توطئه‌گران بلادرنگ صيدمرادخان را به سلطنت برداشتند، ولى پيامد قتل جعفرخان صبح زود بعد به‌صورت شورش و آشوب در شهر خود را نشان داد. غفارى کاشانى مى‌نويسد: ”مردم شهر از سپاهى و رعيت به خانه‌هاى خود خزيده و خاص و عام ولايت به‌جهت دفع معاندين خود مشغول کوچه‌بندى گرديده، جمعى کثير از طبقه‌ الوار و طايفه اکراد از سلسله عليه زند و مافى و باجلانو غيره که به خونخواهى نواب مغفور، جبّه و يراق پوشيده (بودند)، با نهايت ساز و برگ قدم به خارج ارگ نهاده، صداى يورش در دادند (گلشن مراد؛ ص ۷۵۸-۷۵۹).


موٕٕقعى که صيدمرادخان براى نوميد‌ساختن هواداران جعفرخان که هنوز مرگ وى را باور نداشتند، سر جعفرخان را از بالاى قصر به ميان آنان پرتاب کرد، هيجان مردم بيشتر شد؛ به‌طورى که شورشيان به ارگ سلطنتى يورش بردند. اما صيدمرادخان با تطميع ريش‌سفيدان و سران گروه‌هاى شورشى موفق به مهار آنان شد. وى وجوه نقد و پارچه‌هاى نفيسى را که جعفرخان براى هديه نوروزى سپاهيان در ديوانخانه فراهم کرده بود به‌عنوان انعام بين شورشيان تقسيم کرد. مؤلف گلشن مراد طرز تقسيم انعام ميان سران شورشى را بدين‌گونه نقل مى‌کند: ”حکم به تاراج و يغماى اموال مذکور فرموده. اهل غوغا که چنين فرصتى را طلبکار و در راسته بازار طمعکارى متاع اين قسم امر و اشاره را به نقد جان خريدار بودند به هيئت مجموعى قدم به اندرون ديوانخانه شاهى نهاده و دست به يغما برگشادند، در طرفةالعينى آن اموال مخزونه را به غارت برده و بازگشته، طريق خدمت صيدمرادخان را به پاى دوستى و يک جهتى سپرده، دست به بيعت وى دادند و بر روى او ابواب يکرنگى گشادند و شخص فتنه انديش او را به تخت دولت پنج روزه جلوس دادند (گلشن مراد؛ ص ۷۵۹).


صيدمرادخان، سرداران و بزرگانى را که همراه لطفعلى‌خان، پسر جعفرخان، بودند از طريق نامه تهديد کرد که چنانچه دست از حمايت او برندارند، بستگان و اقوام خود را در شيراز از دست خواهند داد. اين امر باعث شد که بسيارى از سران از اطراف لطفعلى‌‌خان پراکنده شوند (تاريخ‌گيتى‌گشا؛ ص ۳۱۵). صيدمرادخان وقتى که بر اوضاع شيراز مسلط شد، با دليران و سرداران جعفرخان با خوشروئى برخورد کرد. آنان را در وظايف و مقام‌هاى قبلى ابقاء نمود و حاجى‌على‌قلى‌خان وى را يارى کرده بودند مورد شفقت قرار داد و مناصبى به آنان محول کرد. با اين همه، او نتوانست بيش از هفتاد روز سلطنت کند (گلشن مراد؛ ص ۷۶۰).


نفوذ جعفرخان و جناح وابسته به او، بيش از آن بود که به صيدمرادخان فرصت بيشتر نشستن برتخت سلطنت را بدهد. عناصر مهم و مؤثر در برانداختن صيدمرادخان زند، حاجى‌ابراهيم‌کلانتر، مرد متنفذ فارس و وزير خاندان زند، ميرزاحسين و ديگر بزرگان، صيدمرادخان را دستگير و زندانى کردند و لطفعلى‌خان زند را که اينک با کمک حاکم بوشهر سپاهى تدارک ديده بود به شهر دعوت کردند. وى بعد از شکست شاه مرادخان وارد شيراز شد و از قاتلان پدر انتقام گرفت و در دوازدهم شعبان سال ۱۲۰۳ جانشين او گرديد (تاريخ‌روضةالصفاى ناصري؛ ج۹، ص ۲۲۱-۲۲۲).