زکى‌خان در روز پانزدهم صفر سال ۱۱۹۳ به بهانه عقد قرارداد جمعى را به داخل ارگ دولتى فرستاد تا خوانين زند را به قتل برسانند و با اين اقدام در عمل قدرت را در اختيار گرفت و به مدت صد روز با اختيارات تام بر فارس و اصفهان حکومت کرد.


يکى ديگر از سرداران زند که داعيه سلطنت داشت صادق‌خان، برادر وکيل، بود. وى در دوران بيمارى و مرگ کريم‌خان در بصره به سر مى‌برد ولى به محض اطلاع از مرگ برادر بصره را رها کرد و خود را به شيراز رسانيد. صادق‌خان موقعى به نزديکى شيراز رسيد که زکى‌خان اوضاع آشفته شيراز را سامان داده بود؛ اما وى جانب احتياط را از دست نداد و پسر خود جعفرخان را که همشيره زاده زکى‌خان بود براى اطلاع از چگونگى اوضاع به داخل شهر فرستاد (روزنامه؛ ص ۷۲). هر چند زکى‌خان از جعفرخان به گرمى استقبال کرد، ”چون از خط جبينش نقش تسويدات درونش پيدا و ظاهر بود، جعفرخان از وجنات احوال وى آثار تزوير و نفاق استنباط و مراجعت نمود (هدايتي، هادي؛ تاريخ زنديه؛ ص ۳۵-۳۶). مرد جوان پدر را از حيله و نيرنگ زکى‌خان آگاه ساخت تا از داخل شدن به شهر خوددارى کند. صادق‌خان شيراز را به محاصره در آورد، ولى ”زکى‌خان براى اهالى اردو، پيغام فرستاد که اگر با من موافقت نکنيد، تمام عيال شما که در شهر توقف دارند، به باد فناى حوادث خواهم داد (فارسنامه ناصري؛ ج ۱، ص ۶۱۹). تهديد زکى‌خان بلادرنگ اثر خود را گذاشت؛ به‌طورى که از همراهان صادق‌خان تنها قريب سيصد نفر باقى‌ماند و آنان ظاهراً کسانى بودند که اقوام خانواده‌اى در شيراز نداشتند (مالکم، سرجان؛ تاريخ ايران؛ ج۲، ص ۲۹۰). صادق‌خان ناگزير از محاصره شيراز دست برداشت و به طرف کرمان حرکت کرد. ولى زکى‌خان سپاهى به فرماندهى محمدحسين‌خان زند و تعقيب وى فرستاد. دو سپاه در ناحيه ارسنجان با هم درگير شدند که به قتل سردار سپاه زکى‌خان انجاميد (تاريخ گيتى‌گشا؛ ص ۷۵).


على‌مرادخان زند، خواهرزاده زکى‌خان، چون از ناحيه دائى خود احساس خطر مى‌کرد ابوالفتح‌خان را واداشت که وى را مأمور تنظيم امور ولايات مرکزى ايران کند و چون به تهران رسيد سر به مخالفت با زکى‌خان برداشت. او در آستانه حضرت معصومه (س) در قم سران سپاه خود را که از زکى‌خان هراسان بودند، به قيد سوگند با خود متفق ساخت و با کمک آنان اصفهان رال به نام وارث کريم‌خان به تصرف درآورد (تاريخ گيتى‌گشا؛ ص ۶۱۹. و مالکم، سرجان؛ تاريخ ايران؛ ج۲، ص۲۹۱). زکى‌خان پس از آگاهى از اين خبر تمام مردان شهر شيراز را به زور مسلح ساخت و به‌سوى اصفهان حرکت کرد. هنگام ورود زکى‌خان به ايزدخواست، خبر آمد که خزانه اصفهان در اين محل به‌دست گماشتگان على‌مردان‌خان افتاده است؛ پس او اهالى را مورد مؤخذ قرار داد که چرا ممانعت ننموديد و جنگ نکرديد؟! وقتى اهالى اظهار بى‌اطلاعى کردند دستور داد هيجده نفر از بزرگان قصبه را از فراز قلعه به پائين پرت کنند. چندى بعد يکى از سادات قصبه را مسئول شمرد و به تصور دخالت در ماجرا احضار وى کرد. اعتراض و اظهار بى‌اطلاعى سيد مورد قبول زکى‌خان واقع نشد و او را بعد از شکنجه از بالاى پرتگاه به پائين رها کرد و زن و دختر او را هم به دست سربازان داد (تاريخ گيتى‌گشا؛ وسايکس، سرپرسي، تاريخ ايران؛ ج۲ص ۴۰۸). ناچار در شب ۲۳ جمادى‌الاول سال ۱۱۹۳ ”على‌خان مافى و بعضى ديگر به خوابگاه او رفته، به گلوله تپانچه رهسپار آخرت وى نمودند (فارسنامه ناصري؛ ج۲، ص ۶۲۰).