اسهال عفونى ممکن است توسط تعداد بسيار زيادى از ميکروارگانيسم‌ها ايجاد شود که ممکن است با واسطه توکسين‌ها و ويا تهاجم مستقيم به مخاط گوارشى باعث اسهال شوند. بهتر است بيمارى‌هاى اسهالى را براساس اينکه پاتوژن‌هاى مسئول آنها موجب تغييرات التهابى يا غير التهابى در روده‌ها مى‌شوند طبقه‌بندى نمائيم. پاتوژن‌هائى که سبب التهاب حاد مى‌شوند (مانند سوش‌هاى شيگلا، کامپيلوباکتر ژژوني، انتامباهيستوليتيکا) دستگاه گوارش تحتانى را درگير مى‌کنند؛ سبب اسهال کم حجم، چرکى يا خونى مى‌شوند؛ و با تب همراه هستند. عفونت‌هاى ناشى از پاتوژن‌هاى غير التهابى (مانند اشريشياکولى انتروتوکسيژنيک، ژيارديا لامبليا) دستگاه گوارش فوقانى را درگير مى‌کنند و موجب اسهال با حجم بيشتر ولى غير خونى مى‌شوند که در آن سلول‌هاى PMN وجود ندارد.