پس از حملهٔ مغول و تيمور گرايش به تصوف ميان مردم رواج زيادى يافت. امراى مغولِ نومسلمان به خاندان صفوى ارادت داشتند و به پيروان ايشان گزندى نمى‌رساندند، لذا در آن دوران پرآشوب تعداد بيشترى از مردم متوجه اين خاندان شدند. سرسلسلهٔ اين خاندان شيخ صفى‌الدين اسحاق بود که نام اين خانواده از او اخذ شده است. او از متصوفين اواخر قرن هفتم و اوايل قرن هشتم بود. اخلاف مشهور او شيخ‌صدرالدين، سلطان جنيد و سلطان حيدر (پادشاه اسماعيل) بودند. مؤسس سلطنت اين خاندان اسماعيل صفوى است. صفويان با شعار تشيع، مناطق شيعه‌نشين ايران را متحد کردند و توانستند دولت ملى ايران را به‌وجود بياورند و کشور را در مقابل خطرى که از غرب از سوى دولت عثمانى سنى مذهب و از شرق از سوى ازبکان سنى مذهب، آن را تهديد مى‌نمود، حفظ کنند. تشکيل دولت صفويه از مهم‌ترين رويدادهاى تاريخ ايران است و پس از دولت ساسانيان آن را اولين دولتى مى‌دانند که وحدت سياسى و ملى ايران را تأمين کرد. تشيع که تا قبل از صفويه در برخى از نقاط ايران رواج داشت، در اين دوره به‌صورت مذهب رسمى کشور درآمد.
حکومت صفويه متکى به نيروى مذهب بود و نقش مذهبى شاهان صفوى اهميت و تأثير زيادى داشت. آنها در ابتدا به نيروى عشاير متکى بودند که چنانچه ذکر شد بعدها ابن وضع تغيير کرد. رونق صنعت و تجارت و کشاورزى نيز قبلاً خاطر نشان شده است. در اين دوره نظم و نثر مذهبى رونق بسيار يافت و کتاب‌هاى دينى که تا قبل از اين به‌عربى نوشته مى‌شدند، در اين زمان به فارسى نگاشته شدند. علاوه بر علما و ادبائى که قبلاً نام برده شد کليم همداني، محتشم کاشاني، عرفى شيرازي، فيضى دکنى و طالب آملى را بايد نام برد. على‌رغم ضعف ادبيات فارسى در اين دوره، نفوذ آن در ممالک مجاور و خصوصاً هندوستان زياد بوده است. هنر نيمهٔ اوّل دورهٔ صفوى يکى از بارورترين اعصار هنر ايرانى در دورهٔ اسلامى است که نمونه‌هاى آن در معمارى و نقاشى و قاليبافى و تذهيب نشان‌دهندهٔ کمال آن است. اين دوره گرچه از نظر علمى وارث انحطاط دوره‌هاى قبل از خود بوده ولى از نظر فلسفه و علوم دينى خصوصاً مذهب تشيع واحد افراد قابل توجهى بوده است. از نظر فلسفه و علوم دينى خصوصاً مذهب تشيع واجد افراد قابل توجهى بوده است. از نظر علمى تنها اقدام قابل توجه ترميم و احياء رصدخانهٔ مراغه در عهد شاه‌اسماعيل اوّل بود.
اسماعيل اوّل (۹۰۵ تا ۹۳۰ هجرى قمرى)
او فرزند شيخ‌حيدر بود که علاوه بر آنکه فرمانده نظامى قابلى بود چون ساير پدران وى مريدان زيادى نيز داشت. او با شکست دادن الوندبيگ آققوينلو آذربايجان را گرفت و تبريز را پايتخت خويش قرار داد. مذهب شيعهٔ اماميه را مذهب رسمى سراسر ايران اعلام کرد و سياست تعصب‌آميزى در برابر پيروان مذهب تسنن در پيش گرفت. او عراق عجم را از سلطان‌مراد آققوينلو گرفت و سپس سمنان، فارس، يزد، بغداد، خوزستان، کردستان، گيلان، مازندران و گرجستان شرقى را گرفت، در اين گسترش قلمروم، قزلباش‌ها (مشتمل بر هفت قبيلهٔ شاملو، تکلّو، استاجلو، روملو، افشار، ذوالقدر و قاجار) که توسط پدر او سلطان‌حيدر شکل گرفته بودند به او يارى مى‌نمودند. شاه‌اسماعيل در خراسان سرگرم جنگ با ازبکان بود که پرتغالى‌ها جزاير قسم و هرمز را به تصرف درآوردند. در ۹۲۰ سلطان سليم اوّل پادشاه عثمانى از راه ارمنستان به ايران لشکر کشيد. در محلى به‌نام چالدران ميان سپاهيان ايران و عثمانى جنگ در گرفت امّا على‌رغم دلاورى‌هاى زياد شاه‌اسماعيل و سپاه وي، به‌سبب مجهز بودن سپاه عثمانى با سلاح‌هاى آتشين، شاه‌اسماعيل شکست خورد و تا همدان عقب نشست. دياربکر و کردستان و تبريز به اشغال سپاه عثمانى درآمد ولى به‌دليل مقاومت مردم تبريز و نيز مشکلات داخلي، سلطان‌سليم تبريز را ترک کرد. شاه اسماعيل براى مقابله با دولت عثمانى درصدد اتحاد با اتريش و پاپ بود که به‌جائى نرسيد. او در ۹۳۰ در اثر بيمارى در نزديکى سراب درگذشت.
نقش تاريخى او گردآوردن مجدد تمام ايران تحت يک حکومت بود و سياست خشک و خشنى در مقابل اهل سنت در پيش گرفت. او با تخلص خطائى شعر ترکى و فارسى مى‌گفت.
شاه‌طهماسب (۹۳۰ تا ۹۸۴ هجرى قمرى)
پسر شاه‌اسماعيل، او در ده‌سالگى به سلطنت رسيد. در زمان او ازبک‌ها به خراسان حمله کردند و بارها ميان آنها جنگ درگرفت. در ۹۴۰ سلطان‌سليمان قانونى بين‌النهرين و تبريز را گرفت و جنگ‌هاى متعددى ميان ايران و عثمانى درگرفت که در ۹۶۲ به‌عهدنامهٔ صلحى ميان دو کشور منتهى شد. او در شمال نيز با شروانشاهان جنگيد و آنها را مغلوب کرد. در زمان او به‌دليل جنگ با عثمانى‌ها پايتخت از تبريز به قزوين منتقل شد. در اثر اين جنگ‌ها ميزان ماليات‌ها و عوارض ديوانى بالا رفت که خود منجر به شورش‌هائى در گيلان و تبريز شد. فشارهاى مذهبى بر مردم غيرمسلمان و غير شيعه، در دورهٔ شاه‌طهماسب نيز ادامه يافت. در زمان او بازرگانان ونيزى و چند نماينده از پرتقال و انگلستان به ايران آمدند.
اسماعیل دوم (۹۸۴ تا ۹۸۵ هجری قمری)
پسر شاه طهماسب. او حدود ۲۰ سال در دوران پادشاهی پدرش در زندان بود. با تعصبات مذهبی رایج مخالف بود و برای علمای شیعه محدودیتهایی به وجود آورد. این اقدامات او مخالفت بزرگان را برانگیخت و عاقبت در اثر مسمومیت درگذشت.
محمد خدابنده (۹۸۵ تا ۹۹۶ هجرى قمرى)
پسر شاه‌طهاسب، او نابينا بود و از عهدهٔ ادارهٔ کشور برنمى‌آمد. در زمان او اوضاع عمومى آشفته شد و عثمانى‌ها با استفاده از اين وضع چندين بار به خاک ايران حمله کردند ولى مواجه با مقاومت حمزه‌ميرزا، وليعهد، مى‌شدند. پس از آنکه حمزه‌ميرزا با توطئه‌ٔ بزرگان قزلباش کشته شد، نيروى عثمانى توانست سراسر خاک آذربايجان را تصرف و تبريز را غارت کند. در زمان سلطان‌محمد شورشى در فارس روى داد و چون سپاهيان وى به فارس رفتند، ايلات شاملو و استاجلو قزوين را گرفتند و عباس‌ميرزا را که در آن شهر بود به شاهى برداشتند و سلطان‌محمد پس از مدتى کوتاهى درگذشت.
شاه‌عباس اوّل (۹۹۶ تا ۱۰۳۸ هجرى قمرى)
او در ۱۸ سالگى به سلطنت رسيد. در آن زمان خراسان در تصرف ازبک‌ها و ولايت مغرب و شمال‌غرب ايران در تصرف عثمانى‌ها بود و وضع نواحى داخلى کشور نيز گسيخته و آشفته بود. شاه‌عباس از قدرت قزلباش‌ها کاست و سعى کرد تا نقطهٔ اتکاء خود را بر شهرنشينان قرار دهد. او در ۹۹۸ با عثمانى‌ها صلح کرد و به‌موجب قرارداد صلح ارمنستان، گرجستان شرقي، کردستان، بخش اعظم آذربايجان و بخشى از لرستان را به عثمانى‌ها داد و خود به خراسان رفت و توانست ازبکان را از خراسان براند. او پايتخت را از قزوين به اصفهان منتقل کرد. شاه‌عباس در مورد ارتش نيز اتکاء خود را از روى نيروهاى قزلباش برداشت و براى داشتن ارتشى مدرن با برداران شرلى قرارداد بست و سپاه خود را با سلاح‌هاى آتشين مجهز کرد. او همچنين در مقابل ايلات قزلباش، لشکرى از عشاير شاهسون ترتيب داد. پس از اين اقدامات به مناطقى که تحت اشغال عثمانى بود حمله برد و تمام آنها را پس گرفت. سپس با استفاده از رقابت دولت‌هاى اروپائى در خليج‌فارس جزاير قشم و هرمز را از پرتغالى‌ها پس گرفت. پايتخت شدن اصفهان به اهميت اقتصادى و سياسى مناطق فارس نشين مرکز کشور افزود.
دورهٔ سلطنت او با استحکام حکومت مرکزي، از امنيت و آرامش نسبى برخوردار بود، تجارت و کشاورزى رونق زيادى يافت، او صنعتگران ممالک مغلوب را به ايران آورد و صنايع نساجي، ابرشيم‌بافي، قاليبافى و چينى‌سازى و شيشه‌گرى رواج يافت و راه‌ها و بناهاى زيادى ساخته شد. در زمان او اقليت‌هاى مذهبى نيز از امنيت برخودار بودند، و چون گذشته مورد تعرض قرار نمى‌گرفتند. مناسبات سياسى و تجارى ايران با کشورهاى اروپائى در اين دوره رونق گرفت. شاه‌عباس سفيرانى به کشورهاى اورپائى فرستاد و سفراى آنها را در دربار خود پذيرفت و سعى کرد تا با دولت‌هاى خارجى عليه دولت عثمانى از درِ دوستى درآيد. از ديگر وقايع روزگار او حمله به گرجستان و قتل عام سنگين مردم آنجا بود. در مجموع سلسلهٔ صفويه در زمان شاه‌عباس به اوج قدرت خود رسيد و اصفهان تبديل به شهر درخشانى شد. چهار بازار، ميدان نقش‌جهان، مسجدشاه، عالى‌قاپو در زمان وى در اصفهان ساخته شد. همچنين در اقصيٰ نقاط کشور تعداد زيادى کاروانسرا بنا شد، فضلائى چون ملاصدرا، ميرداماد، شيخ‌بهائى و ميرفندرسکى و هنرمندانى چون ميرعماد و عليرضاعباسى که هر دو خطاط بودند در زمان او زندگى مى‌کردند. او پادشاهى دقيق و سختگير بود و افراط او در کشتن شاهزادگان و بزرگان را از علل انحطاط دولت صفويه شمرده‌اند.