دبيرخانهٔ شوراى عالى آموزش و پرورش، برطبق مادهٔ يک لايحهٔ قانوني، به‌عنوان يکى از واحدهاى وزارت آموزش و پرورش داراى بودجه و تشکيلات جداگانهٔ ادارى و فنى است که در حوزهٔ وزارتى وزارت آموزش و پرورش قرار دارد و وظايف آن به‌شرح زير است:


۱. ابلاغ کليهٔ مصوبات شوراى عالى و کميسيون‌ها به واحدهاى مربوط


۲. انجام بررسى‌ها و مطالعات لازم در زمينهٔ هدف‌ها و خط‌مشى نظام آموزش و پرورش کشور و استفاده از نظرات محققان و صاحبنظران در اين زمينه و جمع‌بندى آنها به‌منظور ارائه به شوراى عالى آموزش و پرورش


۳. مطالعه و تحقيق در محتواى برنامه‌هاى درسى در مقاطع مختلف آموزشى و تهيهٔ اطلاعات موردنياز شوراى عالى در زمينهٔ وظايف مربوط


۴. صدور بخشنامه‌هاى توجيهى و دستورالعمل‌هاى مربوط به مصوبات شوراى عالى به‌منظور ايجاد وحدت رويه


۵. تنقيح و تکميل اساسنامه‌ها، برنامه‌ها و آئين‌نامه‌هاى پيشنهادى به شوراى عالى آموزش و پرورش


۶. تنظيم دستور جلسه و صورت‌جلسات شوراى عالى


۷. تهيهٔ گزارش‌هاى لازم دربارهٔ نحوهٔ تدوين اساسنامه‌ها، آئين‌نامه‌ها و برنامه‌ها


۸. صدور ارزشنامه و مدارک تحصيلى و اجازه‌نامه‌هاى تأسيس مدارس غيردولتى خارجى پس از تصويب کميسيون مربوط يا شوراى عالى و هم‌چنين صدور تأييديهٔ مدارک تحصيلى که به تصويب شورا رسيده‌اند


۹. تنظيم کليهٔ پرونده‌هاى مربوط به تعيين ارزش تحصيلات خارجى


۱۰. بررسى اساسنامه‌ها، برنامه‌ها و آئين‌نامه‌هاى آموزشگاە‌هاى غيردولتى و طرح آنها در کميسيون مربوط


۱۱. ثبت و ضبط کليهٔ آراء شوراى عالى و کميسيون‌ها در دفاتر مخصوص


۱۲. انجام امور مکاتبات و نگهدارى سوابق آنها


۱۳. تعيين آراء ناقض يا حاکم براساس بررسى انجام شده


۱۴. بررسى کليهٔ پيشنهادهائى که براى تصويب شوراى عالى به دبيرخانه واصل مى‌شود


۱۵. تکميل پرونده‌هاى مربوط به تعيين ارزش تحصيلات خارجى از طريق وزارت امور خارجه يا کنسولگرى دولت جمهورى‌اسلامى ايران در ممالک مختلف برطبق آئين‌نامه‌ٔ تعيين ارزش تحصيلات خارجى.