هپاتيت E به ‌وسيله نوع ويروس RNA که ذرات ۳۲ تا ۳۴ نانومترى وابسته به آن در مدفوع بيماران، طى مرحلهٔ حاد بيمارى و در مدفوع برخى از انواع ميمون‌ها پس از آلودگى تجربى آنها يافت شده است، ايجاد مى‌گردد. اين ويروس جزء ويروس‌هاى طبقه‌بندى نشده و شبيه عامل هپاتيت A است، ولى هيچ‌گونه تشابه ژنومى و پادگنى بين آن و ويروس هپاتيت A و ساير پيکورنا ويروس‌ها وجود ندارد.


ويروس عامل هپاتيت E با سرم افراد برمه‌اي، نپالى و شرق آفريقائي، واکنش نشان داده و Aggregate شده است که خود نشان ‌دهندهٔ يکسان ‌بودن عامل بيمارى در اپيدمى‌هاى مختلف يا تشابه پادگنى آنها مى‌باشد، ولى با اين وجود سويه‌هاى اين ويروس را ازنظر ژنوتيپى به چهار سويهٔ آسيائى - آفريقائي، مکزيکي، آمريکائي، و جديدِ آسيائى - اروپائى طبقه‌بندى نموده‌اند.