ويروس‌هاى آنفلوانزا متعلق به خانوادهٔ ارتوميکسوويريده (Orthomyxoviridae) هستند. اصطلاح (Myxo) به‌معنى موکوس بوده و اشاره به تمايل اين ويروس‌ها به مخاط دارد. خانوادهٔ ارتوميکسوويريده شامل سه جنس است:


- جنس آنفلوانزاى A و B

- جنس آنفلوانزاى C

- جنس نام‌گذارى ‌نشده شبيه ويروس توگوتو (Unnamed Thgoto Like Virus)


ويروس‌هاى آنفلوانزا ويروس‌هاى کروى‌شکل، پوشش‌دار و با تقارن مارپيچى با اندازه حدود ۸۰ تا ۱۲۰ نانومتر مى‌باشند. شکل‌هاى پلئومرفيک و رشته‌اى بخصوص در اولين پاساژ ويروس ديده مى‌شود.


ژنوم ويروس از RNA تک‌رشته‌اى قطعه‌قطعه با پلاريتهٔ منفى تشکيل شده است. ژنوم در آنفلوانزاى A و B از هشت قطعه و در آنفلوانزاى C از هفت قطعه تشکيل شده است. هر قطعهٔ ژنوم با چهار پروتئين به‌ نام‌هاى نوکلئوپروتئين (NP) و پروتئين‌هاى PB1, PB2, PA که سه پروتئين اخير کمپلکس آنزيمى RNA پلى‌مراز را تشکيل مى‌دهند، احاطه شده‌اند.

جدول ويژگى‌هاى قطعه‌هاى ژنومى و پروتئين‌هاى کُد شده توسط آنها در ويروس آنفلوانزا A

شمارهٔ قطعه طول (تعداد نوکلئوتيدها) پپلى‌پپتيد کدشده عمل و خصوصيت پروتئين کُد شده
۱ ۲۳۴۱ PB2 - شناسائى Cap از RNA سلول ميزبان
- بخشى از کمپلکس ترانس کريپتاز
۲ ۲۳۴۱ PB1 - کاتاليز کردن اضافه ‌شدن نوکلئوتيد
- جزء کمپلکس ترانس کريپتاز و تکثيري
۳ ۲۲۳۳ PA - جزء کمپکس ترانس کريپتاز و رپليکاز
- عمل آن ناشناخته است
۴ ۱۱۷۸ HA - گليکوپروتئين سطحى اصلي، داراى اعمالى چون اتصال به سياليک اسيد، کليواژ پروتئوليتيک و فيوژن در pH پائين، شاخص اصلى پادگني، داراى ساختمان تريمر
۵ ۱۵۶۵ NP - اتصال به PNA براى تشکيل ريبونوکلئو پروتئين مارپيچي
- شرکت در سويچ از سنتر mRNA به RNA الگو
- شرکت در سنتز RNA ويروسي
۶ ۱۴۱۳ NA - گليکوپروتئين سطحي، داراى فعاليت نورآمينيدازي، شاخص پادگني، داراى ساختمان تترامر
۷ ۱۰۲۷ M1M2 - بخش اصلى ويريون، عملکرد آنزيماتيکى ندارد، پروتئين غشائى داخلي، داراى فعاليت کانال يوني
۸ ۸۹۰ NS1NS2 - پروتئين غيرساختمانى که به‌وفور در هسته است، مانع خروج mRNAهاى داراى پليA و اسپلايسينگ Pre-mRNA مى‌شود، بخش کوچک ويريون‌ها که در سيتوپلاسم و هسته يافت مى‌شود با عملکرد شناخته شده


کمپلکس ريبونوکلئوپروتئين به‌وسيله ماتريکس (Matrix(M احاطه شده است. پروتئين M فراوان‌ترين پروتئين ساختمانى ويروس است. پوشينه، خارجى‌ترين لايه ويروسى را تشکيل مى‌دهد که جنس آن از ليپيد دولايهٔ مشتق از غشاء سيتوپلاسمى سلول ميزبان است. در سطح پوشينه ويروس‌هاى آنفلوانزا گليکوپروتئين‌هاى خارمانند مشاهده مى‌شود. ويروس‌هاى آنفلوانزا A و B داراى دونوع گليکوپروتئين به نام‌هاى هماگلوتينين (HA) و نورآمينيداز (NA) مى‌باشند.


- هماگلوتينين (Hemagglutinine)

وجه تسميه هماگلوتينين (HA) به‌علت توانائى اتصال آن به گيرنده‌هاى اختصاصى اسيدسياليک موجود در سطح گلبول‌هاى قرمز و آگلوتينه‌کردن آنها است. هماگلوتينين از لحاظ ساختارى تريمر ميله‌اى شکل است. هر مونومر از دو زيرواحد HA1 و HA2 تشکيل شده، با پيوند دى‌سلفيد محکم به يکديگر متصل هستند. HA1 خاصيت چسبيدن به گيرندهٔ سلولي، فيوژن و نفوذ ويروس به درون سلول را دارد و پادگن‌هاى اصلى ويروس است و عليه آن پادتن‌هاى خنثى‌کننده ساخته مى‌شود و در ايمنى نقش دارند. تغييرهاى پادگنى آن موجب پيدايش ساب‌تايپ‌هاى جديد و اپيدمى مى‌شود. تاکنون چهارده ساب تايپ (HA1-HA14) شناخته شده است.


- نورآمينيداز (Neuraminidase)

نورآمينيداز دومين گليکوپروتئين اختصاصى ساب تايپ ويروس آنفلوانزا است. اين گليکوپروتئين ساختار تترامرى دارد و قارچى شکل است. اهميت بيولوژيک اين گليکوپروتئين در حذف اسيد سياليک است. به علاوه، يک شاخص اصلى پادگنى بوده، همانند هماگلوتينين متحمل تغييرهاى پادگنى مى‌شود. تاکنون ۹ ساب تايپ نورآمينيداز (NA1-NA9) شناسائى شده است.


ويروس آنلفوانزا A علاوه بر دوگليکوپروتئين فوق در سطح پوشش خود پروتئين ديگرى به‌نام M2 دارد که کانال‌هائى به‌ نام کانال يونى در سطح پوشش ويروس آنفلوانزاى A تشکيل مى‌دهد. اين کانال در ورود و خروج يون +H در نتيجه در تغيير pH اهميت دارد. پس از ورود ويروس به درون اندوزوم سلولى ورود يون +H از راه کانال يونى باعث تسهيل پوشش‌بردارى مى‌شود. داروى ضدويروسى آمانتادين که در پيشگيرى و درمان آنفلوانزاى A استفاده مى‌شود باعث انسداد اين کانال‌ها شده، در نتيجه از پوشش‌بردارى ويروس ممانعت به ‌عمل مى‌آورد.


ويروس آنفلوانزاى C فقط داراى يک نوع گليکوپروتئين در سطح پوشش خود به‌نام HEF مى‌باشد. اين گليکوپروتئين خاصيت هماگلوتيناسيون - استرازى و فيوژنى دارد.
ويروس‌هاى آنفلوانزاى B،A و C براساس گليکوپروتئين‌هاى HA و NA به ساب تايپ‌هاى مختلف تقسيم‌بندى مى‌شوند. ويروس‌هاى آنفلوانزا علاوه بر تفاوت‌هاى ساختمانى که پيش از اين ذکر شد، ازلحاظ تنوع ميزبانى نيز با يکديگر تفاوت دارند. ويروس آنفلوانزا A علاوه بر انسان و پرندگان برخى از پستانداران مانند اسب، خوک، سنجاب، نهنگ، سگ آبى و مينک را نيز آلوده مى‌کند. آنفلوانزاى B پاتوژن انسانى است و آنفلوانزاى C انسان و خوک را درگير مى‌کند و به‌طور معمول بيمارى ملايمى ايجاد مى‌نمايد. به علاوه، ويروس آنفلوانزاى A تغييرهاى پادگنى جزئى و تغييرهاى پادگنى گسترده مى‌يابد، ساب‌تايپ‌هاى جديد ايجاد مى‌کند و منجر به همه‌گيرى (اپيدمي) و جهانگيرى (پاندمي) مى‌شود. در حالى که ويروس آنفلوانزاى B فقط دچار تغيير پادگنى جزئى مى‌شود و ويروس آنفلوانزاى C به‌طور معمول پايدار و بندرت تغيير جزئى مى‌يابد.


- نام‌گذارى ويروس آنفلوانزا

براى نام‌گذارى ويروس آنفلوانزا ابتدا نوع تيپ، سپس منطقهٔ جغرافيائى که ويروس براى اولين‌ بار آنجا جدا شده است، شماره سوش و سال جداسازى ذکر مى‌شود. درمورد ويروس آنفلوانزاى A توصيف پادگنى هماگلوتينين و نورآمينيداز داخل پرانتز نوشته مى‌شود و به ‌عنوان مثال: A/Sydney/5/97(H3N2 و B/Bejing/184/93 نشان مى‌دهند ويروس آنفلوانزاى A در سيدنى در سال ۹۷ جداشده و فرمول پادگنى پروتئين‌هاى سطحى آن H3 و H2 است و آنفلوانزاى B در پکن در سال ۹۳ جدا شده است.


در مورد ويروس‌هاى آنفلوانزاى حيوان‌ها، نام حيوان هم نوشته مى‌شود مانند: A/Swine/lowa/15/30(H1N1، به‌معنى اينکه آنفلوانزاى A خوکي، جداشده در سال ۱۹۳۰.