سطح مخاط معده با موکوس پوشيده شده است و علاوه بر -H+, HCO3 نيز ترشح مى‌کند. به‌کمک اين لايهٔ موکوسي، pH سطحى بسيار بالاتر از pH داخل لومن مى‌شود. ترشح -HCO3 توسط cAMP، پروستاگلاندين، محرک‌هاى کلى‌نرژيک، گلوکاگون، CCK و هم‌چنين هورمون‌هاى پاراکرين ناشناخته تحريک مى‌شود. مهارکننده‌هاى ترشح -HCO3 عبارت است از عوامل ضدالتهابى غيراستروئيدي، آگونيست‌هاى آلفاآدرنرژيک، اسيدهاى صفراوي، اتانول، استازولاميد. افزايش +H داخل لومن، احتمالاً با واسطهٔ پروستاگلاندين‌هاى بافتي، موجب افزايش ترشح -HCO3 مى‌شود.


موکوس معده ژلى است که از گليکوپروتئين‌هاى با وزن مولکولى بالا و ۹۵% آب تشکيل شده است. اين لايهٔ موکوسى غيريکنواخت در ايجاد pH بالاتر از شيرهٔ معده نقش دارد و هم‌چنين به‌صورت سدى در برابر انتشار پپسين عمل مى‌کند.


در سطح لايهٔ موکوسي، هضم پپتيدى به‌طور دائم موجب تخريب موکوس مى‌شود در حالى‌که در قسمت‌هاى زيرين، به‌طور دائم توسط سلول‌هاى موکوسى بازسازى مى‌شود.


آسيب‌هاى مخاطى که با واسطهٔ تروماهاى مکانيکى يا شيميائى ايجاد مى‌شود، سريعاً توسط سلول‌هاى طبيعى مجاور پوشيده و ترميم مى‌شود.


مخاط دئودنوم مکانيسم‌هاى دفاعى مشابه معده دارد: توانائى ترشح -HCO3 و موکوس و ترميم سريع آسيب‌هاى مخاطى.