در گذشته زخم‌هاى قارچى قرنيه تنها در حضور تلقيح فراوان ارگانيسم به استروماى قرنيه رخ مى‌داد و اين حالت تنها در کشاورزان امکان‌پذير بود؛ ولى با پيدايش استروئيدها اين زخم‌ها در جمعيت شهرى نيز شايع شده است (با وجود تلقيح اندک ارگانيسم). زخم‌ها اغلب همراه با انفيلتراسيون خاکستري، هيپوپيون، التهاب واضح کرهٔ چشم، زخم سطحى و ضايعات اقمارى (Satellite lesions) مى‌باشند. ضايعات به‌صورت يک پلاک اندوتليال در زير ضايعات قرنيه‌اى اصلى همراه با واکنش شديد اتاق قدامى و آبسهٔ قرنيه هستند. اکثر کراتيت‌هاى قارچى در اثر قارچ‌هاى فرصت طلب نظير کانديدا، فوزاريوم، آسپرژيلوس و پنى‌سيليوم به‌وجود مى‌آيند. ويژگى‌هاى معينى براى افتراق انواع زخم قارچى قرنيه وجود ندارد. نمونهٔ به‌دست آمده از زخم قرنيهٔ کانديدائى داراى هيف‌هاى کاذب يا اشکال مخمرى مى‌باشد، در حالى‌که نمونه حاصل از ساير زخم‌هاى قارچى داراى عناصر هيفى هستند.