جعفرخان، تنها پسر صادق‌خان بود که از دم تيغ على‌مرادخان جان سالم به در برده بود. انتظار مى‌رفت که پس از مرگ على‌مرادخان پس او شيخ‌ويس به حکومت رسد. شيخ‌ويس در نبرد با آقامحمد‌خان قاجار، تلاش‌هاى بسيارى کرده بود، البته تلاش‌هاى او همراه با ناکامى بود، ولى حتى پس از انهزام اردوى خان‌قاجار در سال ۱۱۹۸ ق نتوانست سارى را پس بگيرد (فارسنامه ناصري؛ ج۲، ص ۶۲۸. و تاريخ روضةالصفاى ناصري؛ ج۹، ص ۱۸۲-۱۸۳).


جعفرخان، به بهانه ايجاد نظم، به سرعت بر اوضاع مسلط شد و از فارس به‌سوى اصفهان حرکت کرد تا باقرخان خَوراسگانى حاکم شهر را که پس از مرگ على‌مرادخان، کوس پادشاهى زده بود سرکوب کند. باقرخان در برابر سپاهيان خان زند شکست خورد و فرار کرد؛ اما غازى بيگ، جلودار على‌مرادخان، او را دستگير کرد و زنجير برگردن به نزد جعفرخان آورد و ”چون ـ جعفرخان ـ او را قابل کشتن ندانست (گلشن مراد؛ ص ۶۹۲). با شکنجه، صد هزار تومان نقد و مقدار معتنابهى زر از او گرفت.


جعفريان پس از استقرار نسبي، نامه‌اى به شيخ‌ويس نوشت و او را دعوت کرد که به اصفهان بيايد و به‌جاى پدر حکومت را در اختيار بگيرد. شيخ‌ويس فريب جعفرخان را خورد و نتوانست يا نخواست به ياد بياورد که پدر و برادران جعفرخان به‌دست پدر وي، على‌مرادخان، کشته‌ شده‌اند؛ از اين‌رو، با اعتماد و خوش‌باورى تمام به جانب اصفهان حرکت کرد. در دروازه اصفهان، به‌ ظاهر از او استقبال با شکوهى کردند.


اما گروهى که از طرف جعفرخان مأمور شده بودند، او را در ميان گرفتند، به‌تدريج از همراهان و هواداران وى جدا کردند، سپس او را در کاخ دورافتاده‌اى مسکن دادند و به‌دستور جعفريان در عنفوان جوانى از دو چشم نابينا کردند. بدين ترتيب، جعفريان آخرين مدعى احتمالى را از پيش پاى خود برداشت و خود به سلطنت مشغول شد. وى در آغاز حکومت به دشمنى که به سرعت رشد مى‌کرد و براى نابودى خاندان او آماده مى‌شد، چندان اهميت نمى‌داد و او را به‌عنوان ترکمنى اخته و مردنى به ريشخند مى‌گرفت (سايکس، سرپرسي؛ تاريخ ايران؛ ج۲، ص ۴۱۰-۴۱۱). جعفرخان پس از آرامش دوماهه، ناگهان خبر يافت که آقامحمدخان از تهران خود را به کاشان رسانيده و آماده حرکت به جانب اصفهان است. او که تازه وخامت اوضاع را درک کرده بود سپاهى تحت فرماندهى احمدخان ابدالي، فرزند آزادخان افغان، و تقى‌خان زند به مقابله با آقامحمد‌خان فرستاد. اما سپاه جعفرخان به سختى شکست خورد. احمدخان گريخت و تقى‌خان اسير شد و سپس به‌دستور آقامحمد‌خان به قتل رسيد (گلشن مراد؛ ص ۶۹۶-۷۰۰).


جعفرخان که با نزديک شدن آقامحمدخان به اصفهان خود را باخته بود، به شيراز گريخت و دربار و لشکريان و خزانه سلطنتى اصفهان به‌دست خان قاجار افتاد. در بدو ورود جعفرخان به شيراز جمعى از مردم شهر و تيره‌هائى از خانواده على‌مرادن‌خان به فکر انتقام گرفتن از جعفرخان بودند و قدرت يافتن وى را به زيان خود مى‌ديدند با وى به مخالفت پرداختند. سرانجام با دخالت حاجى‌ابراهيم کلانتر نزاع خانگى ظاهراً بر طرف شد. آنگاه جعفرخان در تدارک سپاه و مقابله با آقا محمدخان برآمد.


آقامحمد‌خان پس از تصرف اصفهان به مطيع کردن بختيارى‌ها که در نواحى کوهستانى ساکن بودند پرداخت. وى پس از شکست دادن لرها تعداد زيادى از آنان را به قتل رسانيد و سربازان را آزاد گذاشت تا به دلخواه خود با مردم رفتار کنند. اين امر موجب واکنش شديد مردم و شکست خان قاجار شد که ناگزير به تهران عقب‌نشينى کرد؛ بدين ترتيب جعفرخان توانست مجدداً اصفهان را تصرف کند و با استفاده از سرگرمى آقامحمد‌خان در شمال به توسعه متصرفات در نواحى شمال‌شرقى فارس و شرق بپردازد؛ از اين‌رو، به يزد حمله کرد، اما در برابر اتحاد خان يزد و خان طبس کارى از پيش نبرد و شکست خورد. در اين ميان فرزند جعفرخان، با فتوحاتى در نواحى لار و بنادر خيلج‌فارس (از بندرعباس تا بوشهر) تا حدودى شکست پدر را جبران کرد (تاريخ‌ روضةالصفاى ناصري؛ ج۹، ص ۱۹۹-۲۰۱ و رستم التواريخ؛ ص ۴۵۰).


آقامحمدخان قاجار در بهار سال ۱۲۰۲ق با نيروئى مجهز به‌سوى اصفهان حرکت کرد. جعفرخان با اينکه سپاهى کافى در اختيار داشت و مى‌توانست در برابر خان قاجار مقاومت کند به‌سبب غلبه وحشت به شيراز عقب‌نشينى کرد. آقامحمد‌خان به آسانى اصفهان را تصرف کرد، برادرزاده خود، فتحعلى‌خان، را به حکومت آن شهر گماشت و خود در پى جعفرخان به‌سوى شيراز عزيمت کرده، آنجا را در محاصره گرفت. کار حصر شيراز ماه‌ها به طول انجاميد و نتيجه‌اى هم در برنداشت؛ پس به ناچار به اصفهان بازگشت، على‌قلى‌خان را به حکومت اصفهان گماشت و خود به مازندران مراجعت کرد (تاريخ‌ روضةالصفاى ناصري؛ ج۹، ص ۲۱۲-۲۱۳).


يکى از وقايع مهم دوره حکومت جعفرخان اعتراضات و مخالفت‌هاى ايلات و عشاير و بزرگان ولايات در گوشه و کنار ايران بود؛ از جمله حرکت شيخ عضبان و اعراب بنى‌کعب در نواحى دورق که به‌دستور جعفرخان، عبدالله‌خان‌زند و محمدخان زند آنان را سرکوب کردند (تاريخ گيتى‌گشا؛ ص ۲۹۹).


خسروخان، والى کردستان، از ديگر مخالفان جعفرخان بود که به اتفاق الله‌قلى‌خان، حاکم کرمانشاهان، هر دو دعوى شاهى داشتند. جعفرخان بدانجا لشکرکشى کرد، اما ”آخرالامر با شکست فاحشي“ به شيراز بازگشت (رستم‌التواريخ، ص ۴۵۰).


جعفرخان در جريان شورش همدان، اسماعيل‌خان زند، يکى از سرداران خود را بدان منطقه فرستاد؛ ولى اين شخص به مخالفان او پيوست و با والى کردستان متحد شد. گروه متفق جعفرخان را شکست دادند، چنانکه به زحمت توانست خود و خزاين خود را به اصفهان برساند. با اين شکست ضعف جعفرخان به سرعت در کنار و گوشه کشور آشکار شد. برخى از خان‌هاى محلى با خوانين تون و طبس همدست شدند و حتى خيال تصرف اصفهان را داشتند. جعفرخان، حاجى‌على‌قلى‌خان کازروني، از سرکردگان نادرشاه و کريم‌خان را که اينک سردار جنگى وى بود با سه هزار نفر براى سرکوبى آنان گسيل داشت. حاجى على‌قلى‌خان شورشيان را سرکوب کرد و جمعى از جمله مطلب‌خان لولوئي، فرمانده قواى طبس، را به اسارت گرفت. از آنجا که حاجى‌على‌قلى‌خان سوگند خورده بود شفاعت‌ آنها را از جعفرخان بخواهد و مانع قتل آنان شود، از خان زند شفاعت اسرار را خواست که در آغاز مورد موافقت وى واقع شد، ولى بعد از چند روز از قول خود بازگشت. اين مسئله باعث رنجش حاجى‌على‌قلى‌خان گرديد. او ضمن سرزنش جعفرخان با قهر و خشم از حضور وى خارج شد و به شيراز رفت (گلشن مراد؛ ص ۷۱۲-۷۱۴).


اين مسئله از يک‌سو و خبر شکست در همدان و همچنين اقدامات آقامحمد‌خان از سوى ديگر عرصه را بر خان زند تنگ کرد، به‌طورى که عده‌اى را براى استمالت و دلجوئى از حاجى‌على‌قلى‌خان فرستاد. سرانجام شيخ‌محمدعرب‌لحسائي، قاضى عسکر و مجتهد و ميرزاخليل فراهانى از مستوفيان بزرگ را همراه نامه‌اى مبنى بر دلجوئى وى به خط و مهر خود به کازرون اعزام داشت و بدين وسيله وى را به دربار خويش بازگرداند. اما پس از کوتاه زماني، باز عهدشکنى کرد و در روز سيزدهم زمضان سال ۱۲۰۰ او را دستگير و در يکى از ارگ‌هاى پادشاهى زندانى نمود (گلشن مراد؛ ص ۷۳۱).


در مجموع اوضاع به سود جعفرخان نبود. او پس از سه سال سلطنت که همه آن را صرف کور کردن و محبوس نمودن فرزندان و حاميان على‌مرادخان کرده بود، در اواخر عمر به‌علت بيماري، کمتر مى‌توانست از شيراز خارج شود. در سال ۱۲۰۳ق بيمارى او شدت يافت. اين خبر به صيدمرادخان زند و حاجى‌على‌قلى‌خان و ابراهيم‌خان که در همان ارگ مسکونى زندانى بودند رسيد. آنان به کمک ديگر ياران و برادران خود، مانند شاه‌مرادخان و جهانگيرخان، خويش را از بند رهانيدند، پنهانى بر سر جعفرخان بيمار ريختند و سر وى را از تن جدا کردند۱.


(۱ستم‌التواريخ، ص ۴۵۱. و مجمل‌التواريخ پس از نادر با ...؛ ص ۳۵۱ به بعد. غفارى کاشانى تعداد امراى شرکت کننده در قتل جعفرخان را پنج نفر ذکر کرده است (گلشن مراد؛ ص ۷۵۸).