علاوه بر اختلالات و بيمارى‌هايى که ذکر آنها گذشت، اشکال غير طبيعى دستگاه تناسلى نيز در برخى مواقع ديده مى‌شود. رشد و تکامل دستگاه‌ تناسلى خارجى جنس مذکر نتيجه تأثير هورمون‌هاى مردانه در جريان زندگى جنينى است به‌طورى که در غياب اين هورمون‌ها، دستگاه تناسلى خارجي، زنانه و در صورت وجود اين هورمون‌ها، دستگاه تناسلى خارجي، مردانه خواهد بود.


در زنان حامله‌اى که ميزان هورمون‌هاى مردانه خون آنها به عللى بالا است دستگاه تناسلى خارجى جنين مؤنث شبيه دستگاه تناسلى جنين مذکر مى‌گردد. چنين شخصى را هرمافروديت کاذب مؤنث مى‌نامند. يک نوع هرمافروديت کاذب مذکر وجود دارد که در آن شخص داراى غده‌هاى جنسى ”بيضه“ است و از نظر ژنتيکى نيز مذکر مى‌باشد ولى دستگاه تناسلى خارجى و حتى دستگاه تناسلى داخلى وى زنانه است. در اين بيماران بيضه‌ها در طول زندگى داخل رحمى دچار نقايصى هستند که موجب مى‌شود هورمون‌هاى مردانه به مقدار ناچيزى ترشح شود و اين امر موجب تکامل دستگاه تناسلى خارجى به‌صورت مؤنث مى‌گردد. بنابراين هرمافروديت کاذب شخصى است که ساختمان ژنتيکى و غده‌هاى جنسى يک جنس و دستگاه تناسلى خارجى جنس ديگر را دارد.


غير از موارد فوق هرمافروديت حقيقى نيز به‌ندرت در برخى از افراد ديده مى‌شود و آن فردى است که هر دو نوع غده جنسى ”بيضه و تخمدان“ را توأماً دارا مى‌باشد.