اکثر موارد آندوکارديت توسط تعداد کمى از سو‌ش‌هاى باکتريائى ايجاد مى‌شوند (به جدول ۱-۱۲۶ در هاريسون ۱۵ مراجعه کنيد). نوع ميکرب عامل در ميان انواع بالينى عمده آندوکارديت مختلف است و تا حدودى به محل ورود ميکرب به جريان خون و محل اکتساب عفونت (مثلاً در بيمارستان يا جامعه) بستگى دارد. در آندوکارديت دريچه طبيعي، استرپتوکوک‌هاى ويريدانس، استافيلوکوک‌ها، و ارگانيسم‌هاى HACEK (سوش‌هاى هموفيلوس، آکتينوباسيلوس آکتينوميستم کوميتانس، کارديوباکتريوم هومينيس، ايکنلاکورودنس، کينگلا کينگا) از راه پوست و بخش فوقانى دستگاه تنفس؛ استرپتوکوک بوويس، از راه دستگاه گوارش؛ انتروکوک‌ها از راه دستگاه تناسلى ادراري؛ و استافيلوکوک طلائى بيمارستانى معمولاً از راه کاتتر وريدى عفونى وارد مى‌شوند. آندوکارديت دريچه مصنوعى (PVE) اگر ظرف ۲ ماه بعد از تعويض دريچه ايجاد شود، ناشى از ارگانيسم‌هائى است که همراه با باکتريمى متعاقب عمل هستند. PVE ناشى از استافيلوکوک‌هاى کوآگولاز منفى در طول ۱۲ ماه بعد از تعويض دريچه معمولاً از بيمارستان کسب مى‌شود.


علت ميکربى PVE بعد از گذشت ۱۲ ماه از تعويض دريچه مشابه آندوکارديت دريچه طبيعى است. آندوکارديت در زمينه ضربان‌ساز وريدى يا دفيبريلاتور کاشتنى معمولاً در بيمارستان کسب مى‌شود و ناشى از استاف طلائى يا استافيلوکوک‌هاى کوآگولاز منفى است. آندوکارديت در افرادى که مواد مخدر تزريق مى‌کنند IDUs) Injection Drug Users)، معمولاً ناشى از استاف طلائى (اغلب مقاوم به متى‌سيلين) است، ولى تعدادى از ارگانيسم‌ها قادر به ايجاد آندوکارديت طرف چپ قلب در اين افراد هستند. بروز آندوکارديت چند ميکربى در اين افراد بيشتر از افرادى است که مواد مخدر تزريق نمى‌کنند. در ۱۵-۵% بيماران دچار آندوکارديت ”کشت منفي“ کشت‌هاى منفى در نيمى از موارد ناشى از مصرف قبلى آنتى‌بيوتيک است.


بقيه موارد ”کشت منفي“ ناشى از ارگانيسم‌هاى داراى نيازهاى تغذيه‌اى خاص، از جمله گروه HACEX، استرپتوکوک‌هاى نيازمند پيريدوکسال (سوش‌هاى آبيوتروفيا)، سوش‌هاى بارتونلا، کوکسيلا بورنتي، و سوش‌هاى بروسلا مى‌باشد.