تقريباً ۵۰% بيمارى دچار بيمارى کرون درگيرى رودهٔ بزرگ و کوچک را با هم دارند، ۲۵% بيمارى کولون به‌تنهائى دارند و ۳۰% ديگر تنها درگيرى آنورکتال داند. اسهال، درد کرامپى شکم، اثرات سرشتى و تظاهرات خارج کولونى در بيمارى کولونى و روده‌اى تقريباً يکسان هستند. آبسه‌ها و فيستول‌هاى داخلى و انسداد روده معمولاً عوارض بيمارى رودهٔ باريک هستند. عوارض آنورکتال (فيستول مقعد، شقاق، آبسه، و تنگى رکتوم) و خونريزي، زمانى‌که رودهٔ بزرگ درگير باشد، شايع‌تر هستند، و گشادشدگى توکسيک محدود به بيماران دچار التهاب کولون است.


ضايعات تييک مقعدى بيمارى کرون، زخم‌هاى بزرگى هستند که به‌کندى پيشرفت مى‌کنند و زير آنها خراب شده است. ويژگى‌هاى راديوگرافيک شامل عدم درگيرى رکتوم، درگيرى گولون راست و ايلئوم، مناطق جهشي، شقاق‌هاى عرضي، زخم‌هاى طولي، تنگى‌ها، و فيستول‌ها هستند.


خون واضح در مدفوع در تقريباً يک‌سوم بيماران دچار کوليت گرانولوماتو ديده مى‌شود، ولى خونريزى شديد معمول نيست. گشاد‌شدن حاد کولون (مگاکولون توکسيک) در ۵% موارد رخ مى‌دهد؛ در مقايسه با کوليت اولسرو، مگاکولون بيمارى کرون به درمان غيرجراحى بهتر پاسخ مى‌دهد.


خطر سرطان کولون در بيماران دچار کوليت گرانولوماتو ۲۰-۴ برابر جمعيت عادى است، و به‌نظر مى‌رسد که قطعاتى از روده که در معرض جريان مدفوع قرار ندارند بيشتر مستعد هستند. کارسينوم هم‌چنين مى‌تواند در فيستول‌هاى آنورکتال يا رکتوواژينال رخ دهد.


استروئيدها براى حملات حاد مفيد هستند، ولى براى درمان نگه‌دارنده توصيه نمى‌شوند. سولفاسالازين (۴ گرم در روز) در درمان کوليت کرون مؤثر است. ترکيبات خوراکى 5-ASA هم مفيد هستند، و هم تنقيه و هم شياف 5-ASA براى درمان بيمارى کرون رکتوم و سيگموئيد مؤثر هستند. مترونيدازول ۲۰-۱۰ mg/kg در روز به‌‌صورت خوراکى در سه تا پنج روز، براى درمان عوارض مقعدى بيمارى کرون به‌کار مى‌رود.


انديکاسيون‌هاى جراحى عبارتند از غيرقابل تحمل‌بودن بيماري، آبسه يا فيستول، انسداد، بيمارى برق‌آسا، بيمارى آنورکتال، خونريزي، يا سرطان. کولکتومى قطعه‌اى با آناستوموز اوليه براى بيمارى محدود مفيد است. کولکتومى کامل با آناستوموز ايلئوم و رکتوم در بيمارى کرون بيشتر از کوليت اولسرو انجام مى‌شود.


ميزان عود در آناستوموزهاى روده‌اى بالا است (%۷۵-۵۰ در ۱۵ سال). عود به‌دنبال پروکتوکولکتومى و ايلئوستومى کمتر شايع است.


در بيماران دچار بيمارى کرون، روش‌هاى جراحى - مانند درمان طبى - بايد تسکينى دانسته شوند، نه علاج‌دهنده. سنگ ادرارى يکى از عوارض شايع عمل جراحى رزکسيون براى بيمارى کرون است.