بيمارى‌هاى التهابى روده (IBD) اختلالات التهابى مزمن دستگاه گوارش با اتيولوژى نامعلوم هستند. حداکثر سن بروز بيمارى بين سنين ۱۵ تا ۳۰ وو ۶۰ تا ۸۰ سال است ولى مى‌تواند در هر سنى شروع شود. فعال شدن سلول‌هاى ايمنى پاتوژنز IBD را تشکيل مى‌دهد. فعال شدن سلول‌هاى ايمنى با عوامل محرک ناشناخته (؟ ميکروارگانيسم، اجزاء مواد غذائي، آنتى‌ژن باکتريال با آنتى‌ژن خود فرد) موجب آزادسازى سايتوکاين‌ها و واسطه‌هاى التهابى مى‌گردد. افزايش خطر در بستگان درجه يک بيماران مبتلا به IBD و همسانى نوع IBD، محل بيمارى کرون و سير بالينى آن جزء ژنتيکى بيمارى را پيشنهاد مى‌کند. همراهى HLA-DR2 در بيماران ژاپنى مبتلا به کوليت اولسروز و بيمارى کرون مرتبط با ژن روى کروموزوم ۱۶ گزارش شده است. ساير عوامل بالقوه پاتوژنيک شامل آنتى‌بادى‌هاى ضدٌ نوتروفيلى سيتوبلاسميک (ANCA) در سرم ۷۰ درصد مبتلايان به کوليت الوسروز و آنژئيت گرانولوماتوز (واسکوليت) در بيمارى کرون است. عفونت‌ها، NSAIDs، استرس مى‌توانند شعله‌ور شدن حاد بيمارى را تسهيل نمايند. شروع کوليت اولسروز اغلب به‌دنبال قطع مصرف سيگار است.