سازمان برنامه و بودجه اهداف و وظايف و فعاليت‌هاى خود را در قالب شش معاونت تخصصى به شرح زير به انجام مى‌رساند:
۱. معاونت امور اقتصادى و هماهنگي: اين معاونت هماهنگ‌کنندهٔ فعاليت‌هاى برنامه‌ريزى و مطالعات اقتصادى و اجتماعى در دفاتر ذيربط يا ساير دفاتر سازمان است.
۲. معاونت فني: اين معاونت وظايفى از قبيل هماهنگى در نظام فنى و اجرايى و بهره‌بردارى از طرح‌هاى عمرانى کشور را برعهده دارد.
۳. معاونت امور اجتماعي: به عنوان هماهنگ‌کنندهٔ امور برنامه‌ريزى و بودجه‌بندى و نظارت بر فعاليت‌هاى امور اجتماعى (از قبيل بهداشت و درمان، تأمين اجتماعي) و امور عمومى و دفاعى انجام وظيفه مى‌کند.
۴. معاونت امور توليدي: اين معاونت هماهنگ‌کنندهٔ امور برنامه‌ريزى و بودجه‌بندى و نظارت بر فعاليت‌هاى واحدها و دستگاه‌هاى توليدى و خدمات در کشور است.
۵. معاونت امور زيربنايي: اين معاونت هماهنگ‌کنندهٔ امور برنامه‌ريزي، بودجه‌بندى و نظارت بر فعاليت‌هاى واحدها و دستگاه‌هاى تأمين‌کنندهٔ امور زيربنايى کشور است.
۶. معاونت امور فرهنگي، آموزشى و پژوهشي: اين معاونت وظيفهٔ هماهنگى فعاليت‌هاى برنامه‌ريزي، بودجه‌بندى و نظارت بر دستگاه‌هاى آموزشي، فرهنگى و پژوهشى کشور را برعهده دارد.