موفقيت يا شکست تلاش براى کشت عوامل بيمارى‌زا باکتريائي، قارچي، يا ويروسى با نوع نمونه تهيه شده، روش جمع‌آورى و انتقال آن، و آماده‌سازى آزمايشگاهى مناسب هر نمونه رابطه نزديکى دارد. در جدول (توصيه‌هائى براى جمع‌آورى و انتقال نمونه‌ها براى کشت) روش‌هاى جمع‌آورى وانتقال نمونه‌هاى بالينى شايع آورده شده است. پزشکانى که در مورد روش مناسب براى يک وضعيت خاص شک دارند بايد قبل از تهيه نمونه با آزمايشگاه ميکروبيولوژى مشورت نمايند.

جدول توصيه‌هائى براى جمع‌آورى و انتقال نمونه‌ها براى کشت

نوع کشت (نام‌هاى مترادف) نمونه حداقل حجم ظرف ساير ملاحظات
خون  
خون، روتين (کشت خون از نظر هوازى، بى‌هوازى‌، و قارچ‌ها) خون کامل براى بالغين و کودکان ۲ لوله هر کدام ۱۰ ميلى‌ليتر، براى شيرخواران در صورت
امکان ۲ لوله هر کدام ۵
ميلى‌ليتر، براى نوزادان
حجم کمترى لازم است
زيرنويس (a) را ببينيد زيرنويس (b) را ببنيد
خون از نظر قارچ‌ها، سوش‌هاى مايکوباکتريوم خون کامل ۲ لوله هر کدام ۱۰ ميلى‌ليتر (همانند کشت روتين خون)، يا در لوله جداکننده همانند کشت روتين خون قيد کنيد ”انکوباسيون
طولانى مدت لازم است“
چون عامل قارچى براى
رشد نياز به ۴ هفته يا
بيشتر دارند.
خون، جداکننده (ليز سانتريفوژ) خون کامل ۱۰ ميلى‌ليتر لوله‌هاى جداکننده عمدتاً براى جدا کردن قارچ‌ها، مايکوباکتريوم، يا ساير هوازى‌هاى نيازمند تغذيه خاص و براى حذف آنتى‌بيوتيک‌ها از خون کشت داده شده (که در آن ارگانيسم‌ها با سانتريفوژ تغليظ مى‌شوند) کاربرد دارد.
دستگاه تنفسى  
بينى سواب سوراخ‌هاى بينى يک سواب محيط کشت استريل يا دستگاه انتقال مشابه که حاوى محيط نگه‌دارنده باشد از سواب ساخته شده از کلسيم آلژينات مى‌توان استفاده کرد.
حلق سواب فارنکس خلفي، زخم‌ها يا نواحى مشکوک به وجود چرک يک سواب محيط کشت استريل يا دستگاه جمع‌آورى سواب مشابه که حاوى محيط نگه‌دارنده باشد زيرنويس (c) را ببينيد.
خلط خلط تازه (بزاق نباشد) ۲ ميلى‌ليتر دستگاه جمع‌آوى خلط تجارى يا ظرف استريل مشابه با درپوش بدون منفذ علت عدم قبول نمونه: دقت کنيد نمونه حاوى خلط باشد و نه بزاق. بررسى رنگ‌آميزى گرم و تعداد سلول‌هاى اپى‌تليال و PMN ممکن است بخش مهمى از ارزيابى باشد. نمونه‌هاى خلط واقعى نبايد کنار گذاشته شوند.
آسپيره برونشيال آسپيره تراشه، نمونه برونکوسکوپي، يا آسپيره برونشيال ۱ ميلى‌ليتر آسپيره در محيط انتقال لوله استريل آسپيره يا برونکوسکوپي، آسپيره برونکوسکوپى در ظرف استريل جداگانه ممکن است اقدامات احتياط خاصى بسته به ملاحظات تشخيصى لازم باشد (مثلاً پنوموسيتيس).
  مدفوع  
مدفوع براى کشت روتين؛ مدفوع از نظر سالمونلا، شيگلا و کامپيلوباکتريا سواب رکتال يا (ترجيحاً) مدفوع تازه ۱ گرم مدفوع يا ۲ سواب رکتال ظرف پلاستيکى با درپوش محکم، ساير ظروف بدون منفذ نيز قابل قبول است اگر به سوش‌‌هاى ويبريو مشکوک هستيد، آزمايشگاه را مطلع سازيد، و روش‌هاى جمع‌آورى و انتقال مناسب را به‌کار بريد.
مدفوع از نظر يرسينيا، اشرشياکولى ۰۱۵۷ مدفوع تازه ۱ گرم ظرف پلاستيکى با درپوش محکم محدوديت‌ها: اين روش نياز به تکنيک‌هاى مغذى‌سازى دارد.
مدفوع از نظر آئروموناس و پلسيوموناس مدفوع تازه ۱ گرم ظرف پلاستيکى با درپوش محکم محدوديت‌ها: مدفوع را تنها وقتى بايد براى اين ارگانيسم‌هاى کشت داد که براى ساير پاتوژن‌هاى روده‌اى هم کشت داده شود.


(a): براى نمونه‌هاى تهيه شده از افراد بالغ و کودکان، دو لوله بايد استفاده شود، يکى از آنها بايد حاوى فسفات دکستروز، سوس تريپتيک، يا آبگوشت مناسب ديگرى باشد و لوله ديگر حاوى تيوگليکولات يا يک آبگوشت ديگر که داراى مواد احياءکننده براى جداسازى بى‌هوازى‌هاى اجبارى باشد. در موارد خاص (مانند شک به عفونت قارچي، آندوکارديت کشت منفي، يا مايکوباکتريمي)، مى‌توان از سيستم‌هاى جمع‌آورى خون مختلفى استفاده کرد (قسمت سيستم‌هاى جداکننده را در جدول نگاه کنيد).


(b): جمع‌آوري: بايد روش ضدٌ عفونى مناسبى براى لوله جمع‌اورى و بيما در نظر گرفته شود، دقت کنيد که حباب‌هاى هوا وارد لوله‌هاى آبگوشت بى‌هوازى نشود. ملاحظات خاص: هيچ آزمايش ميکروبيولوژى بالينى از شناسائى پاتوژن‌هاى موجود در خون مهم‌تر نيست. شناسائى سريع عوامل باکتريائى و قارچى عامل تعيين‌کننده بقاى بيمار است. باکترى‌ها ممکن است به‌صورت مداوم درخون باشند (مانند آندوکارديت، سپسيس شديد، و مراحل اوليه سالمونلوز و بروسلوز) يا به‌طور متناوب در خون حضور يابند (مانند بيشتر عفونت‌هاى باکتريائي، که باکترى‌ها به‌صورت متناوب وارد خون مى‌شوند) بسيارى از سيستم‌هاى کشت خون از لوله جداگانه حاوى محيط آبگوشت استفاده مى‌کنند؛ يکى از آنها در آزمايشگاه در هوا قرار داده مى‌شود تا ارگانيسم‌هاى اختيارى و هوازى رشد کنند و ديگرى در شرايط بى‌هوازى نگهدارى مى‌شود. در موارد شک به باکتريمى يا فونگمى مداوم، قبل از شروع درمان ۲ يا ۳ نمونه بايد گرفته شود، و در صورت شک به ارگانيسم‌هاى نيازمند تغذيه خاص بايد نمونه‌هاى اضافى ديگرى تهيه شود. در موارد باکتريمى متناوب، بايد در طول ۲۴ ساعت اول ۲ يا ۳ نمونه با فواصل حداقل يک ساعت تهيه شود.


(c): فلور طبيعى شامل استرپتوکوک‌هاى α هموليتيک، سوش‌هاى نيسرياى ساپروفيتيک، ديفتروئيدها، و سوش‌هاى استافيلوکوک است. کشت هوازى حلق (روتين) شامل جستجو و شناسائى سوش‌هاى استرپتوکک β هموليتيک و ساير ارگانيسم‌هاى بالقوه پاتوژن است. ارگانيسم‌هائى نظير استافيلوکوک طلائي، هموفيلوس آنفلوآنزا و استرپتوکوک پنومنيه هرچند جزءِ فلور طبيعى محسوب مى‌شوند، ولى در صورت درخواست، بيشتر آزمايشگاه‌ها آنها را شناسائى مى‌کنند. در صورت شک به نيسريا گنوره يا کورينه باکتريوم ديفتريه، درخواست کشت مخصوص لازم است.