سيستم کنترل داخلى مورد عمل در هر دستگاه از دو لحاظ در حسابرسى آن مورد توجه قرار مى‌گيرد. نخست آن‌که در چند دههٔ اخير، رسيدگى به کنترل‌هاى داخلى برقرار شده در دستگاه مورد رسيدگى جزء استانداردهاى پذيرفته شده و متداول حسابرسى قرار گرفته و به‌طورى که گفتيم حسابرس مکلف است رسيدگى‌هاى خود را بر اساس اصول و موازين قبول شده و متداول حسابرسى انجام داده و اين موضوع را در گزارش خود تصريح کند. دوم آن‌که به‌طورى که ذيلاً شرح داده خواهد شد چگونگى کنترل داخلى و قوّت يا ضعف آن در عمل، تا اندازهٔ بسيار زيادى در نوع رسيدگى‌هاى مورد لزوم حسابرسى و دامنه و عمق اين رسيدگى‌ها مؤثر است و بنابراين قبل از شروع به عمليات حسابرسي، لازم است حسابرس قوت و يا ضعف سيستم کنترل داخلى برقرار شده در سازمان مورد رسيدگى را بررسى نموده و برنامهٔ حسابرسى خود را با توجه به آن تنظيم نمايد.


اين تعريف بسيار جامعى است که به اختصار بيان شده است. بحث کنترل داخلى از جمله مباحث بسيار مهم و گستردهٔ علوم مالى است. شايد تا مدتى بعد از جنگ جهانى دوم مفهومى که از عبارت کنترل داخلى مورد‌نظر بود بسيار متفاوت از تعريف فوق و بسيار محدودتر از آن بود. در آن موقع منظور از کنترل داخلى عبارت بود از تقسيم وظايف و مسؤوليت‌ها بين کارمندان مالى و حسابدارى دستگاه به‌طورى که انجام هر عمل مالى و حسابدارى و ثبت هرگونه معامله در دفاتر حسابدارى از آغاز تا پايان کار به وسيلهٔ يک نفر صورت نگرفته، بلکه در مراحل مختلف، اشخاص ديگرى نيز به‌نحوى در عمل دخيل گردند، به‌طورى که کارهائى که هر شخص انجام مى‌دهد به‌طور مستقيم يا غيرمستقيم توسط شخص ديگرى کنترل گردد. هدفى که از اين کار موردنظر بود صرفاً جلوگيرى از اشتباهات و تقلّبات حسابدارى و در نهايت حفظ دارائى‌ها در مقابل سوءاستفادهٔ مديران و يا کارکنان بود. بدين ترتيب کنترل داخلى اغلب به عمليات مالى و حسابدارى محدود گرديده و ساير عمليات دستگاه را با وجود اثرات مهم مالى آنها از نظر دور مى‌داشت. براى مثال با آن‌که به حفاظت از موجودى‌هاى جنسى در مقابل سوءاستفاده (دزدي) اهميت زيادى داده مى‌شد، حفاظت از موجودى‌ها در مقابل ضايعات يا نابابى و يا حفاظت از آنها در مقابل عدم کارآئى عملياتى واحدها و ادارات داخلى با وجود آنکه ممکن است خساراتى به مراتب بيش از سرقت بعضى از اقلام کالا به دستگاه وارد آورد در برقرارى کنترل‌ها مورد توجه قرار نمى‌گرفت.


ولى به تدريج که مسئلهٔ کنترل داخلى مورد تجزيه و تحليل بيشتر علمى و عملى قرار گرفت، اهميت عمليات غيرمالى دستگاه از لحاظ برقرارى يک سيستم کنترل داخلى جامع و مطلوب آشکار گرديد و در نتيجه کنترل داخلى مفهوم وسيع‌ترى يافته و جنبه‌هاى ديگرى را نيز که در تعريف فوق ديده مى‌شود در برگرفت. به‌طورى که از اين تعريف بر مى‌آيد کنترل داخلى تنها به امورى که عرفاً امور مالى و حسابدارى شناخته شده‌اند محدود نگرديده و دامنهٔ بسيار وسيعى دارد. هرگونه مقررات، دستورات و کنترل‌هائى که به‌نحوى از انحاء در حفاظت از دارائى‌ها در مقابل سوءاستفاده، ضايعات و عدم کارآئى واحدها و يا در نگاهدارى مدارک مالى و ادارى و عملياتى دقيق و قابل‌اطمينان و بالاخره در جهت نظارت کلى بر امور و بهبود هر يک از روش‌هاى دستگاه و افزايش کارآئى آن مؤثر باشد جزئى از کنترل داخلى دستگاه را تشکيل مى‌دهد.