با برآمدن صفويان از سال ۹۰۶ هـ به بعد معيارهاى تاريخ‌نگارى به‌تدريج متحول شد. بازتاب دگرگونى‌هاى مذهبى در تاريخ‌نگارى دوره صفوى بروز کرد و گرايش شيعيانه همچون بديل مذهبى در برابر تسنن سر برکشيد. ذهن و ضمير مورخان را فرهنگ شيعى فرو پوشاند و اين روند البته به‌تدريج صورت گرفت. در اين دوره نيز، تاريخ‌نگارى در دو طيف مهم به موجوديت خود ادامه داد:

تاريخ عمومى و تاريخ سلسله‌اي؛ و البته نحله‌هاى ديگر تاريخ‌نگارى در اين دوره شکل گرفت.


تکملةالاخبار را عبدى‌بيک (متوفى ۹۸۸هـ) متخلّص به نويدى نوشت. تاريخى است عمومى از آفرينش جهان تا روزگار نگارش آن در سال ۹۷۸هـ که به پريخان خانم دختر شاه‌طهماسب اهداء شده است (بروگل، ادبيات فارسى و... جلد ۲، ص ۵۷۹). تاريخ‌ جهان‌آرا، تاريخ عمومى است تا به سال۹۷۲هـ تأليف قاضى احمد غفارى قزوينى (متوفى ۹۷۵هـ) که به شاه‌طهماسب اهداء کرد. آگاهى‌هاى بسنده درباره فرمانرويان محلى دارد و اصلاً کتاب بر شالوده روابط طبيعى خاندان‌ها و سلسله‌هاى و همبستگى تبارى بنياد گرفته است (بروگل، ادبيات فارسى و... جلد ۲، ص ۵۸۸-۵۸۵).


جواهرالاخبار نوشته منشى بوداق قزوينى از کارکنان دبيرخانه شاهي؛ تاريخ عام عالم است که به شاه اسماعيل دوم تقديم شده است و رويدادها را تا سال ۹۸۴هـ دربر دارد و يک پنجم مطالب آن درباره صفويان است و او اين رويدادها را به چشم ديده و يا از زبان افراد موثق شنيده است. اطلاعاتى هم در خصوص مسائل اقتصادى صفويان دارد (بروگل، ادبيات فارسى و... جلد ۲، ص ۵۹۵).


کمال‌خان‌بن جلال منجم در لشکرکشى رستم‌خان به گرجستان در سال‌هاى ۲-۱۰۴۱هـ همراه او بود و سمت منجمى داشت. زبدةالتواريخ وى تاريخ عمومى کوتاهى است که تاريخ صفويان را تا سال ۱۰۶۳ دربر دارد (بروگل، ادبيات فارسى و... جلد ۲، ص ۶۲۳-۶۲۲). خلدبرين تأليف ميرزا محمد يوسف‌واله قزويني، تاريخ عمومى مفصلى است و وقايع آن تا سال ۱۰۷۱هـ با خاتمه‌اى در باب سلطنت شاه سليمان صفوى ادامه مى‌يابد. (زرين‌کوب، عبدالحسين، تاريخ ايران پس از اسلام، ص ۴۱) اين تاريخ داراى هشت روضه و هر روضه داراى چندين حديقه و هر حديقه دربر دارنده چند مجلس است.


تاريخ سلطانى از سيدحسن‌بن مرتضى که به سال ۱۱۱۵هـ براى شاه سلطان‌حسين در سه فصل نوشت و فصل سوم آن را به تاريخ صفويان تا سال ۱۰۵۱ هـ اختصاص داد. بخشى از آن با عنوان از شيخ صفى تا شاه صفى منتشر شده است. (صفا، زبيح‌اله، تاريخ ادبيات در ايران، ج۵، بخش ۳، ص ۱۵۶۱). خلاصةالتواريخ پادشاهان عجم تأليف قاضى ميراحمد ابراهيمى قمى از مقربان شاه بود و وقايع آن از آغاز بشريت تا پادشاهى شاه عباس ثانى را دربر مى‌گيرد. اين تاريخ در دو جلد منتشر شده است ولى مطالب آن احتوا بر رويدادهاى دروهٔ صفوى ـ از شيخ صفى به بعد ـ دارد و در حقيقت جلد پنجم اصل کتاب را دربر مى‌گيرد.


اين اثر را توکلى‌بن اسماعيل اردبيلى معروف به ابن‌بزاز درباره کردار، کرامات و سلوک شيخ‌صفى‌الدين اردبيلى (متوفى ۷۳۵هـ) جد اعلاى صفويان فراهم آورد و آن را به احتمال زياد در سال ۷۵۹هـ به پايان برد. اين اثر بيشتر به لحاظ احوال شيخ صفى و مرشدش شيخ‌زاهد گيلانى از جنبه روحانى درخور اعتنا است و دوازده باب دارد (براون، تاريخ ادبى ايران، جلد ۴، ص ۵۱-۵۰). سلسلةالنسب نوشته شيخ حسن‌بن شيخ ابدال زاهدى نيز در خصوص مناقب بازماندگان و دانسته‌هائى درباره شيخ‌زاهد گيلانى و بازماندگان او است و مؤلف از جمله اين بازماندگان است (زرين‌کوب، تاريخ ايران بعد از اسلام، ص ۵۳-۵۲).


درباره نحوه برساخته شدن حکومت صفويان به‌خصوص ظهور اسماعيل و جنگ‌ها و کوشندگى‌هاى او جهانگشاى خاقان تأليف در ۹۵۵ - ۹۴۸هـ ياد کردنى است. جهان‌نگرى مؤلف گمنام اين اثر شديداً شيعى است و در آن احوال اجداد شاه اسماعيل و وقايع دوران زندگى او آمده و در حقيقت محتويات کتاب حبيب‌السير خواندمير را تکميل مى‌کند (جهانگشاى خاقان (تاريخ شاه‌اسماعيل) مقدمه از دکتر الله دتا مضطر، اسلام آباد، مرکز تحقيقات فارسى ايران، پاکستان، ۱۳۶۴، مقدمه). تاريخ ديگرى با عنوان تاريخ‌ عالم‌آراى صفوى از يک مؤلف گمنام موجود است که مطالب خود را کاملاً از اثر ياد شده گرفته، ولى در بعضى قمست‌ها اختلافاتى احساس مى‌شود. اين دو اثر شايد يک اثر واحد بوده باشد که با دو عنوان منتشر شده است. (تاريخ عالم‌آراى صفوى به کوشش يداله شکري، تهران، اطلاعات، ۱۳۶۳، مقدمه مصحح).


فتوحات شاهى يا فتوحات امينى تأليف صدرالدين سلطان ابراهيم امينى هروى از جمله منابعى است که به دستور شاه‌اسماعيل تأليف شد (سرور، غلام، تاريخ شاه‌اسماعيل صفوي، ترجمه محمدباقر آرام و عباسقلى غفارى فرد، تهران، نشر دانشگاهي، ۱۳۷۴، صص ۸-۶). اين اثر در سال ۹۲۶هـ تأليف يافته و مؤلف در اردوگاه شاهى حضور داشته و حاضر و ناظر بر وقايع بوده است. نسب‌نامه صفويه تأليف محمد شفيع‌الحسينى در سال ۱۰۹۰هـ تکميل گرديد و به سه جلد تقسيم شد. جلد اول در شرح احوال پيشينيان شاه‌اسماعيل؛ جلد دوم شرح مفصل پادشاهى اسماعيل و جلد سوم جانشينان شاه‌اسماعيل ـ شاه طهماسب، اسماعيل ثانى و سلطان محمد خدابنده ـ را دربر دارد. شاهنشاهنامه کمال‌الدين شيرعلى بنائى هروى (مقتول ۹۱۸هـ) تاريخ شاه‌اسماعيل تا سال ۹۱۸هـ با سبکى مصنوع و مسجوع است. (Sterey,II/301-2). عبدالله هاتفي، خواهرزاده جامي، شاهنامه هاتفى يا اسماعيل‌نامه را درباره فتوحات اسماعيل سرود. ولى اين مثنوى ناتمام ماند. (lbid,303) ميرزا محمدقاسم جنابدى متخلص به قاسمى شاهنامه اسماعيل را در سال ۹۴۰هـ به اتمام رساند و در آن وقايع دوران شاه نخستين صفوى را گنجاند. (lbid,305) امير محمودبن اميرخواندمير فرزند مؤلف حبيب‌السير بود و ظاهراً در هرات مى‌زيست. او تاريخ مختصر شاه‌اسماعيل و شاه‌طهماسب را تصنيف و وقايع خراسان و ماوراءالنهر را تا سال ۹۵۷هـ در آن ثبت کرد. تأليف اين اثر در سال ۹۵۵هـ شروع شد و در سال ۹۵۷هـ به پايان رسيد (سرور، تاريخ شاه اسماعيل صفوي، ص ۱۵).


بياض مکالمه شاه‌طهماسب با ايلچيان گزارشى است در باب روابط بين ايران و عثمانى از زبان شاه‌طهماسب براى ايلچيان سلطان‌سليمان اول که به‌منظور بازپسگيرى شاهزاده بايزيد وارد قزوين شده بودند. (Storey,II/305) تذکرده شاه‌طهماسب بازنويسى منبع يادشده به اسلوب خود نگاشته است و مقدمه‌اى تاريخى هم درباره سلطنت شاه‌طهماسب بدان افزوده شده است. (lbid,305-6)


احسن‌التواريخ تأليف حسن‌بيک روملو وقايع سال ۹۰۰ تا ۹۸۵هـ را دربر مى‌گيرد که شامل سلطنت‌هاى شاه‌اسماعيل اول، شاه‌طهماسب و اسماعيل دوم است. اين تاريخ که نوعى تاريخ عمومى بوده با اسلوب گاهشمارى تأليف يافته است. حسن‌بيک ملازم شاه‌طهماسب و از روساء لشکرى او محسوب مى‌شد. پاره‌اى از اين کتاب به تاريخ سلطنت شاه‌اسماعيل ثانى معروف است. (Stoery,II/308)


فتوحات همايون را سياق نظام در سال ۱۰۰۷هـ تأليف و به شاه‌عباس اول اهداء کرد. در اين تاريخ وقايع دوازده سال نخست سلطنت شاه عباس آمده و به يک ”کرامت و دوازده فتوح“ تقسيم شده است و فقط بخش آخرى آن که راجع‌به فتح خراسان در سال ۱۰۰۶هـ است باقى مانده است. (lbid) جلال‌الدين محمد منجم يزدى معروف به جلال منجم، منجم‌باشى شاه‌عباس اول بود. تاريخ عباسى او که به روزنامه ملاجلال هم شهرت دارد تاريخ مفصل شاه‌عباس اول از تولد تا ۱۰۲۰هـ است و سلطنت‌هاى شاه اسماعيل ثانى و سلطان محمد‌خدانبده را نيز شامل است.


نقاوةالآثار فى ذکرالاخبار تأليف محمودبن هدايةالله افوشه‌ئى نظنزي، شاعر و اديب سده دهم و يازدهم هجري، دربر دارنده حوادث‌ سال‌هاى ۹۹۸ تا ۱۰۰۷هـ است. اين اثر انشائى مترسلانه همراه با شاهد اشعار دارد. اهميتش در آن است که بسيارى از وقايع حيات اجتماعى و حوادث غيرسياسى در آن مُضمر است (صفا، ص ۱۵۶۶). افضل‌التواريخ را ميرزا افضلى فرزند زين‌العابدين‌بن روح‌الله حسينى اصفهانى در سه مجلد نوشت. جلد اول از عهد شيخ صفى‌الدين تا سال ۹۳۰هـ و جلد دوم تا رويدادهاى سال ۹۹۵هـ و جلد سوم سلطنت شاه‌عباس اول از سال ۹۹۶هـ به بعد را در شمول خود دارد (صفا، ص ۴۴-۱۷۴۲).


تاريخ‌ عالم‌آراى عباسى از امهات کتب تاريخى دروه صفوى است. مؤلف آن اسکندربيک مشهور به منشى به سال ۹۶۸هـ ولادت يافت. در جوانى به فراگيرى علم سياق پرداخت و سپس به علم انشاء روى آورد و در علوم ادبى و شرعى نيز صاحب کمال شد. در سال ۹۹۵هـ به سپاهيگرى پرداخت و ملازمت شاه‌عباس اول يافت. سپس در دفترخانه همايونى در دفتر شرعيات به نويسندگى مشغول شد. اسکندربيک در خط نستعليق تيزدست بود و به‌تدريج در فن انشاء و تحرير کتابات و احکام همايونى سرآمد شد. از اينرو مجموعه‌اى از منشآت از وى باقى است.


اسکندر منشى تأليف تاريخ خود را از سال ۱۰۲۰هـ - پايان سى‌ام سال سلطنت شاه‌عباس اول ـ شروع کرد و مى‌خواست آن را در يک مقدمه و دو صحيفه و خاتمه بنويسد که به نگارش خاتمه موفق نشد و مقدمه و دو صحيفه را در سه مجلد تنظيم کرد. جلد اول شامل مقدمه و دوازده مقاله؛ جلد دوم رويدادهاى سى‌سال اول پادشاهى شاه‌عباس اول (۹۹۶ تا ۱۰۲۵هـ) و جلد سوم شامل وقايع دوازده سال آخر دوران شاه‌عباس است که به سال ۱۰۳۸هـ ختم مى‌شود. يکى از وجوه اهميت اين اثر، اشتمال آن بر احوال شاعران و عالمان و سادات و هنرمندان و ارکان دولت از وزيران و اميران و خوانين و وفيات آنها است. مؤلف پس از اتمام ذيلى نيز بدان نوشت (زرين‌کوب، تاريخ ايران بعد از اسلام، ص ۵۴) و حوادث نيم سال اول سلطنت شاه‌صفى را بدان افزود. اين ذيل گاهى به مرتضى قلى‌خان حاکم گنجه و گاهى به محمد معصوم‌بن خواجگى اصفهانى نيز منسوب است (صفا، جلد ۵، بخش ۳، ص ۱۷۴۵).


قدرى شاعر اين دوره دو مثنوى درباره واقعه بازپسگيرى هرمز از دست پرتقاليان سرود يکى جنگ‌نامه قشم بود و ديگرى جرون‌نامه که ضمن آن قتل امام‌قلى خان به‌وسيله شاه‌صفى در سال ۱۰۴۳هـ هم وصف شده است. (Storey,II/309)