تدوين و برقرارى يک سيستم کنترل داخلى از وظايف مديران دستگاه است. حسابرس با آن‌که روش‌هاى گوناگون عملياتى و حسابدارى دستگاه را مورد توجه و مطالعه قرار داده و نقاط ضعف احتمالى موجود در سيستم کنترل داخلى را مورد توجه خاص قرار مى‌دهد، مع‌هذا هيچ‌گونه وظيفه‌اى از لحاظ اصلاح و بهبود روش‌ها به عهده ندارد، چه او اساساً حقّ مداخله در امور اجرائى دستگاه را نداشته و وظيفه‌ او صرفاً بررسى و نقد حساب‌ها و مدارک مالى است. رسيدگى حسابرس به سيستم کنترل داخلى مورد عمل در سازمان تحت رسيدگى فقط براى ارزيابى حدود عمليات حسابرسى است بيشتر از اين لحاظ صورت مى‌گيرد که حسابرس در صورت امکان، دامنهٔ رسيدگى‌هاى خود را محدودتر نمايد تا در صورت لزوم قادر باشد هر چه زودتر پس از پايان دورهٔ مالى مربوطه، نسبت به‌صورت‌هاى مالى نهائى نظر حرفه‌اى خود را اظهار نمايد.


مع‌هذا بهبود سيستم کنترل داخلى سازمان مورد رسيدگى هميشه موردنظر و علاقهٔ حسابرس است، چه رفع هرگونه نقطه ضعف و تقويت کنترل‌ها مدارک مالى و حسابدارى را از نظر وى قابل اطمينان‌تر ساخته و علاوه بر تسهيل کار حسابرسى موجب مى‌شود که حسابرس در اظهارنظر نسبت به درستى صورت‌هاى مالى مورد گزارش با اعتماد و خاطرجمعى بيشتر صحبت کند. بدين لحاظ در مورد رفع نقايص موجود در سيستم کنترل داخلى همکارى نزديکى بين حسابرس و دستگاه مورد رسيدگى وجود دارد، اگرچه کيفيت اين همکارى تا اندازهٔ زيادى تابع روابط شخصى حسابرس و مسؤولين امور مالى سازمان مى‌باشد. هر بار که حسابرس در طىّ رسيدگى‌هاى خود به نقاط ضعفى در سيستم کنترل داخلى برخورد نمايد، خواه عيب از خود سيستم باشد خواه در نتيجهٔ عدم پيروى صحيح از دستورات صادره به‌وجود آمده باشد، حسابرس نقاط ضعف مذکور را با پيشنهادات خود براى رفع آن به مقامات مسؤول دستگاه گزارش مى‌نمايد. اين گزارش ارتباطى با گزارش حسابرسى که در باب حسابرسى مستقل مورد بحث قرار گرفت ندارد، بلکه گزارش مفصّل‌ترى است که توسط مؤسسات حسابرسى برحسب مورد به اسامى گوناگون از قبيل گزارش کنترل داخلي و يا گزارش مديريت و نظاير آن خوانده مى‌شود.


حال ببينيم اگر حسابرسى در جريان رسيدگى‌هاى خود اصولاً توجهى به سيستم کنترل داخلى معطوف نداشت تکليف چيست؟ پاسخ آن است که در صورتى‌که حسابرسى به منظور اظهارنظر نسبت به درستى صورت‌هاى مالى نهائى صورت گرفته باشد، عدم‌توجه کافى به سيستم کنترل داخلى مورد عمل دستگاه تحت رسيدگي، حاکى از آن است که حسابرس وظايف خود را به‌خوبى انجام نداده و به گزارش وى احتمالاً اطمينان چندانى نمى‌توان داشت. زيرا به فرض آنکه حسابرس عمليات دستگاه را صددرصد و با توجه به کليهٔ جزئيات مربوط رسيدگى کرده و هيچ ايرادى مشاهده نکرده باشد تازه فقط آنچه را که در دفاتر و مدارک مربوط به ثبت رسيده است مورد رسيدگى و اثبات قرار داده است و معلوم نيست آنچه در دفاتر و مدارک سازمان به ثبت رسيده واقعاً کليهٔ عمليات و فعاليت آن باشد. اين امر را فقط با اطمينان از کفايت سيستم کنترل داخلى دستگاه مى‌توان معلوم ساخت و ضرورت رسيدگى به کنترل داخلى نيز که به تدريج در امر حسابرسى عرف و متداول شده است تا اندازه‌اى مديون همين نکته است.


پس اگرچه تدوين و برقرارى يک سيستم کنترل داخلى يا اصلاح و بهبود آن جزء وظايف حسابرس نيست، ولى بررسى آن در هر نوبت حسابرسى جزء وظايف وى مى‌باشد. طبعاً اين بررسى در حسابرسى نخستين به‌نحو نسبتاً مفصلى صورت مى‌گيرد ولى در دفعات بعدى حسابرسي، بررسى کنترل داخلى به آن تفصيل ضرورت نداشته و فقط تغييرات و اصلاحات آن مورد بررسى و تجزيه و تحليل قرار مى‌گيرد.