مادهٔ ۱
رسيدگى به جرائم مربوط به وظايف خاص نظامى و انتظامى اعضاء نيروهاى مسلح جمهورى‌اسلامى ايران ارتش، سپاه، ژاندارمري، شهرباني، پليس قضائي، کميته‌هاى انقلاب اسلامى و هر نيروى مسلح قانونى ديگر برطبق مواد اين قانون در صلاحيت دادگاه‌هاى خاص نظامى است.
تبصرهٔ ۱:
منظور از جرائم مربوط به وظايف خاص نظامى و انتظامى بزه‌هائى است که اعضاء نيروهاى مسلح در ارتباط با وظايف و مسئوليت‌هاى نظامى و انتظامى که طبق قانون و مقررات به‌عهدهٔ آنان است مرتکب گردند.
تبصرهٔ ۲:
جرائمى که در مقام ضابط دادگسترى مرتکب شده باشند در محاکم عمومى رسيدگى مى‌شود.
رأى هيئت عمومى ديوان عدالت ادارى:
به صراحت قسمت اخير اصل ۱۷۲ قانون‌اساسى جمهورى‌اسلامى ايران و تبصرهٔ ۲ مادهٔ يک قانوندادرسى نيروهاى مسلح جمهورى‌اسلامى ايران مصوب ۱۳۶۴ رسيدگى به جرائم عمومى نيروهاى نظامى و انتظامى و هم‌چنين جرائمى که افراد مذکور در مقام ضابط دادگسترى مرتکب مى‌شوند، در صلاحيت ذاتى محاکم عمومى دادگسترى قرار دارد. بنابراين بند ۲ بخشنامهٔ شمارهٔ ۷۳/۰۸۶/۷ مورخ ۲۸/۱۲/۱۳۷۳ سازمان قضائى نيروهاى مسلح که جرم در مقام ضابط را از مصاديق جرائم خاص نظامى و انتظامى تلقى کرده و رسيدگى به آن را در صلاحيت سامان قضائى اعلام داشته است به‌لحاظ خروج آن از مدلول فرمان فرماندهى معظم کل قوا و مغايرت با قوانين فوق‌الذکر مستنداً به قسمت دوم مادهٔ ۲۵ قانون ديوان عدالت ادارى ابطال مى‌شود.
شمارهٔ هـ/۷۸/۱۳۵ - ۲۱/۷/۱۳۷۹
مادهٔ ۲
دادگاه‌هاى نظامى به دادگاه‌هاى نظامى يک و دادگاه‌هاى نظامى دو تقسيم مى‌شوند.
مادهٔ ۳
کيفيت تشکيل و صلاحيت دادگاه‌هاى نظامى ۱ و ۲ و موارد لزوم ارسال پرونده به ديوان‌عالى کشور مانند کيفيت تشکيل و صلاحيت محاکم کيفرى يک و کيفرى ۲ مى‌باشد (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
مادهٔ ۴
اولويت در تصدى سمت‌هاى قضائى در دادگاه‌ها و دادسراهاى نظامى با حقوقدانان نظامى واجد شرايط است (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
مادهٔ ۵
هرگاه رئيس يا عضو على‌البدل نسبت به مواردى از رئيس سازمان قضائى نيروهاى مسلح يا رئيس سازمان قضائى حوزهٔ مربوطه درخواست مشاور کند رئيس مکلف به اعزام مشاور است در اين‌صورت قبل از اتخاذ تصميم دادگاه مشاور مکلف است پرونده را دقيقاً مطالعه و بررسى نموده نظر مشروح و مستدل خود را در اسرع وقت کتباً اعلام نمايد (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
مادهٔ ۶
در مراکز استان‌ها سازمان قضائى نيروهاى مسلح استان مرکب از دادگاه و دادسراى نظامى و در شهرستان‌هاى مورد نياز ناحيهٔ دادسراى نظامى تشکيل مى‌شود. تصويب تشکيلات مزبور و تعيين تعداد شعب دادسرا و دادگاه به‌عهدهٔ رئيس قوهٔ قضائيه مى‌باشد (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
تبصره:
رئيس شعبهٔ اول دادگاه نظامى يک هر استان به‌عنوان رئيس سازمان قضائى استان برکليهٔ شعب دادگاه و دادسراى استان نظارت و رياست ادارى خواهد داشت (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
مادهٔ ۷
متهم به ارتکاب چندين جرم از انواع مختلف جرائم خاص نظامى و انتظامى در دادگاهى محاکمه مى‌شود که صلاحيت رسيدگى به جرمى را دارد که مجازات آن اشد است.
مادهٔ ۸
در استان‌هائى که تراکم پرونده در حد تشکيل سازمان قضائى نيست با پيشنهاد رئيس سازمان قضائى و تصويب رئيس قوهٔ قضائيه دادگاه نظامى دو مستقل با اختيارات همانند دادگاه حقوقى دو مستقل در امور کيفرى تشکيل مى‌شود (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
مادهٔ ۹
نيروهاى نظامى و انتظامى بنا به پيشنهاد رئيس سازمان قضائى مکلف به انتقال يا مأموريت حقوقدانان نظامى و پرسنل مورد لزوم به اين سازمان هستند (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
مادهٔ ۱۰
رئيس سازمان قضائى نيروهاى مسلح که رياست شعبهٔ يک دادگاه نظامى يک مرکز را نيز به‌عهده دارد، حق بازرسى و نظارت بر دادگاه‌ها و دادسراهاى نظامى سراسر کشور را داشته و عنداللزوم مى‌تواند به تعداد کافى معاون داشته باشد (اصلاحى مصوب ۲۶/۱۰/۱۳۶۸.).
تبصره:
رئيس سازمان قضائى نيروهاى مسلح مى‌تواند در موارد ضرورى با موافقت قاضى رسيدگى‌کننده در دادسرا يا دادگاه مربوطه پرونده را از شعبهٔ رسيدگى‌کننده به يکى از شعب مشابه در استان ديگر احاله نمايد.
مادهٔ ۱۱
اختيارات و وظايف دادستان و بازپرس و داديار دادسراهاى نظامى با رعايت مقرران اين قانون همان اختيارات و وظايفى است که در قانون آئين دادرسى کيفرى براى دادستان و بازپرس و داديار دادسراى عمومى تعيين شده است و آئين رسيدگى به‌ترتيب مقرر در قانون مزبور خواهد بود.
مادهٔ ۱۲
کليهٔ قوانينى که با اين قانون مغايرت دارد، ملغى است.