اداره امور منطقه آزاد کيش بر عهده سازمانى است که مسئوليت‌هاى آن از سوى شوراء عالى مناطق آزاد تجارى - صنعتى کشور تهيه و تصويب شده است. اهداف اساسى اين سازمان انجام امور زيربنائى مورد نياز در جزيره، عمران و آبادانى و تأمين رشد و توسعه اقتصادي، ايجاد اشتغال مفيد و سازنده، جذب سرمايه‌گذارى‌هاى داخلى و خارجي، تنظيم بازار کار و کالا، حضور فعال در بازارهاى جهانى به‌منظور توسعه صادرات غيرنفتى و تدارک توليد کالاهاى صنعتى و راه‌اندازى صنايع تبديلى و بالاخره بهره‌بردارى از موقعيت‌هاى اختصاصى جزيره آزاد کيش به‌ويژه در بخش سياحتى و جهانگردي، با ساير امورى است که با اين واقعيت‌ها در ارتباط است.
ارکان سازمان منطقه آزاد کيش شامل مجمع عمومي، هيئت مديره، مدير عامل و رئيس هيئت مديره و بازرسان قانونى است. مجمع عمومى کلى اهداف منطقه را تعيين مى‌کند که شامل موافقت با تأسيس با انحلال شرکت‌ها و مؤسسات وابسته، تدوين و اصلاح اساسنامه‌ها، اعمال نظارت عاليه بر عملکرد سازمان، نصب و عزل اعضاء هيئت مديره و مدير عامل و همچنين تعيين ميزان و چگونگى اخذ عوارض از اشخاص و مؤسسات و هر نوع عملياتى است که در جزيره انجام مى‌گيرد.
سازمان منطقه آزاد کيش توسط هيئت مديره‌اى مرکب از سه نفر اداره مى‌شود. هيئت مديره داراى همه‌گونه اختيار در چارچوب قانون چگونگى اداره مناطق آزاد تجارى - صنعتى براى اجراء وظايف مصرح در اساسنامه مى‌باشد. رئوس اين وظايف شامل تعيين روش‌هاى اجرائي، انعقاد قراردادها، چگونگى وصول عوارض و نحوه ثبت شرکت‌ها و مالکيت صنعتى و معنوي، کشتى‌ها، هواپيماها (بدون ايجاد حق امتياز انحصاري) است.
هيئت مديره همچنين در کار تعيين نحوه کاربرى اراضى منطقه آزاد، استفاده از منابع ملى و فروش يا واگذارى آنها برحسب قانون و آئين‌نامه‌هاى اجرائى مصوب مجمع عمومى مسئوليت دارد.
مديرعامل سازمان که رياست هيئت مديره را دارد، به حکم رياست جمهورى و از ميان اعضاء هيئت مديره به اين سمت منصوب مى‌شود. مدت تصدى اين مسئوليت هيئت مديره داراى هرگونه اختيارات بوده و نمايندگى سازمان را در برابر اشخاص ثالث ايفاء مى‌کند. او مسئول حسن اجراء کليه امور جارى منطقه آزاد بوده و حافظ حقوق و منافع و اموال سازمان به حساب مى‌آيد.