تشخيص عفونت کلستريديائى بايد عمدتاً بر مبناى يافته‌هاى بالينى صورت گيرد زيرا تنها وجود کلستريديا در زخم، الزاماً به مفهوم بيمارى شديد نيست. ديدن گاز در راديوگرافى يک کليد تشخيصى است اما گاهى در عفونت‌هاى مخلوط هوازى - بى‌هوازى هم ديده مى‌شود. ميونکروز کلستريديائى را مى‌توان با بررسى برش منجمد عضله تشخيص داد. بيماران ممکن است دچار آنمى هموليتيک، هموگلوبينوري، و هموليز داخل عروقى منتشر شوند. کوليت مرتبط با کلستريديوم ديفيسيل را غالباً با يافتن توکسين A از طريق اليزا تشخيص مى‌دهند. کشت مدفوع به همراه خنثى‌سازى مناسب با کمک آنتى‌توکسين قطعى‌ترين روش تشخيصى (Gold Standard) است اما نياز به تسهيلات کشت بافت داد.