عوارض جراحى از جمله عفونت زخم و گسيختگى آناستوموز تاحدى مربوط به محتواى زياد باکتريائى رودهٔ بزرگ هستند. توصيه مى‌شود پيش از عمل تا حدامکان از حجم مدفوع و تعداد باکترى‌ها کاسته شود. اقداماتى که براى رسيدن به اين منظور انجام مى‌شوند، ”آمادگى‌روده“ (”bowel prep“) نام دارند.


حجم مدفوع را مى‌توان با محدودکردن خوراکى‌هاى بيمار به مايعات صاف از يک روز پيش از عمل، کم کرد. اين رژيم‌هاى مايع تأثير کمى روى فلور مدفوعى دارند يا اصلاً تأثيرى ندارند.


به‌جز در بيماران دچار ضايعات انسدادى يا احتمالاً بيماران مبتلا به بيمارى التهابى رودهٔ شديد، پاک‌کردن مکانيکى کولون انجام مى‌شود. گرايشى قوى به لاواژ کل روده موجود بوده است که شامل خوردن حجم زياد مايع (يا تزريق آن از طريق لولهٔ معده) مى‌شود؛ به اين‌ ترتيبت ميزان جريان محتويات روده از طريق جذبى روده باريک فراتر مى‌رود و کولون از مواد مدفوعى پاک مى‌شود. محلولى حاوى پلى‌اتيلن گليکول خطر گرانبارى مايع و دهيدراتاسيون شديد را به حداقل مى‌رساند.


با اسفتاده از آنتى‌بيوتيک‌هاى سيستميک يا آنتى‌بيوتيک‌هاى خوراکى غيرقابل جذب مى‌توان مستقيماً به باکترى‌هاى رودهٔ بزرگ حمله کرد. تعداد باکترى‌هاى مدفوع را مى‌توان با دادن نئومايسين و اريترومايسين خوراکى پايه کم کرد. مترونيدازول (فلاژيل) نيز مؤثر بوده است، ولى براى پوشاندن باکترى‌هاى هوازى احتمالاً بايد يک آمينوگليکوزيد نيز اضافه شود.


کوليت غشائى کاذب از عوارض آمادگى آنتى‌بيوتيکى است.