مشکل اساسى در توسعه واکسن ضدايدز به‌خاطر تغييرات زياد ويروس ‌HIV است. يک نوع واکسن که در مقابل يک‌گونه واحد مؤثر است، ممکن است در برابر گونه‌هاى ديگر هيچ‌گونه محافظتى ايجاد نکند.


دو نکته اساسى براى توسعه آينده هر نوع واکسن وجود دارد:


۱. بى‌ضرر بودن براى افراد واکسينه شده


۲. توليد انبوه براى استفاده در مقياس وسيع


هيچ‌گونه مدل حيوانى سنجش مؤثر بودن و بى‌ضرر بودن واکسن قبل از استفاده انسانى آن در حال حاضر موجود نيست. کاربرد مجدد ويروس‌هاى انسانى در شامپانزه‌ها، تنها حيوانات حساس، عفونت بى‌سر و صدا و افزايش آنتى‌بادى‌ها را موجب مى‌گردد. ايده استفاده از گونه‌هاى ويروسى ضعيف شده به‌منظور حذف ريسک تشکيل تومور بيمارى‌زائى به‌علت موتاسيون يا نوترکيبى برعکس شده است.


به‌عبارت ديگر واکسن‌هاى نوترکيب به موارد انسانى و ميمون‌ها وارد شده‌اند.


واکسن‌هاى نوترکيب بيان‌کننده ۱۶۰ gp يا VIT ،POL ،NEF يا GAG که پروتئين‌هاى ويروسى مى‌باشند، امتحان شده‌اند. در کل واکنش انسانى که توسط اين واکسن‌هاى نوترکيب القاء مى‌شود ضعيف و نامناسب است. همچنين اين واکسن‌ها شامپانزه‌ها را در مقابل تست تزريق ويروس‌هاى بيمارى‌زا محافظت نمى‌کند. اين مسئله با تزريقات مکرر نمى‌تواند جبران شود، چرا که ايمنى ضدواکسنى افزايش مى‌يابد و باعث جلوگيرى تکثير و ازدياد آنتى‌ژن مى‌گردد.


آقاى زاگورى سعى در برطرف کردن اين مشکلات داشته است. او لنفوسيت‌ها را از يک فرد HIV مثبت گرفته است و آنها را در محيط غيرزنده با نوترکيب‌هاى واکسن آلوده ساخته است، به‌دنبال آن، آنها غيرفعال شده‌اند. اين يادآور، با استفاده از سلول‌هاى فيکس شده مؤثر به‌نظر مى‌رسد. يک واکسن از يک ويروس غيرفعال شده توسط بتا - پروپيلاکتون و فورمول همراه شده، با موراميل‌دى‌پپتيد {MDP} تشکيل شده است. ثابت شده است که القاء‌کننده آنتى‌بادى خوبى در شامپانزه‌ها مى‌باشد.


واکسيناسيون دوگانه با واکسن غيرفعال شده و واکسن نوترکيب زنده على‌رغم سطح بالا و آنتى‌بادى‌هاى Anti-ENV , Anti-GAG حيوانات را در مقابل تست تزريقى HIV ايمن نمى‌کند.


توسط گروه سالک و همکاران به‌منظور استفاده درمان پس از تماس با ويروس يک برخورد جديد ديگرى با ويروس غيرفعال شده‌اى که توسط جايگزينى ويروس (HIV) از موارد ژنتيکى توليد شده است، صورت گرفته است. يافته‌هاى مقدماتى با اين واکسن که در درمان افراد قبلاً آلوده استفاده شده است، اميدوارکننده مى‌باشد.


واکسن‌هاى ديگرى که براساس پروتئين‌هاى ويروسى ايزوله شده، ساخته شده‌اند مورد امتحان قرار گرفته‌اند. آخرين دسته آنها شامل ۱۲۰ gp يا ۱۶۰gpتوسط ويروس HIV نوترکيب از سيستم‌هاى مختلف (سلول‌هاى CHO، اشرشياکولي، باکولوويروس‌ها) مى‌باشند. ايمنى‌زائى آنها توسط استفاده از {Adjuvants} مانند ليپوزوم يا ايسکوم‌ها ثابت شده است.


تفاوت آنتى‌ژنيک ويروس در محيط کشت و ارگانيسم‌ها منجر به تغيير قابل‌ملاحظه در پروتئين‌هاى پوششى شده است. اين امر منجر به توليد يک اشکال بزرگ در توسعه واکسن‌ها در مقابل ايدز مى‌گردد.


يک مشکل ديگر در توسعه واکسن خصوصيات خود ويروس است. ويروس مى‌تواند در داخل سلول‌هاى اصلى بدن براى مدت زمان زياد به فرم پروويروس محدود شده در ژنوم سلولى باقى بماند يا از يک سلول به سلول ديگر برود يا به افراد به اجزاء و بافت‌هاى بدن مانند سيستم عصبى مرکزي، از دسترس دفاع‌هاى ايمنى بدن مصون بماند، چرا که در اين بافت‌ها سيستم ايمنى توانائى چندانى ندارد.


براى موثر بودن يک واکسن در مقابل ايدز علاوه بر توليد آنتى‌بادي، ايمنى باواسطه سلولى براساس فعاليت لنفوسيت‌ها سيتوتوکسيک نيز بايد ايجاد گردد. عفونت HIV يک واکنش ايمنى قوى با توسعه CTL القاء مى‌کند. اينها در محيط غيرزنده بسيار موثر نيستند.


اين نکته قابل توجه است که CTL به‌صورت کامل مفيد نمى‌باشد چرا که التهاب در بعضى قسمت‌هاى مغز و ريه در افراد عفونى شده مربوط به فعاليت‌هاى ماکروفاژهاى عفونى شده به‌صورت سيتوليتيک مى‌باشند، به‌علاوه آنها در تشديد علائم افراد ضعيف از نظر اين توسعه تخريب، T4 و لنفوسيت‌هاى B و ماکروفاژها که آنتى‌ژن HIV را در سطح خود حل مى‌کنند، سهيم هستند.


على‌رغم موفقيت در خنثى‌سازى در محيط کشت سلولى تجويز دوزهاى فراوان و زياد از آنتى‌بادى‌هاى خنثى‌کننده انسانى در شامپانزه‌ها آنها را در مقابل تست تزريق HIV ايمن نمى‌کند. حتى برخلاف انتظار فوق ويرمى در حيوانات ايمن شده به‌صورت پاسيو خيلى سريع‌تر از حيوانات کنترل، توسعه و افزايش مى‌يابد. اين مسئله منجر به اين نظريه مى‌گردد که شايد آنتى‌بادى‌ها تسهيل‌کننده مى‌باشند و به‌طور عامل مؤثر و مفيد نباشند.اين يک حقيقت است که وجود آنتى‌بادى‌هاى تسهيل‌کننده در سرم بيماران مشخص نشان داده شده است. اين آنتى‌بادى‌ها همراه آنتى‌بادى‌هاى خنثى‌کننده هستند که در پوشاندن موفق مى‌باشند.