دبيرخانهٔ شوراى عالى آموزش و پرورش به‌عنوان يکى از واحدهاى وزارت آموزش و پرورش داراى بودجه و تشکيلات جداگانه ادارى و فنى است. بودجهٔ آن همه ساله به تصويب مجلس شوراى اسلامى مى‌رسد.


اهم وظايف دبيرخانه شوراى عالى آموزش و پرورش به‌شرح زير است:


- بررسى کليهٔ پيشنهادهائى که به دبيرخانه ارسال مى‌شود.


- تهيه اطلاعات مورد نياز شوراى عالى براساس مطالعه و تحقيق و بررسى‌هاى لازم.


- بررسى اساسنامه‌ها و برنامه‌ها و آئين‌نامه‌ها و طرح آنها در کميسيون‌هاى ذى‌ربط.


- ثبت و ضبط کليه آراء شوراى عالى و کميسيون‌ها و ابلاغ آنها به واحدهاى ذى‌ربط.


- صدور بخشنامه‌هاى توجيهى و دستورالعمل‌هاى مربوط به مصوبات شوراى عالى به‌منظور ايجاد وحدت رويه.


- تعيين آراء ناقص يا حاکم براساس بررسى‌هاى اين آراء.


- نظارت و ارزشيابى و پيگيرى مصوبات شوراى عالى آموزش و پرورش.


براساس تشکيلات مصوب سازمان مديريت کشور يک معاون (هم‌رديف مديرکل)، ۴ مشاور، ۵ دبير کميسيون و عده‌اى کارشناس و نيز واحدهاى روابط عمومى و نظارت و پيگيرى مصوبات، به دبير کل در انجام دادن وظايفى که برعهده دارد يارى مى‌رسانند.