در ۲۵% بيماران دچار سرطان کولون و رکتوم پس از بروز نشانه‌هاى گوارشي، تشخيص غلط داده مى‌شود. نشانه‌ها ممکن است به اشتباه به بيمارى دستگاه گوارش فوقاني، به‌ويژه سنگ صفراوى يا زخم معده نسبت داده شوند.


بيشتر خطاها زمانى انجام مى‌شوند که يافته‌هاى بالينى به بيمارى خو‌ش‌خيم نسبت داده شوند.


ممکن است افتراق کارسينوم از بيمارى ديورتيکولومى دشوار باشد؛ کولونوسکوپى در اين موارد مفيد است. ديگر بيمارى‌هاى کولون، از جمله کوليت‌اولسرو، کوليت‌کرون، کوليت ايسکميک و آميبياز را معمولاً مى‌توان با سيگموئيدوسکوپي، کولونوسکوپى يا تنقيهٔ باريم تشخيص داد.