چندين مارکر اختصاصى در هپاتيت B وجود دارد.


۱. آنتى‌ژن سطحى HBSAg و آنتى‌بادى وابسته به آن


۲. آنتى‌ژن نوکلئوکاپسيد: HBSAg و آنتى‌بادى مربوط به آن


۳. آنتى‌ژن هپاتيت HBeAg:e و آنتى‌بادى مربوط به آن


۴. HBV DNA و HBV-DNA پلى‌مراز


هر HBSAg به يک گروه اختصاصى آنتى‌ژن a و دو جفت از ساب‌دترمينال‌هاى d و y يا W و r تقسيم مى‌شود در طى بيمارى هپاتيت B وضعيت مارکرهاى اختصاصى به‌قرار زير مى‌باشند.


حدود دو هفته قبل از بروز علائم بالينى HBSAg مثبت مى‌شود و به‌مدت ۲ هفته تا ۲ ماه مثبت باقى مى‌ماند. از طرف ديگر آنتى‌بادى مربوط به اين آنتى‌ژن (HBS-Ab) دو هفته تا دو ماه بعد از محو شدن HBSAg، در سرم قابل تشخيص است.


HBC Ab ممکن است به مدت کوتاهى بعد از شروع علائم ايمنى مثبت شود و تا چندين سال بعد از بهبود، باقى بماند. وجود Anti-HBS يا بدون حضور Anti-HBC نشانگر ايمنى در مقابل بيمارى است.


سيستم آنتى‌ژن HBe Ag)e) يک مارکر آنتى‌ژنيک وابسته به ‌Core است و به‌نظر مى‌رسد نشانگر سير تدريجى بيمارى به‌سمت شکل‌هاى مزمن يا شديد هپاتيت باشد.