چون خبر دستگيرى ليث‌بن على به سيستان رسيد، محمد که در سيستان از جانب برادر حکومت داشت، مردم را جمع کرد و خبر ليث را به آنان داد و در کار حکومت چاره‌جوئى نمود. آنان با محمدبن على بيعت کردند و در سيستان، بُست و کابل به‌نام او خطبه خوانده شد. معدل که از طرف ليث، مأمور شيراز شده بود، پس از دستگيرى او به جانب سيستان رهسپار شد. محمدبن على بيم داشت که معدل خيال حکومت در سر داشته باشد، به همين دليل او را دستگير کرد و همه وسايل راحتى و خوشگذرانى و خويشان معدل را در اختيار او گذاشت و گفت: ”تو خوش خور و من بدان کردم تا فتنه نخيزد که اکنون ما مانديم نبايد که نيز مخالفتى پيدا آيد“ (تاريخ سيستان، ص ۲۹۰).


مقتدر، خليفه عباسي، پس از غلبهٔ سبکرى و سپاه او بر ليث‌بن علي، فرمان حکومت سيستان را براى احمدبن اسماعيل ساماني، حاکم ماوراءالنهر و خراسان فرستاد و دستور داد براى گرفتن سيستان اقدام کند. احمدبن اسماعيل، حسين‌بن على‌بن حسين مرورودي، سردار نامى سامانى را به سيستان فرستاد. محمدبن على با سپاهى که بيشتر آنان مردم عادى و تجربه نديده و جنگ ناآزموده سيستان و حومه بودند به مقابله پرداخت. مسلماً چنين سپاهى نمى‌توانست حملات سپاه کاردان سامانى را تحمل کند و شکست خورد. محمدبن على با مردم به چاره‌جوئى پرداخت و رأى داده شد که از معدل کمک گيرد. محمد برادر او معدل را آزاد کرد و او اصلاح ديد تا محمدبن على براى جمع‌آورى سپاه و کمک مالى به بُست رود (زين‌الاخبار، ص ۱۴۸، الکامل فى‌التاريخ، ج ۸، ص ۶۰). او در بُست ظلم و ستم بسيار بر مردم روا داشت؛ به همين دليل وقتى مردم خبر آمدن سامانيان را شنيدند، تسليم شدند. محمدبن على که به رخد گريخته بود، دستگير گرديد. احمدبن اسماعيل او را به هرات برد و بعدها، بنا به درخواست مقتدر به بغداد فرستاد. (تاريخ سيستان، ص ۲۹۰-۲۹۴و الکامل فى‌التاريخ، ج۸، ص ۶۱ ”سبکرى نيز همراه محمدبن ليث به بغداد فرستاده شد“).


حسين‌بن على نيز در سيستان با معدل مقابله نمود. معدل با شنيدن خبر دستگيرى برادر متزلزل گشت و تصميم به صلح گرفت (زين‌الاخبار ص ۱۴۹، الکامل فى‌التاريخ، ج۸، ص ۶۱) و بدين ترتيب در سال ۲۹۸هـ.ق سيستان که مقر و مرکز اصلى حکومت صفاريان محسوب مى‌شد، به‌دست سامانيان افتاد.