بهترين راه براى بررسى فيزيولوژى بالينى مرى اندازه‌گيرى فشار داخلى (مانومتري)، pH و زمان ترانزيت آن است.


مرى يک اسفنکتر در محل اتصال حلق و مرى (اسفنکتر فارنگوازوفاژيال) و يک اسفنکتر ديگر بين مرى و معده (اسفنکتر گاستروازوفاژيال) دارد. فشار دهان و حلق معادل فشار اتمسفر است؛ فشار تنهٔ مرى در حال استراحت کمى از اتمسفر کمتر است که علت آن فشار منفى داخل توراکس در حالت طبيعى است. فشار درون معده کمى بيشتر از اتمسفر است.


اسفنکتر گاستروازوفاژيال ۳ سانتى‌متر تحتانى مرى را تشکيل مى‌دهد، جائى که فشار طبيعى داخل لومن در حال استراحت به‌دليل انقباض تونيک عضلات مرى حدود ۱۵ تا ۲۵ سانتى‌متر آب از فشار درون معده بيشتر است.


بسيارى از فعاليت‌ها فشار داخل شکم را به‌طور موقت افزايش مى‌دهند. در اين شرايط، قسمت شکمى مرى که در معرض فشارهاى داخل شکم قرار دارد، با خنثى‌کردن افزايش فشار درون معده، از ريفلاکس محتويات معده جلوگيرى مى‌کند. جابه‌جائى اسفنکتر در فتق هياتال باعث عدم کارآئى آن و ريفلاکس معده به مرى مى‌شود.


طبق تجربيات، اسفنکتر گاستروازوفاژيال با گاسترين تقويت، و با کوله‌سيستوکينين، سکرتين و گلوکاگن تضعيف مى‌شود. پس از مصرف يک غذاى پروتئيني، انقباض اسفنکتر افزايش پيدا مى‌کند، و پس از يک غذاى چرب ضعيف مى‌شود؛


محرک‌هاى کولينرژيک و آلفا - آدرنرژيک انقباض اسفنکتر را تقويت و محرک‌هاى بتا - آدرنرژيک آن را مهار مى‌کنند. يک سيستم مهارى غيرآدرنرژيک شامل پپتيد وازواکتيو روده‌اى (VIP) نيز به‌عنوان يک نوروترانسيمتر مسئول انبساط اسفنکتر است.


با ورود لقمهٔ غذا به مرى يک موج پريستالتيک آغاز مى‌شود که با سرعت ۴ تا ۶ سانتى‌متر در ثانيه به سمت معده حرکت مى‌کند و غذاى مقابل خود را به‌ جلو مى‌راند. عمل بلع يک پاسخ رفلکسى است که در بصل‌النخاع تنظيم مى‌شود. وقتى که فرد در وضعيت سر پا قرار داشته باشد، مايعات و غذاهاى نيمه‌جامد معمولاً تحت اثر جاذبه، جلوتر از موج آهستهٔ پريستالتيک به قسمت ديستال مرى مى‌افتند. اسفنکتر گاستروازوفاژيال قبل از رسيدن غذا و موج پريستالسيس، منبسط مى‌شود تا لقمهٔ غذا به درون معده راه پيدا کند. پس از عبور غذا، اسفنکتر تون طبيعى خود را به‌دست مى‌آورد، تا زمانى‌که موج پريستالتيک ديگرى از بالا فرا برسد.


واژهٔ پريستالسيس اوليه يعنى موج انقباضى که با بلع از قسمت فوقانى مرى آغاز مى‌شود و کل طول مرى را مى‌پيمايد. تحريک موضعى ناشى از اتساع در هر نقطه از تنهٔ مري، باعث شروع يک موج پريستالتيک از همان نقطه مى‌شود. اين موج، پريستالسيس ثانويه ناميده مى‌شود و در صورتى‌که موج اوليه موفق نشده باشد که مرى را از غذاى بلعيده شده پاک کند و يا در صورت ريفلاکس محتويات معده به درون مري، به تخليهٔ مرى کمک مى‌کند. امواج ثالثيه، انقباضات ثابت و غير پيشرونده‌اى هستند که ممکن است در هر نقطه از مرى بروز کنند. امواج ثالثيه غيرطبيعى تلقى مى‌شوند، ولى غالباً در افراد سالمندى که علائمى از بيمارى مرى ندارند نيز ديده مى‌شوند.


به‌طور طبيعي، نارسائى اسفنکتر گاستروازوفاژيال در جريان استفراغ رخ مى‌دهد. در اين هنگام، محل اتصال مرى به معده به سمت بالاى شکاف ديافراگماتيک جا به‌جا مى‌شود. درنتيجهٔ انقباض عضلات طولي، مرى به سمت بالا حرکت مى‌کند؛ نتيجهٔ ديگر انقباض، محو شدن چين‌هاى مخاطى است که در حالت طبيعى لومن محل اتصال مرى به معده را پر مى‌کنند. به اين ترتيب، با انقباضات شديد آنتروم معده و ديوارهٔ شکم، محتويات معده خارج مى‌شوند. پس از اتمام استفراغ، ساختارها به وضعيت معمولى خود، و محل اتصال مرى به معده به زير ديافراگم باز مى‌گردد.