سازماندهى منطقى و مناسب با اهداف و وظايف اصلى که مبتنى بر کاهش کميت نيروى انسانى و افزايش بازده کار در تشکيلات باشد همواره مورد توجه بندر بوده است.
به کارگيرى صحيح و اصولى بخش خصوصى کارآمد در امور خدماتى و اجرائى و همچنين استفاده گسترده و مطلوب از سيستم‌هاى رايانه‌اى موجب کاهش نيروى انسانى در تشکيلات شده، کارآئى و انعطاف‌پذيرى سيستم را به مراتب افزايش داده است. اين امر قدرت مانور بيشترى را در اعمال مديريت فراهم نموده و موقعيت بهترى را براى نظارت و کنترل اهداف بندر به ارمغان آورده است.
در جديدترين تشکيلات پيشنهادى براى اداره اين مجتمع، توجهى خاص به استفاده بهينه از نيروى انسانى متخصص و کيفى در پست‌هاى مديريتي، برنامه‌ريزي، نظارت و کارشناسى صورت گرفته است تا اهداف عالى بندر بيش از پيش به نحو مطلوب تحقق يابد.
- مديريت تصميم‌گيرى و مشارکت:
مشارکت فعال کارکنان در فرآيند تصميم‌گيرى يکى از اصول پذيرفته شده از ارکان مديريت در اين مجتمع است. مشارکت منطقى کارکنان در فرآيند تصميم‌گيرى و برنامه‌ريزى مجموعه‌اى که در آن به فعاليت اشتغال دارند، نيل به اهداف را آسانتر، سريع‌تر و قرين با موفقيت مى‌گرداند. ضمن اينکه همواره سيستم را از يک پشتوانه قوى اطلاعات به لحاظ ارائه پيشنهاد و نماياندن ضعف‌ها و عيوب احتمالى برخوردار مى‌سازد. براى استمرار بخشيدن به فرآيند مشارکت کارکنان، نهادهائى در سيستم ايجاد و سازماندهى شده است:
۱. شوراء بندر: اين شوراء متشکل از مدير کل و معاونين بندر هر هفته به‌طور منظم به تبادل نظر و تصميم‌گيرى در رابطه به مسائل اساسى و سياست‌گذارى در چارچوب اختيارات تفويض شده مى‌پردازد.
۲. شوراء اداري: اين گردهمائى ماهى يکبار با حضور مدير کل، معاونين و رؤساى ادارات بندر تشکيل مى‌گردد و مسائل و موضوعات مهم و اساسى بندر به بحث و تبادل نظر گذاشته مى‌شود.
۳. کميته‌ها: کميته‌هاى مختلف و متعددى متشکل از کارکنان در رابطه با مسائل اداري، رفاهي، ورزشي، اتفاقات و حوادث و ... به‌عنوان مراکز مشورتى و تصميم‌گيرى در ارتباط مستقيم با مديريت بندر به‌وجود آمده و فعاليت مى‌کنند.
- خدمات عمليات دريائى و پشتيبانى:
۱. تأمين ايمنى آبراه‌هاى دريائى و تعمير و نگهدارى چراغ‌ها و علائم کمک ناوبري.
۲. عمق‌يابى (هيدروگرافى) آبراه‌ها و حوضچه‌هاى بنادر.
۳. لايروبى آبراه‌ها و حوضچه‌هاى بنادر براساس برنامه زمان‌بندى شده.
۴. راهنمائى و هدايت شناورهاى اقيانوس‌پيمام.
۵. يدک‌کشى کشتى‌ها.
۶. آبرسانى و سوخت‌رسانى.
۷. پشتيبانى عمليات دريائى و بندرى کشتى‌ها و کنترل گواهى‌نامه‌هاى ايمنى آنها.
۸. انجام امور مخابراتى بين‌المللى دريائى به‌وسيله تجهيزا مخابراتى پيشرفته.
۹. ارائه خدمات پيشگيرى و مبارزه آلودگى آب دريا.
۱۰. جمعآورى زباله و زائدات نفتى کشتى‌ها و جمعآورى مواد زائد نفتى از سطح آب در آبراه‌ها و حوضچه‌ها.
۱۱. تجسس و نجات کشتى‌ها و شناورهاى در حال اضطرار در دريا.
۱۲. اطفاء حريق درکليه اماکن بندرى و در دريا توسط آتش‌نشانى و يدک‌کشى‌هاى آتش‌خوار
۱۳. صدور مجوز حرکت کشتى‌ها به‌منظور خروج از بندر.
۱۴. ثبت شناورها و صدور مدارک دريائى ودريانوردي، بازرسى ايمنى بدنه و موتور، به‌صورت دوره‌اى يکساله.
- تجهيزات خدمات دريائى:
مجتمع بندرى شهيد رجائى با بهره‌گيرى از پرسنل متخصص و تجهيزات لازم، عمليات دريائى را پشتيبانى و هدايت مى‌نمايد. بخشى از اين تجهيزات عبارت هستند از:
۱. تجهيزات پيشرفته مخابراتي.
۲. شناورهاى لايروب، بويه‌گذار، زباله جمع‌کن.
۳. تجهيزات پيشرفته مبارزه با آلودگى دريا.
۴. انواع يدک‌کش با قدرت ۱۲۰۰ تا ۴۴۰۰ اسب بخار.
۵. شناورهاى آتش‌خوار مجهز به سيستم اطفاء حريق در درياو
۶. قايق‌هاى راهنمابر، قايق‌هاى مخصوص عمليات غواصي، قايق هيدورگراف و قايق طناب‌بر (طناب‌گير).
۷. کندينگ کرافت آبرسان.
۸. انواع بارج از ۱۵۰ تا ۱۵۰۰ تن.
- تعميرگاه تجهيزات دريائى و سرسره تعميراتى:
تعميرگاه تجهيزات دريائى با امکانات لازم به‌منظور بازديد و تعمير واحدهاى شناور احداث شده است. اين تعميرگاه با کارکنانى کارآزموده داراى سرسره تعميراتى براى بالا کشيدن و تعميرات زيرآبى واحدهاى شناور اعم از يدک‌کش، بارج و ساير شناورهاى تدارکاتى و خدماتى با ابعاد و مشخصات زير:
طول: تا ۷۰ متر
عرض: تا ۱۲ متر
آبخور: تا ۴ متر
وزن: تا ۱۵۰۰ تن