منطقه ويژه اقتصادى بوشهر در چهار محدوده جغرافيائى با سازمان مسئول جداگانه به شرح زير تعيين مى‌شود:
- منطقه اول، منطقه ويژه اقتصادى بندر بوشهر به وسعت تقريبى ۴۱ هکتار در محوطه بندرى که از شمال و شرق به دريا، از جنوب به اداره کل شيلات و از غرب به جاده کمربندى محدود است ايجاد و سازمان بنادر و کشتيرانى به‌عنوان سازمان مسئول منطقه ياد شده تعيين مى‌شود.
- منطقه دوم، در سه محوطه به شرح زير ايجاد و شرکت عمران و توسعه بوشهر به‌عنوان سازمان مسئول منطقه ياد شده تعيين مى‌شود:
۱. زمينى به وسعت تقريبى ۱۵۴ هکتار که از شمال به بزرگراه بوشهر - برازجان، از جنوب به شهرک صنعتي، از شرق به جاده تصفيه‌خانه و از غرب به جاده ساحلى محدود است.
۲. زمينى به وسعت تقريبى ۱۸۸۰ هکتار در هشت کيلومترى جاده بوشهر به شيراز که از شمال به بزرگراه بوشهر - برازجان، از جنوب و غرب به باقى‌مانده پلاک (۲۳۳ - ۲۳۱/۳۷۶۸) و از شرق به جاده ساحلى و شهرک صنعتى محدود است.
۳. زمينى مربوط به نمايشگاه دائمى و مرکز تجارت ايران و قطر که از شمال به خيابان چهارباندي، از جنوب به خيابان در دست احداث عاشوري، از شرق به فضاى ورزشى پلاک ۶۴۶ و از غرب به جاده ساحلى محدود است.
حدود اختيارات سازمان مسئول ياد شده بر طبق تصويب‌نامه شماره ۴۲۸۹۰/ت ۱۵۰۰۳/ک مورخ ۲۳/۳/۱۳۷۴ و اصلاحات بعدى آن و با رعايت قوانين و مقررات جارى کشور مى‌باشد.
در راستاى برنامه اول و دوم توسعه اقتصادي، اجتماعى و فرهنگى جمهورى اسلامى ايران و به‌منظور پشتيبانى از صنايع و توليدات داخلى و توسعه صادرات غيرنفتى و ايجاد تحريک در اقتصاد منطقه‌اي، مناطق ويژه اقتصادى بندر بوشهر در مورخ ۲۴/۱۰/۷۶ با مسئوليت‌هاى سازمان بنادر و کشتيرانى و شرکت عمران و توسعه بوشهر در دو منطقه به شرح ذيل تصويب گرديد.
پس از تصويب منطقه با تلاش‌هاى مستمر و پيگير استانداردى محترم بوشهر و سازمان بنادر و کشتيرانى و ديگر دست‌اندرکاران در جهت معرفى ويژگى‌ها و تسهيلات منطقه ويژه و همچنين تشويق تجار و سرمايه‌گذاران به فعاليت در اين منطقه، ثمرات قابل توجه‌اى به بار نشست که مى‌توان به برگزارى همايش مناطق ويژه در استان، به نتيجه رسيدن تلاش‌ها در جهت موافقت بانک مرکزى با صدور گواهى مبداء و قبض انبار تفکيکى براى گشايش اعتبار به ارز خاص منطقه ويژه اقتصادى بندر بوشهر و ورود اولين محموله کالا به منطقه در تاريخ ۱۶/۳/۷۷ نام برد و هم‌اکنون نيز تقاضاهائى جهت انجام سرمايه‌گذارى در منطقه براى پردازش کالا و ورود کالا به منطقه ويژه در حالت انجام است.
منطقه اول
منطقه ويژه اقتصادى تحت مسئوليت و مديريت سازمان بنادر و کشتيرانى در منطقه‌اى به مساحت ۴۱ هکتار براى نگهدارى امانى کالاهاى تجاري، واردات، صادرات مجدد با انجام پردازش کالا در نظر گرفته شده است که محل استقرار تأسيسات و تجهيزات بندرى بندر بوشهر بوده و از شمال به کانال دسترسى بندر و از جنوب به خيابان ساحلى بندر بوشهر و در امتداد منتهى‌اليه شمالى شبه جزيره قرار دارد که مشخصات تأسيسات بندرى طبق نقشه پيوست مى‌باشد.
لازم به ذکر است جزيره نگين در شمال کانال فوق‌الذکر به وسعت ۲۷ هکتار است که از غرب به دريا متصل مى‌باشد و پتانسيل لازم جهت ساخت اسکله و ساير امکانات را دارد. جهت اصلاح و الحاق به منطقه ويژه اقتصادى فعلى پيشنهاد گريده است که با الحاق اين منطقه به منطقه ويژه فعلى مساحت منطقه ويژه اقتصادى بندر بوشهر به ۶۸ هکتار بالغ مى‌گردد.
منطقه دوم
منطقه دوم با مسئوليت شرکت عمران و توسعه بوشهر در سه نقطه به وسعت تقريبى ۱۵۴ هکتار و ۱۸۸۰ هکتار در ۸ کيلومترى جاده بوشهر به شيراز و زمين مربوط به نمايشگاه دائمى مرکز تجارت ايران و قطر. مهم‌ترين مزيت‌ها و امکانات زيربنائى مناسب موجود در منطقه ويژه اقتصادى بندر بوشهر در شرح ذيل مى‌باشد:
۱. نزديکى به بازار کشورهاى حوزه خليج فارس (کويت، قطر، عربستان، بحرين)
۲. برخوردارى از تجهيزات مناسب تخليه و بارگيرى در محوطه و اسکله بندر از جمله آب‌خور مناسب.
۳. وجود فرودگاه بين‌المللى با داشتن پرواز روزانه به تهران و ديگر شهرهاى مختلف کشور و همچنين پرواز هفتگى به امارت متحده عربي.
۴. وجود خطوط منظم کشتيرانى به کشورهاى حوزه خليج فارس.
۵. وجود امکانات و تسهيلات مناسب شهرى در جوار منطقه.
۶. برخوردارى از نيروهاى متخصص در منطقه با توجه به فعاليت دانشگاه خليج فارس، پيام نور و دانشگاه آزاد.
۷. وجود صنايع کشتى‌سازى و سکوسازى و فرا ساحلى در منطقه.