واکسن‌هاى ويروس زنده در دوران حاملگى رسماً منع شده‌اند زيرا اين واکسن‌ها مى‌توانند هرگونه ناهنجارى نوزادى ايجاد کنند.


تنها واکسيناسيون اوليه آبله خطر واقعى دارد. به‌دنبال ريشه‌کن شدن جهانى آبله از سال ۱۹۷۷ و قطع ايمن‌سازى در فرانسه از ماه مى ۱۹۸۴ ديگر نيازى به آن نيست.


واکسن سرخجه اولين واکسن در دسترس براى پيشگيرى از عفونت سرخجه در زن حامله و ناهنجارى‌هاى بعدى در جنين مى‌باشد.


زنان سنين بارورى تنها به شرطى واکسينه مى‌شوند که احتمال حاملگى تا دوماه بعد از تزريق صفر باشد. اين پيشنهاد با دو حقيقت توجيه مى‌شود: ابتدا اينکه جنين پس از واکسيناسيون متحمل خطر مى‌شود و دوم اين حقيقت که وقتى واکسيناسيون سرخجه در طى حاملگى انجام مى‌شود، اين کار توسط هرگونه ناهنجارى مشاهده شده هنگام تولد مورد اتهام قرار مى‌گيرد.


على‌رغم همه پيشنهادها، گاهى يک زن در شروع حاملگى واکسينه مى‌شود. در اين مورد اين سؤال مطرح مى‌شود که آيا ويروس‌هاى واکسن قادر به عبور از جفت و آلوده کردن جنين مى‌باشند؟ در ۳۴۶ بچه زنده متولد شده از افرادى که در دوران حاملگى واکسن سرخجه دريافت کرده بودند هيچ‌گونه ناهنجارى عمده‌اى مشاهده نشد.


اطلاعات در دسترس نشان مى‌دهند که خطر ناهنجارى کم مى‌باشد. ميزان ثبت شده قابل مقايسه با خطر ۳% ايجاد ناهنجارى عمده، به‌طور تصادفى مى‌باشد و اين ميزان بسيار کمتر از خطر ۲۰% يا بيشترى مى‌باشد که به‌دنبال عفونت مادر با ويروس سرخجه وحشى در سه ماهه اول حاملگي، وجود دارد. براساس پيشنهاد آسيپ (Acip) در آمريکا و بو (Boue) در فرانسه ايمن‌سازى برعليه سرخجه دليلى براى ايجاد سقط نمى‌باشد، گرچه تصميم نهائى به عهده بيمار و پزشک وى مى‌باشد.


واکسيناسيون تب‌زرد براى زن حامله هنگام مسافرت به محل‌هاى اندميک يا محل‌هاى شيوع عفونت ضرورى مى‌باشد.


تحقيقات انجام شده در سرتاسر دنيا نشان مى‌دهند که بدون توجه به سن حاملگى اين واکسيناسيون بى‌ضرر مى‌باشد. با اين وجود مرکز کنترل بيمارى‌ها در آتلانتا و انستيتوپاستور در فرانسه اين واکسيناسيون را در زن حامله توصيه نمى‌کنند، مگر در موارد اپيدميولوژى که الزامى باشد.


مطالعه انجام شده توسط جاست و بورگين - ولف در سوئيس و تولينديس و زاچاف - کريستيانسن در دانمارک و نتايج تقحيقات کلينيکى و اپيدميولوژيکى نشان داده‌اند که واکسن خوراکى فلج اطفال براى جنين بى‌ضرر مى‌باشد. در حال حاضر، براى ميليون‌ها مردمى که در سرتاسر دنيا واکسينه مى‌شوند هيچ پاتولوژى جنينى که قابل ارتباط با آن باشد شناخته نشده است.