طى چند دههٔ گذشته سبب‌شناختى و پاتوژنز زخم‌هاى پپتيک دستخوش تغيير و دگرگونى‌هاى عمده‌اى شده است و اين امر حاصل پژوهش‌هاى مستمرى است که از پژوهش‌هاى فيزيولوژى اسيد و پپسين آغاز و تا کشف مهار کننده پمپ‌هاى ترشح اسيد در معده خاتمه يافت. بيش از يک قرن پژوهشگران و دانشمندان در اين زمينه‌ها تلاش کردند که منجر به ايجاد فرضيهٔ ”زخم‌هاى پپتيک ناشى از افزايش ترشح اسيد و پپسين“ گرديد. اين تفکر سبب استفاده از آنتى‌اسيد در درمان زخم‌هاى پپتيک و پژوهش‌هائى در زمينه مهار ترشح اسيد و در نهايت کشف آنتاگونيست گيرنده‌هاى H2 و مهار کنندهٔ ATPase و +K و +H گشت. مطالعه‌هاى گسترده اخير نشان داده است که تفاوت چندانى در ميزان ترشح اسيد در افرادى که دچار زخم معده و دوازدهه هستند با افراد طبيعى وجود ندارد، آنچه که در پاتوژنز آنها مهم است، عدم تعادل در عوامل ايجادکننده زخم و سيستم دفاعى مخاطى است.


طبق تعريف، ايجاد زخم‌هاى پپتيک با ميزان فعاليت اسيد و پپسين در ترشحات معده در ارتباط است. براى ايجاد زخم لازم است اسيد به ‌مقدار زياد ترشح شود و در کسانى که ميزان ترشح اسيد از دوازدهه الى پانزده mEq/W کمتر است عود زخم به‌ ندرت اتفاق مى‌افتد و تجويز داروهاى ضدترشح اسيد هم منجر به تسريع در بهبود زخم مى‌شود. در شرايطى که ترشح زياد اسيد وجود ندارد، ايجاد زخم ‌معده ممکن است ناشى از عوامل ديگرى ازجمله مصرف داروهاى ضدالتهابى غيراستروئيدي، سرطان و عفونت باشد. گرچه زخم‌هاى معده ممکن است در شرايطى ايجاد شوند که ميزان ترشح اسيد کمتر است، ولى زخم‌هاى دوازدهه - به ‌خصوص بعد از ناحيهٔ بولب - بيشتر همراه با ترشح اسيد است.


بدين ترتيب تا مدت‌ها فرضيه ”بدون اسيد، زخم معده وجود نخواهد داشت“ (No acid, no pepsin = no ulcer) به‌ عنوان يک اصل مورد تائيد دانشمندان و پزشکان قرار گرفت و بيماران را بر اين اساس درمان مى‌کردند، تا اينکه در سال ۱۹۸۳ وجود ميکروب هليکوباکتر پيلورى توسط دو دانشمند استراليائى به نام‌هاى وارن و مارشال کشف و مورد توجه دانشمندان جهان قرار گرفت. آنها در مطالعه‌هاى متعددى پى به وجود ميکروب منحنى شکل در جدار مخاط معده بردند که ابتدا کامپيلوباکتر ناميده شد و سپس ميکروب‌شناسان آن را در گروه هليکوباکتر پيلورى قرار دادند. از آن به بعد مطالعه‌هاى بسيار گسترده‌اى در رابطه با ايجاد ورم معده - دوازدهه، زخم معده و دوازدهه با اين ميکروب انجام گرفت و بدين ترتيب ارتباط بين ضايعه‌هاى فوق و اين ميکروب مورد تائيد قرار گرفت و به ‌جاى عبارت ”بدون اسيد = بدون زخم“ عبارت ”بدون ميکروب هليکوباکتر پيلورى = بدون زخم“ جايگزين شد. اين دگرگونى‌ها موجب شد تا امروزه زخم‌هاى پپتيک را به دو نوع شايع تقسيم‌بندى نمايند:


- زخم‌هاى پپتيک همراه با ميکروب هليکوباکترپيلورى

- زخم‌هاى همراه با مصرف داروهاى ضدالتهابى غيراستروئيدى


البته شکل‌هاى نادر ديگرى هم وجود دارد که از نظر شيوع چندان اهميتى ندارند. بنابر اين در رابطه با اپيدميولوژى به اين دو شکل شايع اشاره خواهد شد.