن مجدد (Reactivation) موسوم است.

پاتوژنز

تماس سطوح مخاطى يا پوست آسيب‌ديده با HSV باعث ورود ويروس و شروع تکثير آن در سلول‌هاى درم و اپيدرم مى‌شود. پايانه‌هاى اعصاب حسى و اتونوم ممکن است آلوده شود، بدون اينکه ضايعات بارز بالينى ايجاد شوند. در ابتدا ويروس در گانگليون‌ها و بافت عصبى مجاور تکثير مى‌يابد؛ انتشار از طريق اعصاب حسى محيطى صورت مى‌گيرد. مکانيسم فعال شدن مجدد مشخص نيست اما تحريکاتى مثل نور ماوراء بنفش، سرکوب سيستم ايمني، ضربه به پوست يا گانگليون‌ها با فعال شدن مجدد ارتباط داشته‌اند.