کولون جنين استريل است، و فلور باکتريائى مدت کوتاهى پس از تولد تثبيت مى‌شود. نوع ارگانيسم‌هاى موجود در کولون تا حدى به‌عوامل تغذيه‌اى و محيطى بستگى دارد.


بيش از ۹۹% فلور نرمال مدفوع بى‌هوازى است. باکتريوئيدس فراژيليس شايع‌ترين گونه و تعداد آن به‌طور متوسط ۱۰به توان ۱۰/g مدفوع مرطوب است. اشريشياکولي، کولى فرم غالب و ميزان آن در مدفوع ۱۰ به توان ۷/g است؛ استرپتوکوکوس فکاليس، انتروکوک اصلى است.


ارگانيسم‌هاى مدفوع نمک‌هاى صفراوى را دکونژوگه مى‌کنند (تنها نمک‌هاى صفراوى آزاد در مدفوع يافت مى‌شوند) و هستهٔ استروئيد را نغيير مى‌دهند. باکترى‌ها روى تحرک و قابليت جذب کولون اثر مى‌گذارند، گازهاى روده‌اى را توليد مى‌کنند، ويتامين K را براى ميزان تأمين مى‌کنند و ممکن است در دفاع عليه عفونت اهميت داشته باشند.