تا تصويب قانون تشکيل سازمان آموزش و پرورش استثنائى در ۲۱/۹/۱۳۶۹، امور مربوط به آموزش و پرورش کودکان و دانش‌آموزان استثنائى با دفتر آموزش کودکان و دانش‌آموزان استثنائى بوده است.
در ماده واحدهٔ اين قانون آمده است:
با توجه به اهميت و ويژگى‌هاى توانبخشى و تعليم و تربيت کودکان و دانش‌آموزان استثنائى اعم از نابينايان، نيمه‌بينايان، ناشنوايان، نيمه‌شنوايان، عقب‌ماندگان ذهني، ناسازگاران عاطفي، معلولين حسى حرکتى و چند معلوليتى به‌موجب اين قانون، مؤسسه‌اى دولتى به‌نام سازمان آموزش و پرورش استثنائي وابسته به وزارت آموزش و پرورش تشکيل مى‌شود. هم‌چنين رئيس سازمان معاون وزير آموزش و پرورش خواهد بود. در متن قانون مزبور، اساسنامهٔ سازمان مشتمل بر اهداف، وظايف شورا، تشکيلات و منابع مالى سازمان آمده است. اساسنامهٔ سازمان در سال ۱۳۷۰ به تصويب مجلس شوراى اسلامى رسيده است.