هدف اساسى حسابرس از رسيدگى به سيستم کنترل داخلى مؤسسه تحت حسابرسي، ارزيابى کنترل‌هاى داخلى از لحاظ مناسبت داشتن، کافى بودن و مؤثر بودن آنها در عمل است. حسابرس با اين ارزيابى علاوه بر آن‌که عمليات حسابرسى خود را بر اساس قوت يا ضعف سيستم کنترل داخلى دستگاه برنامه‌ريزى مى‌کند، هم‌چنين نقاط ضعف مشهود را به مقامات مؤسسه مورد رسيدگى گزارش مى‌نمايد تا در رفع ايرادات موردنظر اقدام نمايند.


ارزيابى کنترل‌هاى داخلى در دو مرحله صورت مى‌گيرد. نخست پس از آنکه اطلاعات مربوط به روش‌هاى مختلف کنترل داخلى کسب و ثبت و ضبط گرديد مناسبت و کفايت سيستم کنترل داخلى دستگاه به‌طور مقدماتى مورد بررسى و ارزيابى قرار مى‌گيرد. در صورتى‌که در سيستم کنترل داخلى بر اساس اطلاعات کسب شده نقاط ضعفى وجود داشته باشد اشکالات مربوطه در نتيجهٔ اين ارزيابى روشن شده و مورد توجه خاص حسابرس قرار مى‌گيرد. هم‌چنين ممکن است در نتيجهٔ اين ارزيابى مقدماتي، بعضى اطلاعات يا پاسخ‌هاى جمع‌آورى شده مشکوک يا ناقص جلوه نمايد که در آن‌صورت با طرح کردن دوبارهٔ سؤالات مربوطه، پاسخ‌ها مورد بررسى و تائيد مجدد واقع مى‌گردند. البته کليهٔ پاسخ‌هاى دريافتى در مقابل سؤالات مندرج در پرسش‌نامه با اطلاعاتى که با توجه به آنها نمودارهاى جريان کار تهيه شده است، معلوم نيست صددرصد صحيح باشد و لازم است حسابرس با رسيدگى‌ها و آزمايش‌هاى ويژه صحت آنها را در عمل تائيد نمايد. در نتيجهٔ اين رسيدگى‌ها، وجود کنترل‌ها به‌صورتى‌ که از طرف مقامات دستگاه عنوان شده تائيد مى‌گردد و يا آن‌که هرگونه بى‌دقتى در پاسخ‌ها و يا تغييرات احتمالى در روش‌هاى کار آشکار شده و کنترل‌هاى داخلى آن‌طورى که واقعاً در عمل وجود دارند مورد توجه حسابرس قرار خواهند گرفت. ارزيابى نهائى کنترل‌هاى داخلى پس از اتمام اين رسيدگى‌ها صورت مى‌گيرد و حسابرس از مجموعه اطلاعات کسب شده و رسيدگى‌ها و آزمايش‌هاى خود قوّت يا ضعف سيستم کنترل داخلى مؤسسه مورد رسيدگى را معلوم خواهد کرد.


ارزيابى سيستم کنترل داخلى به وسيلهٔ مقايسهٔ روش‌هاى مطلوب کنترل داخلى صورت مى‌گيرد. براى روشن شدن موضوع به جدول مندرج در ذيل که براى ارزيابى کنترل داخلى شرکت ايکس در مورد صورت‌حساب‌هاى فروش و برگ‌هاى بستانکارى فروش تهيه شده است توجه کنيد.


بديهى است در عمل حسابرسان نيازى به تهيهٔ چنين جداولى ندارند و پاسخ هر يک از سؤالات مندرج در پرسش‌نامهٔ کنترل داخلى را با مقايسه به روش‌هاى مطلوب کنترل داخلى سنجيده و نتيجه را به‌صورت علائم اختصارى در ستون ارزيابي که در پرسش‌نامه در نظر گرفته شده است منعکس مى‌سازند. در مواردى که به‌جاى پرسش‌نامه از يادداشت‌هاى معمولى يا نمودارهاى جريان کار استفاده مى‌شود، ارزيابى سيستم کنترل داخلى در طيّ يادداشت‌هاى جداگانه به‌عمل مى‌آيد.


در مورد نقاط ضعف موجود در سيستم کنترل داخلى بايد توجه داشت که کليهٔ نقاط ضعف داراى اهميت يکسان نيستند و بسيارى از آنها ممکن است اصولاً اثر قابل‌توجهى در قابليت اطمينان مدارک مالى و حسابدارى که در درجهٔ اول موردتوجه حسابرسى است نداشته باشند. به همين جهت در عمل حسابرسان در موقع ارزيابى مقدماتى و نهائى سيستم کنترل داخلى يک مؤسسه تحت حسابرسي، نقاط ضعف مشهود در سيستم کنترل داخلى را به دو طبقهٔ پُراهميت و کم‌اهميت تقسيم مى‌کنند و توجه خود را بيشتر معطوف نقايص پراهميت مى‌کنند.

جدول نمايش ارزيابى کنترل‌هاى داخلى

پرسش   پاسخ     ملاحظات  
۱ آيا قيمت فروش کالاهاى مختلف قبلاً تعيين شده و در فهرست بهاء درج مى‌شود؟ بلى در مواردى که ايجاب نمايد لازم است قيمت فروش کالا ثبت گرديده و در فهرست بهاء درج گردد.
هرگونه تخفيف بايد به‌‌صورت تخفيف تجارى در فاکتور فروش قيد شده و يا موضوع برگ بستانکارى مشخص باشد.
۲  اگر تخفيفات تجارى داده مى‌شود، چه کسانى مجاز هستند ميزان چنين تخفيفات را تصويب کنند؟ مديرعامل، مدير فروش تخفيفات تجارى به جزء در موارد استاندارد مى‌بايست توسط مقام ذى‌صلاحى تصويب شود.
۳ تصويب مقامات فوق چگونه در مدارک منعکس مى‌گردد؟ به‌وسيلهٔ امضاء کليهٔ نسخه‌هاى برگ بستانکاري تصويب مقامات مذکور در فوق مى‌بايست به‌نحو روشنى در مدارک مربوط منعکس گردد.
۴  آيا فاکتورها و برگ بستانکارهاى فروش داراى شماره رديف چاپى هستند. شماره رديف دستى ضعيف: فاکتورها و برگ بستانکارى‌هاى فروش بايد شماره رديف چاپى باشند تا بتوان مصرف آنها را دقيقاً کنترل کرد.
۵  آيا فاکتورهاى باطله به تصويب مقام مسئولى مى‌رسد؟ آيا نسخه اصل اين فاکتورها به انضمام بقيه نسخه‌هاى مربوطه بايگانى مى‌شود؟ خير ضعيف: فاکتورهائى که باطل مى‌شود بايد به تصويب مقام مسئولى برسد و حتماً نسخهٔ اصل آنها به‌انضمام بقيه نسخه‌ها بايگانى شود. در غير اين صورت احتمال سوءاستفاده وجود خواهد داشت.